특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

2017사업연도에는 매출액이 000억원으로 종전 시행령과 개정 시행령의 소기업 매출액 기준을 모두 충족하지 못하는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 청구법인에게 2017사업연도 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

【주문】

심판청구를 기각한다.

【이유】

1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.6.1. 설립되어 건설 배관공사업을 주업으로 영위하고 있고, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된「조세특례제한법 시행령」(2016.2.5. 개정전 시행령을 이하 “종전 시행령”이라 하고, 개정후 시행령을 이하 “개정 시행령”이라 한다) 부칙 제22조의 규정에 따라 중소기업특별세액 감면 적용대상인 소기업에 해당되는 것으로 보아 동 감면을 적용하여 2017사업연도 법인세를 신고하였다. 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인의 2017사업연도 매출액이 OOO이어서 중소기업특별세액 감면 적용대상 소기업 매출액 기준(종전 시행령 OOO미만, 개정 시행령 OOO이하)을 충족하지 못하였으므로 2017사업연도분 법인세는 동 감면 적용대상이 아니라는 취지로 처분청에 감사결과를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 2019.9.5. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO경정ㆍ고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1)「조세특례제한법 시행령」(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 개정취지는 “고용을 늘려 매출액이 증가하는 경우라 할지라도 종전대로 소기업으로서 조세지원이 유지되도록 하겠다”는 뜻으로 (가) 부칙 제22조를 통해 고용증대로 매출액이 증가하고, 그 매출액이 소기업의 매출액 기준을 초과하더라도 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지는 소기업으로 보아 중소기업 특별세액 감면을 해줌으로써 소기업의 고용증대 시 발생되는 장애요소를 제거하려는 경과규정을 둔 것인바, (나) 청구법인의 경우 2016년부터 2018년 기간 중에 매출액만이 아니라 고용도 증가하였음이 확인되므로 부칙 제22조에서 규정하고 있는대로 2019과세연도까지는 소기업으로 보아 중소기업특별세액감면 규정이 당연히 적용되어야 한다. (2) 본 사건은 유권해석기관마다 세법규정에 대한 해석이 불분명한 경우로서 이는 납세자에게 그 위무를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다할 것이므로 청구법인에게 적용된 신고 및 납부불성실 가산세는 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 종전 시행령에서 중소기업에 대한 특별세액감면 적용대상 소기업을 상시 근로자 수 및 매출액을 기준으로 판정하다가 개정 시행령에서 매출액 기준으로 단일화함과 동시에 부칙 제22조에서 “시행당시 개정전 규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정 규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 경우에는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”라고 경과규정을 두었는바, 개정 시행령 부칙 제22조의 의미는 종전 시행령을 적용하여 소기업에 해당하는 기업이 개정 시행령을 적용하게 되면 소기업에 해당하지 않는 경우에 적용되는 것으로 청구법인의 2016 및 2017사업연도 매출액은 각각 OOO소기업 매출액 기준(종전 시행령 OOO미만, 개정 시행령 OOO이하)을 초과하였으므로 청구법인은 2017사업연도에 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당되지 않는다. (2) 청구법인은 부칙 제22조와 관련하여 “2015사업연도에 소기업에 해당되기만 하면, 매출액이나 고용인원의 증가에 관계없이 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지는 계속하여 소기업으로 본다”라고 해석하고 있는데, 이러한 해석이 정당하다는 과세관청의 공적인 견해표명이 없었음에도 불구하고, 관련 규정을 청구법인의 입장에서 유리하게 해석하여 잘못 신고한 사실은 세법의 무지 또는 납세자의 과실에 해당하는 것으로 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 청구법인이 2017사업연도에 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당되는지 여부 ② 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부개정된 것) 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다. 1. 감면 업종 사. 건설업 2. 감면 비율 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15 부칙 <제13560호, 2015.12.15.> 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. (단서생략) 제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것) 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) ⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다. 부칙 <제26959호, 2016.2.5.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다. 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다. (4) 중소기업법 시행령 [별표3] 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준(제8조 제1항 관련)

【관련법령】

「국세기본법」 제48조 / 「조세특례제한법」 제7조 / 「조세특례제한법」 시행령제6조