특별행정심판례정보

【세목】

부가

【재결요지】

실제거래한 업체와 세금계산서를 수취한 업체가 동일한 경영주체에 의해 경영되어 두 업체를 동일한 회사로 인식하여 거래할 수 밖에 없었던 것으로 보여지므로 선의의 당사자로 봄이 타당함,

【주문】

OO세무서장이

2008.12.8.

청구인에게 한 2005년 2기 부가가치세 98,088,490원의 부과처분은 이를 취소한다.

【이유】

1. 처분개요

청구인은

2002.8.1.부터 현재까지 OOOOO OOO OOO OOOOO

OO OOOOOOO OOOO에서 OOOOO OOOOOO’ 라는 상호로

컴퓨터주변기기 도소매업을 영위하고

있는 법인사업자로서, 2005년 2기에 의료법인 OOOOOO(OOOOOOOOOOOO)으로부터 공급

가액 642,119천원 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를

수취하여 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 공제하였다.

의료법인 OOOOOO(OOO OOOOO)의 관할인 OO세무서장은 의

료법인 OOOOOO이 매출세금계산서

합계표를 제출하지 아니하여 불부합이 발생하여

2007년 12월 조사한 결과

, 의료법인 OOOOOO은

면세

사업자임에도 쟁점세금계산서를 발행하였다 하여 처분청 에게 과세자료로 통보하였다.

처분청은 위의 과세자료에 의해

쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제

하여 2008.12.8.

청구인에게 2005년 2기 부가가치세 98,088,490원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2009.2.23. 이 건 심판청구를 제기하였다

.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 의료법인 OOOOOO과 거래할 당시 의료법인 OOOOOOO OOOO OOO OOO OOO OOOOOOO OOOOOO을 운영하고 있는 것과는 별도로 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOOOOO OOOO에 의료법인 OOOOOO 서울지사를 두고 이사장인 OOO과 컴퓨터 영업부분 대표 OOO는 동소에 OO

OOO OOOOOOOOOOO OOOOO(OOO의 처)}라는 상호로 컴퓨터 부품

도매업을 같이 운영하고 있었는 바, 청구인은 본 건을 거래하기 직전인 2005.5.10.～2005.6.28. 기간 동안 OOOOO 주식회사로부터 118,284천원 상당의 컴퓨터서버 등 부품을 매입한 사실이 있고, 청구인이 OOOOO 주식회사 및 의료법인 OOOO

OO과 거래한 컴퓨터 부품은 대부분 OOOOO(OO)O의 고가(

1개당 수백만원에서 수천만원을 호가함)

의 컴퓨터

서버이며, 국내에 40～50개 정도의 HP딜러 중 하나로 알려져 있는 이들로부터 신속한 대금결제 조건으로 유리(2～3%

정도 저렴)한 가격에 구입하면서 상품대금의 대부분을 OOOOO

주식회사 명의의 계좌로 송금하고 현금으로 지급한 부분에 대해서는 입금영수증을 수령하였을 뿐 아니라, 처분청은 2006.8.10. 본건과 관련하여 청구인에게 세금계산서합계표 불부합자료에 대한 소명자료를 요청하였음에 따라 청구인은 당시 이에 대한 소명자료를 제출하여 정상거래로 인정받은 바 있다.

다른 의료재단들도 대부분 부동산임대, 장의물품판매업, 슈퍼, 식당 등 여러가지 과세사업을 겸영하면서 세금계산서를 발행하고

있고, 세금계산서의 내용(사업자등록번호, 상호, 물품

의 내용, 거래일자 및 금액 등)이 일치하면 정상적인 세금계산서로 인식하는 것이 일반적이며, 법인의 경우 부가가치세 과세용 사업자등록 번호와 면세용 사업자등록번호가 구별되지 아니한 채 사용되고 있을 뿐 아니라, 청구인이

의료법인 OOOOOO의 사업자등록 사항을 의료

법인 OOOOOO 관할세무서에 조회한다 하더라도, 관할세무서에서는

국세기본법 제81조의8

(비밀유지) 규정에 의해 당사자가 아닌 청구인에게 의료법인 OOOOOO의 등록내용을

알려줄 수

없는 처지임에 비추어 볼 때, 청구인은 거래상대방으로서

주의의무

를

다한 선의의 거래당사자이므로 이 건 처분은 부당하다

.

나. 처분청 의견

청구인은 거래상대방인

의료법인 OOOOOO으로부터 컴퓨터

부품을 매입하고 대금은 의료법인 OOOOOO이 운영한 OO OOO OOOO 계좌에 입금하고 쟁점세금

계산서를 수취하였 으므로 선의의 거래대상자라고 주장하나,

일반적으로 의료법인은 컴퓨터도매업을 운영하지 아니하는 것이 상식이고, 의료법에서도 의료법인 설립은 시도지사의 허가를 득하여야 하는 등 엄격하게 규정하고 있으며, 의료법의 부대사업 범위에 컴퓨터 도매업은 열거되어 있지 아니하고 있을 뿐 아니라,

고액의 거래금액(공급 가액 642백만원)을 입금하면서

의료법인 OOOOOO이 실제 컴퓨터 사업부를 설립하였는지 또는 OOOOO 주식회사를 합병하였는지를 확인하지 아니한 것은 일반적인 거래당사자의 의무를 다하지 못한 것으로 판단된다.

또한 대금지급 관계가 정상적으로 이루어지지 아니한 거래 라면 거래 상대방인 의료법인 OOOOOO이 면세사업자인지 세금계산서를 교부할 수 있는 사업자인지 여부를 사업자등록증만 확인하더라도 면세법인의 경우 사업자등록상 면세법인사업자로 표기되어 면세사업자인지 여부를 알 수 있는 바, 청구인이 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다 하였다고 볼수 없으므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부.

나. 관련법령

(1)

부가가치세법 제5조

【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는

바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게

등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나

기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에

의하여

지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항

단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

(2)

부가가치세법 제16조

【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

(3)

부가가치세법 제17조

【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.

제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서

합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니 하였 거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다

다. 사실관계 및 판단

(1)

처분청은 청구인이

의료법인 OOOOOO으로부터 수취한

쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건을

처분한 데 대하여 청구인은 선의의 거래당사자라고 주장하면서 그에 따른 증빙으로 금융거래내역과 법원판결문 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가)

쟁점세금계산서를 발행한 의료법인 OOOOOO(OOOOOOOOOOOO)의 등기부등본과 국세통합전산망자료를 보면

, 의료법인 OOOOOO은 2001.4.9. OOOO OOO OOO OOO OOO 번지에서 개업하여 2006.8.4. 해산등기한 것으로, 설립목적은 비영리의

료

법인으로서 의료기관을 설치운영하고, 보건의료에 관한 연구개발 등을

통하여 국민보건 향상에 기여함을 목적으로 하며, 목적을 효율적으로 달성하기 위하여 의료기관의 설치운영, 지역영세민 구료 및 무의촌

순회진료, 기타 목적달성에 필요한 부대사업으로 명시되어 있고, 이사장

OOO은 2005.6.17. 취임하여 2006.7.26. 말소되었으며, 이사장 OOO의

주소지가

OOOOO

주식회사 사업장 소재지인

OO

OOO OOO OOO OOOOOO

OOO OOOOO OOOO

로

기재되어 있다.

(나) 쟁점세금계산서와 대금지급 증빙은 아래 표와 같은 바,

(천원)

의료법인 OOOOOO은

쟁점세금계산서를 청구인에게 발행(품목: 서버 외)하였고, 청구인

은 2005.8.5.～2006.8.1. 기간동안 청구인 명의의 OOOO OO(OOOOOOOOOOOOO)에서 536,200천원을 OOOOO(O)O OOOO 계좌로 이체하였음이 금융거래 증빙으로 확인되며

,

청구인은 20

05.11.11.～2006.6.23.

기간동안 청구인 명의의 계좌 4개(OOOO OOOOOOOOOOOOOO, OOOO OOOOOOOOOOOOOOO, OO

OO

OOOOOOOOOOOOOOO, OOOO OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 170,200천원을

현금으로 인출하여 대금으로 지급하고 OOOOO(O) 명의의 입금표 6매를

수취하였다고 주장한다.

(다)

청구인의 매입원장과 거래처원장을 보면, 청구인은 2005년 1기부터

의료법인 OOOOOO으로부터 서버 등 컴퓨터 주변기기를 계속적으로 외상매입한 후 수시 결제한 것으로 기재되어 있다.

(라) 청구인이

OOO(OOOOOOOOOOOOOO)로부터 받은 명함을 보면,

OOO는 OOO OOO OOO OOOOOO OOOOO

OOO OOOO에 소재한

OOOOOO 주식회사 이사

’와 OOOOOOO(OOOOOO의 종전 명의) 서울지사 영업대표’라고 기재된 명함으로 청구인 등과 거래하였는 바, 의료법인 OOOOOOO

OOOOO 주식회사가

동일한 경영주체에 의해 운영되고 있음을 대외적으로 표명하면서 거래한 것으로 나타난다.

(마

) 청구인이 증빙으로 제시한

의료법인 OOOOOO(이사장

OOO)의 변제각서와 판결문에 의하면, 의료법인 OOOOOO(이사장 OOO)과 연대보증인인 ‘OOO’는 2006.4.17. 컴퓨터 주변기기 공급업체인 OOOOO, OOOO(O), OOO, OOOOO에게 대한 변제할 금액은 2006.4.12.현재 314,903,660원이고, 이를 2006.6.15.까지 4차례에 걸쳐 상환하는 것으로 약정하였음에도, 의료법인 OOOOOO이 위 금액을 상환하지 아니함에 따라 채권자인 OOOOO, OOOO(O), OOO, OOOOO은 2006.7.7. 의료법인 OOOOOO과 연대보증인인 OOO를 상대로 수원 지방법원에 민사소송을 제기하였음에 따라 수원지방법원은 2008.5.30. 의료법인 OOOOOO(이사장 OOO)과 ‘OOO’에게 위 금액을 상환하라는 판결을 한 것으로 나타난다.

(바) OOOOO(O)O OOOO 계좌 및 OOO의 사실확인서(2006.8.25. 작성)를 보면, 의료재단 OOOOOO은 과다채무에 따라 계좌가 압류될 것을 우려하여 병원의 수입과 지출을 OO OOO(O) 명의의 OOOO 계좌를 통해 이루어졌고, OOO는 OOOOO(O)의 재정악화와 사업방향 전환을 위해 2005년 6월 사업장을 휴업하고

OOOOOO(현재 OOOOOO)에 합병

하는 조건으로 기존 채권, 채무 그리고 그에 수반되는 일체 관계를 OOOO OOOOOO(이사장 OOO)에게 양도한 후, 의료법인 OOOOOO이 병원 정상화에 실패하고 OOOOO(O) 인수와 관련한 법인 양도ㆍ양수 편입절차가 불가능한 상태가 되어 청산

절차를 들어 갔으며, OOO와 재단 이사장인 OOO 그리고 OOO

가 섭외한 매입처 간에 대금지급과 관련한 민사소송이 진행 중에 있음을 확인하고 있다.

(사) 한편, OO세무서장이 2007년 12월 쟁점세금계산서와 관련한 자료처리 검토조서를 보면, 면세사업자인 의료법인 해동 의료재단은 사업용인 컴퓨터 하드웨어, 소프트웨어 등 전산장비를 컴퓨터 주변기기 도소매업체인 청구인에게 매각하여 매출세금 계산서를 교부하고, 청구인은 동 세금계산서로 매입세액을 공제 받았음에도 의료법인 OOOOOO이 매출세금계산서합계표를 제출하지 아니하여 불부합이 발생한 것으로 조사되었다

.

(2) 이상과 같이 살펴본 바를 종합하면, 의료법인 해동의료

재단의 이사장 OOO과 OOO는 의료법인 OOOOOO의 사업자

등록 변경 없이 OOOOO OOO OOO OOOOOO OOO OO OOO OOOO에 ‘의료법인 OOOOOO OOOOO OOOOO 주식회사’라는 하나의 간판 아래 청구인을 비롯한 다른 거래처 (OOOOO, OOOO(O), OOO, OOOOO 등)로부터 컴퓨터 부품과 주변기기 등을 거래하면서 의료법인 OOOOOOO OO

OOO 주식회사가 동일한 경영주체에 의해 운영되고 있는 하나의

회사임을 대외적으로 표명하였고, 의료법인 OOOOOOO OOOOO 주식회사가 실제 동일한 주체에 의해 경영되었음이 청구인이 증빙으로 제시한 거래처원장, 대금지급증빙, OOO 명함, 의료법인 OOOOOO 등기부등본, 의료법인 OOOOOO의 결제 계좌, 다른 거래처의 의료법인 OOOOOO에 대한 소장과 판결문 및 OOO의 사실확인서 등에 의해 구체적으로 확인되는 바, 이들과 거래한 자들(청구인, OOOOO 등)은 의료법인 OO

OOOOO OOOOO 주식회사가 동일한 회사로 인식하여 거래할

수 밖에 없었던 것으로 보여지고, 청구인이 이 건을 거래함에 있어

거래상대방에 대한 신분과 거래장소ㆍ결제계좌내역 등을 확인 한 후 계속 거래를 한 점, 또한 법인사업자의 경우 실제 실무적 으로 부가가치세 과세용 사업자등록번호와 부가가치세 면세용 사업자등록번호가 구별되지 아니한 채 사용되고 있어 공급받는 자인 청구인에게 과세재화 공급시 공급자에 해당하는 법인이 부가가치세 면세사업자인지 또는 부가가치세 과세겸업사업자인지

여부를 구별하거나 쟁점세금계산서 거래가 과세거래이므로 공급자

에게 그에 따른 적절한 조치(사업자등록 정정신청후 세금계산서 교부)를 취할 것을 기대하기는 일반 사회통념상에 비추어 볼 때 무리라고 보여지는 점 등으로 보아 청구인은 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로

국세기본법 제81조

와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여

주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「부가가치세법」 제5조 【등록】