특별행정심판례정보

【세목】

양도

【재결요지】

임야 취득후 토지형질병경허가받아 토목공사를 실시해 지목을 공장용지로 변경한후 양도한 경우, 증빙불비 등의 사유로 관련 토지조성비 등을 필요경비 부인한 처분의 당부

【주문】

OO세무서장이 2001.8.10 청구인에게 한 2001년귀속 양도소득세 63,751,800원의 부과처분은 OO토목측량설계사무소에 지급한 설계비 16,500,000원과 OO콘크리트산업(주)에게 지급한 흄관 등 콘크리크 제품구입비 26,404,400원중 청구인 지분(19,999㎡/23,904.5㎡×1/2) 상당액을 자본적 지출인 필요경비로 공제하고, (주)OOO건설기계와 (주)OO개별건설기계에 지급한 장비대 273,900,000원은 청구외 김OO에게 실제 지급한 금액과 김OO의 토목공사용역제공 여부를 재조사하여 필요경비로 인정하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

【이유】

1. 사실 재미교포인 청구인과 청구외 OO제관(주)의 대표이사인 신OO은 공동으로 경기도 화성군 팔탄면 OO리 O OOOOOOO 12,963㎡와 같은곳 O OOOOOO 임야 7,041㎡, 합계 20,004㎡(이하 "취득토지"라 한다)를 1999.5.11 청구외 문OO와 권OO으로부터 568,545,000원과 230,000,000원에 각각 취득하여 청구외 신OO 단독 소유의 같은곳 OOOOO OO외 2필지 토지 3,905㎡와 합한 전체면적에 토지형질변경허가를 득하여 토목공사를 실시하여 2000.12.8 취득토지의 지목이 공장용지로 변경되었고, 같은곳 OOOOOOO 12,784㎡와 같은곳 OOOOOOO 7,215㎡(계 19,999㎡, 두필지를 합하여 이하 “양도토지”라 한다)로 지번이 변경된 뒤, 청구인은 양도토지를 OO감정평가법인과 OO감정원에 감정평가를 의뢰하여 두 감정평가법인의 감정평가액을 평균한 1,506,244,000원에 OO제관(주)에 양도하면서 청구인지분에 대한 양도소득세를 실지거래가액(취득가액 418,149,245원, 양도가액 753,122,000원, 필요경비 236,456,386원)으로 신고하였다. 처분청은 양도토지에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 청구인이 신고한 양도가액과 취득가액을 실지거래가액으로 인정하고, 아래와 같이 토지조성비로 세금계산서를 교부받고 지출한 장비대 등 316,804,400원 중 청구인 지분상당액 159,611,386원을 허위로 계상하였다는 사유로 필요경비부인하여 양도차익을 산정하고 2001.8.10 청구인에게 2001년귀속 양도소득세 63,751,800원을 결정고지하였다. 필요경비 부인한 내역

구분	지급처	금액(원)	부인사유
장비대	(주)OOO건설기계	149,600,000	허위계약
장비대	(주)OO개별건설기계	124,300,000	〃
설계비	OO토목측량설계사무소	16,500,000	폐업
흄관등	OO콘크리트산업(주)	26,404,400	무계약
		316,804,400

청구인은 이에 불복하여 2001.10.30 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 1999년 토지매입당시 토지를 취득한 후 1년 이내에 공사를 착수하지 않을 경우 개발부담금이 부과되는 시기였으므로 1999,7월 서둘러 임야를 공장용지로 변경하는 토목공사를 착수하면서 OO건설기계(주) 및 OO중기(주)를 공사계약자로 선정하여 공사를 시작하였으나 두 회사의 내부사정으로 (주)OOO건설기계와 (주)OO개별건설기계로 공사업체를 교체하게 되었으며, 두 업체에게 공사대금을 지급하고 각각 149,600,000원과 124,300,000원의 세금계산서 및 기타증빙서류를 수취하였던 것이나, 처분청은 당초 계약서상의 토목공사계약업자에 의한 공사가 계속되지 않은 사실을 이유로 공사대금 전액을 필요경비로 인정하지 아니하였고, OO콘크리트(주)로부터 배수로, 흄관, 맨홀, 화단설치등의 공사에 소요되는 콘크리트 및 콘크리트관을 구입하면서 26,404,840원을 지불하고 세금계산서등 증빙서를 수취하였으나 공사계약서가 없다는 사유로 필요경비부인하였으며, 취득토지와 청구외 신OO 소유 토지의 임야를 공장부지로 조성하는 토목공사설계를 OO토목측량설계에 의뢰하여 설계용역을 제공받고 16,500,000원(부가세포함)의 대가를 지급하였으나, 동업체가 1999.1월 폐업하였다는 사유로 필요경비를 인정하지 아니하였는 바 동업체가 1998.9.15 면세사업자로 개업하여 부가가치세법의 개정으로 1999.1.1부터 과세사업자로 전환되었을 뿐이고, 동업체의 착오로 과세사업자로 전환되기 전에 보관하고 있던 계산서를 발행하였다가 이를 취소하고 2001.3월 세금계산서를 교부받아 제출한 것이며 위와 같이 토지조성비를 실제로 지출하였음에도 이를 부인하고 양도차익을 산정한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 OO건설기계(주)가 (주)OOO건설기계에 흡수합병되어 그 권리와 의무를 그대로 양수한 경우가 아니라 OO건설기계(주)는 2000.6.30 사업부진으로 폐업한 사실이 확인되며, OO건설기계(주)와의 계약이지 당시 OO건설기계(주)에 근무하였던 (주)OOO건설기계의 대표자 개인과의 계약이 아니므로 법인과의 공사계약이 퇴사한 직원을 따라 건설회사를 옮겼다는 청구주장은 신빙성이 없으므로 (주)OOO건설기계와 (주)OO개별건설기계와의 거래가 실지거래라는 청구주장은 받아들이기 어렵고, OO콘크리트(주)의 토목공사와 관련하여 실거래라고 입증할만한 객관적인 증빙과 공사계약서를 제시하지 못하고 있고 청구인이 OO토목측량설계로부터 세금계산서를 교부받고 부가가치세상당액을 함께 지급하였을 것이나 대금 및 부가가치세 상당액 지급에 관한 어떠한 증빙도 제출하지 아니하였으므로 실거래로 인정하기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 양도소득세를 실지거래가액으로 결정하면서 토지조성비등 자본적 지출액의 일부를 필요경비 부인한 처분의 당부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 ② 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다.(단서생략) 같은법 제96조 【양도가액】 ①제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. 6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우 같은법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】 ①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 가. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 취득가액은 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 같은법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 ③법 제97조 제1항 제2호에서 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. 3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 청구외 신OO은 공동으로 취득토지를 1999.5.11 청구외 문OO와 권OO으로부터 568,545,000원과 230,000,000원에 각각 취득한 뒤, 토지형질변경허가를 득하고 토목공사를 실시하여 2000.12.8 쟁점토지의 지목이 공장용지로 변경된 뒤, 같은곳 OOOOOOO 12,784㎡와 같은곳 OOOOOOO 7,215㎡로 토지지번이 변경되었으며, 청구인은 OO감정평가법인과 OO감정원에 감정평가를 의뢰하여 두 감정평가법인의 감정평가액을 평균한 1,506,244,000원에 양도토지를 2001.3.22 청구외 OO제관(주)에 양도하고 청구인지분에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 양도신고하였음이 취득 및 양도당시의 부동산매매계약서, 감정평가서, 등기부등본, 부동산양도신고서, 산림형질변경지 준공승인통보 공문에 의하여 확인된다. 처분청은 청구인의 양도토지에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 청구인이 신고한 양도가액과 취득가액을 실지거래가액으로 인정하고, 양도토지에 대한 자본적 지출액인 토목공사관련 장비대 등 159,611,386원을 허위로 계상하였다는 사유등으로 필요경비부인하고 양도차익을 산정하여 이건 과세한 사실이 조사복명서, 양도소득세결정결의서 과세자료에 의하여 확인된다. (2) 양도토지의 취득가액과 양도가액에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용인 자본적 지출액의 필요경비인정 여부에 대하여 다툼이 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인은 양도토지의 토목공사비와 관련하여 모든 인허가와 비용지출이 공동소유자인 청구외 신OO 명의로 이루어진 사실에 대하여 청구인과 비용을 사후에 정산하기로 하였다는 증빙으로 계약서(1999.6.2)를 제시하고 있는 바, 동 계약서(1999.6.2)에 의하면, 실무상 편의를 위하여 청구외 신OO(을)명의로 일괄 시행하도록 하고, 토목공사대금 및 부대비용은 청구인과 을이 지분율대로 부담하기로 한 사실, 전체 공사대금은 공동소유자인 을이 우선하여 지급하고, 청구인이 부담하여야 할 토목공사비를 공사완료후 지체없이 을에게 지급하기로 하되 청구인이 을에게 공사대금 대납분을 지급하기 전에 당해 토지를 양도하는 경우에는 양도대금에서 우선적으로 지급하기로 약정한 사실이 확인된다. (나) 처분청에서 OO측량설계사무소가 1999.1.14 폐업하였다는 사유로 1999.5.2 계약하고 2001.1.5자로 세금계산서를 교부받은 설계비 16,500,000원(공급대가)을 필요경비부인하였으나 부가가치세법상 면세이었던 설계용역이 1999.1.1부터 과세사업으로 개정됨에 따라 종전의 면세사업자등록번호는 폐지되고 새로운 과세사업자의 사업자등록번호(OOOOOOOOOOOO)가 교부되었음이 국세청 TIS상 사업자 세적변경이력조회서에 의하여 확인된다. (다) 처분청은 청구인이 청구외 OO콘크리트산업(주)로부터 콘크리트제품의 구입비를 공사계약서가 없다는 사유로 필요경비부인하였으나, 청구인은 콘크리트제품 26,404,400원(공급대가)을 실제 매입하였다고 세금계산서, 거래명세서, 납품사실확인서를 제시하고 있고, 청구외 OO콘크리트산업(주)는 흄관등 콘크리트관 448개를 청구외 신OO에게 판매하였다고 거래명세서, 입금표를 첨부하여 확인하고 있다. (라) 청구인은 임야인 취득토지를 공장용지로 변경하기 위하여 토목공사를 실시하고 장비대로 청구외 김OO에게 298,704,840원을 지급하였고 청구외 김OO이 다시 (주)OOO건설기계와 (주)OO개별건설기계에 149,600,000원과 124,300,000원을 아래와 같이 지급하였다고 주장하면서 김OO의 영수증 7매과 무통장입금증 1매를 제시하고 있는 바, 동 OO은행의 무통장입금증(2000.9.29)에 의하면 청구외 신OO이 김OO의 OO계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에 44,530,000원을 송금한 사실이 확인된다. 토목공사비 지급내역 (단위 : 원)

(3) 전시의 사실을 종합하여 보면, 임야인 쟁점토지가 1999.3.27 토지전용허가되어 2000.12.8 공장용지로 형질변경되었음이 확인되고 있는 바, 첫째, 임야를 공장용지로 변경하기 위하여는 반드시 토목설계가 필요함에도 처분청은 OO측량설계사무소가 1999.1.14 폐업하였다는 사유로 설계비를 부인하였으나 설계용역이 1999.1.1부터 세법개정으로 과세사업으로 변경됨에 따라 종전의 면세사업자등록번호는 폐지되고 새로운 과세사업자의 사업자등록번호가 교부되었음이 확인되고, 설계용역대가로 16,500,000원을 지급한 사실이 입금표, 세금계산서와 거래사실확인서 등에 의하여 확인되고 있는 이건의 경우 설계비를 폐업후의 거래라 하여 필요경비부인한 처분은 잘못이 있다 하겠다. 둘째, 처분청은 콘크리트제품 매입에 따른 계약서와 대금지급에 대한 증빙이 없다는 사유로 콘크리트제품 구입비 26,404,400원을 필요경비부인하였으나 수로관공사를 하기 위해서는 흄관 등 콘크리트 제품이 필수적으로 소요되고 청구인은 취득토지를 공장용지로 변경하면서 수로관공사등을 시행한 사실이 공사관련사진 등에 의하여 확인되고, 청구외 OO콘크리트산업(주)가 청구외 신OO에게 26,404,400원의 콘크리트제품을 판매하였다고 ,세금계산서, 거래명세서, 입금표 등을 첨부하여 확인하고 있으며 동 세금계산서 매출에 대하여 적법하게 부가가치세를 신고납부하였음이 확인되므로 필요경비로 인정함이 타당함에도 건설공사를 시행하지 아니하고 단순히 콘크리트제품을 제작하여 판매하고 있는 법인과의 거래분을 거래상대방이 자료상이거나 가공매출하였다는 거증자료 없이 공사계약서가 없고 금융자료등 객관적인 증빙을 제시하지 못한다는 사유로 필요경비를 부인한 처분은 국세기본법상 근거과세의 원칙에 비추어 잘못이 있다 하겠다. 셋째, 처분청은 토목공사비와 관련하여 청구외 신OO이 중기사업자로부터 교부받은 세금계산서 20매 183,700,000원은 거래상대방의 부가가치세신고여부를 조회하여 필요경비로 인정한 반면, (주)OOO건설기계로부터 2000.7.30～2000.9.30에 교부받은 세금계산서 3매 149,600,000원(공급대가)와 (주)OO개별건설기계로부터 같은 기간에 교부받은 세금계산서 3매 124,300,000원(공급대가) 계 273,900,000원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 도급계약서와 세금계산서의 공급자가 다르다는 이유로 계약서를 허위로 작성한 것으로 보아 필요경비부인하였으나, 공장용지로 형질변경하면서 토목공사를 실시하여 쟁점세금계산서를 교부한 거래상대방(용역제공자)이 모두 부가가치세를 적법하게 신고납부하였음이 확인되고 있는 이 건의 경우 세금계산서를 교부한 법인이 자료상이거나 가공매출하였다는 근거자료없이 쟁점세금계산서를 부인하는 경우 세금계산서를 교부한 법인에 대하여는 경정감하여 부가가치세와 법인세를 환급해주어야 하는 문제가 발생하고, 청구인은 실제 토목공사를 실시하여 임야인 양도토지를 공장용지로 형질변경한 사실이 확인되고 토목공사비를 청구외 김OO에게 지급한 사실이 영수증과 무통장입금증에 의하여 확인되는 바, 실제로 지출된 자본적 지출인 토목공사비를 전액 부인하기는 어렵다고 판단되고, 토목공사를 함에 있어서 청구외 김OO의 역할이 명확하지 아니하므로 실제 김OO이 토목공사용역을 제공하였다면 미등록사업자로 보아 과세하고 세금계산서 발행법인에 대하여 세금계산서불성실가산세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도 실질과세의 원칙에 따라 김OO에게 지급한 토목공사비의 금액과 실제 토목공사와 관련하여 용역을 제공하였는지 여부를 재조사하여 필요경비로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 산정함에 있어서 양도자산의 용도변경 이용편의를 위하여 지출한 설계비등 자본적 지출액의 일부를 임의로 필요경비 부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「소득세법」 제100조 【양도차익의 산정】 / 「소득세법시행령」 제163조 【양도자산의 필요경비】