특별행정심판례정보

【세목】

법인

【재결요지】

청구법인이 발급한 어음을 청구법인이 소지하고, 부지선정 이전에 토목공사가 이루어진 점으로 볼 때, 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있으나, 청구법인과 발주자, 하도급법인간에 공사기성금 청구가 이루어진 점, 발주자의 기성검사원에서 토목공사비 등이 확인되는 점 등으로 볼 때 재조사하여 결정함이 타당함

【주문】

OO세무서장이 2010.12.2. 청구법인에게 한 2007년 제2기분 부가가

치세 OOO원 및 2007사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은,

청구법인이 OOO종합건설주식회사로부터 수취한 세금계산서

(2007.11.30.자

공급가액 OOO백만원, 2007.12.18.자 공급가액 OOO백만원)가 원자재 확

보 및 구조물 등 제작을 위한 선급금 또는 재화나 용역의 공급 전에 미리 대금을 지급한 세금계산서인지 여부와 위 세금계산서상 금액(공사원가)에 대응하는 공사수입금액을 청구법인이 익금으로 계상하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

【이유】

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.9.26. 개업한 재생에너지 전문기업으로서,

2007.6.15. 주식회사 OOO랜드(이하 “OOO랜드”라 한다)로부터 도급받은 에너지

공급사업(이하 “OOO랜드 열공급사업”이라 한다)과 관련하여

2007.11.30. OOO종합건설 주식회사(이하 “OOO종합건설”이라 한다)로부터 수취한 세금계산서 1매[품목: 토목건축공사(OOO랜드)] 공급가액 OOO백만원

(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다)과 2007.9.20. 한국지역난방공사로부

터 도급받은 OOO 신재생에너지시설 건설공사(이하 “OOO공사”라 한다)와 관련하여 2007.12.18. OOO종합건설로부터 수취한 세금계산서 1매[품목: OOO신재생토건공사(선수금)] 공급가액 OOO백만원(이하 “쟁점②세금계산서”라 하고, 쟁점①세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)의 각 매입세액을 공제하고 공사원가를 손금산입하여 2007년 제2기 부가가치세 및 2007사업연도 법인세를 각 신고하였다.

나. 처분청은 2010년 10월～2010년 11월 기간 동안 청구법인에 대한

조세범칙조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취

한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액 불공제 및 손금불산입하여, 2010.12.2. 청구법인에게 2007년 제2기분 부가가치세 OOO원과 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)

쟁점세금계산서는 다음과 같은 이유로 적법한 세금계산서에 해당한다.

(가) 쟁점①세금계산서는 OOO랜드로부터 열공급사업을 도급받은 청구법인이 원재료 확보 등의 자재 수급 및 구조물 등의 제작을 위하여 하도급업체인 OOO종합건설에게 선급금으로 약속어음을 발행하고 수취한 것이므로 적법한 세금계산서이다. 즉, ① 청구법인과 OOO종합건설 사이에 체결된 OOO랜드 열공급사업 하도급공사계약에는 토목공사 외에 건축공사도 있었고, 공사금액 중 재료비가 약 OOO억원인바, 원재료 확보 등 자재수급과 구조물 등 제작을 위해 선급금을 지급할 수 밖에 없어 약속어음을 발행한 것이고, ② OOO랜드의 부지선정 지연으로 청구법인이 OOO랜드로부터 공사대금을 받지 못함에 따라 하도급업체에 발행한 어음을 결제하지 못하고 있던 상황에서 OOO종합건설이 청구법인으로부터 수취한 어음을 추심하면 청구법인의 부도위험이 있었으므로 부득이하게 어음의 만기를 연장하여 청구법인이 보유하였던 것이며, ③ 청구법인이 OOO종합건설로부터 계약이행보증증권을 받지 못한 것은 OOO종합건설의 전문건설공제조합 보증한도 초과로 인하여 계약이행보증 지급각서로 대체한 것에 불과하고, ④ 청구법인은 2008년 8월 검찰 조사를 받고난 후 사업이 악화되어 모든 공사가 취소되고 위약금까지 배상하고 있어 더 이상 공사를 할 수 없어 이후 공사대금으로 지급된 것이 없을 뿐, 청구법인은 OOO랜드 열공급사업과 관련하여 원청업체인 OOO랜드 및 재하청업체인 OOO종합건설과 각 계약을 체결하고 공사에 필요한 자재 등 확보를 위하여 선급금을 지급하고 쟁점①세금계산서를 수취한 것이므로 정당하다.

(나) 쟁점②세금계산서는 외부 자재구입 등의 필요에 의한 선급금지급분에 대하여 발행된 것이므로 적법한 세금계산서이다. 즉, ① 쟁점②세금계산서는 공사기성과는 무관한 것으로, 청구법인과 OOO종합건설과의 공사계약은 토목공사 외에 건축공사도 포함되어 있고, 공사금액 중 자재비가 약 OOO억원인바, OOO종합건설이 실시한 토목공사가 없었으므로 쟁점②세금계산서가 가공매입이라는 처분청의 주장은 타당하지 않고, ② 하도급공사는 원청업체에 신고하여야 하나 건설업의 관행상 원청업체에 신고하지 않고 하도급을 주는 사례는 중소기업에 흔히 있는 일이며, ③ 청구법인과 OOO종합건설 사이에 체결된 공사계약서에 의하면 계약이행보증금 대신 계약이행보증각서로 대체 가능하도록 되어 있어 청구법인은 2007.10.5. 이행보증금(계약)지급각서를 제출받았으며, 또한 OOO종합건설이 선급금에 대한 선급금보증보험증권을 제출하지 않으므로 결제된 약속어음의 지급을 연장하다가 일부 공사의 축소로 OOO종합건설에 계약금액 감액변경을 요구하였으나 OOO종합건설이 이를 수용하지 않고 공사 진행을 거부함에 따라 중도에 타절하고 동 공사는 다른 업체에 맡기게 된 것이다.

(다) 설령, OOO종합건설이 공사에 착공하지 않았다하더라도 대가를 지급하고 세금계산서를 수취하여 매입세액공제한 것은

「부가가치세법」제9조

제3항에 의거 매입세액 공제대상에 해당한다.

(2) 세무조사 당시 작성된 문답서에서 청구법인의 경리담당이사는 OOO랜드 열공급사업 및 OOO공사 관련 공사수익금액을 작업진행률에 의하여 계상하였다고 진술하였고, 청구법인의 2007사업연도 재무제표에 대하여 OOO회계법인이 작성한 외부감사보고서에서도 OOO랜드 및 한국지역난방공사에 대한 매출액이 진행기준에 의하여 인식된 것으로 나타나므로, 만약 처분청 의견과 같이 쟁점세금계산서를 가공매입으로 보아 관련 공사원가를 부인하는 경우에는 이에 대응하여 인식한 공사수익도 익금불산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 다음과 같은 이유로 정당하다.

(가) 쟁점①세금계산서에 관하여, ① 청구법인은 OOO종합건설에게 기성공사대금으로 OOO백만원(공급대가)을 지급하였다고 주장하나, 조사공무원이 OOO랜드에 출장하여 조사한바, OOO랜드 열공급사업과 관련된 부지확정은 2008년 3월경 이루어진 것으로 확인되므로 부지확정이 이루어지지 않은 상황에서 토목공사 기성금을 지급하고 세금계산서를 수취하였다는 주장은 신뢰하기 어렵고, ② 약속어음의 만기를 연장하였다 하더라도 당연히 채권자인 OOO종합건설이 어음을 소지하고 있어야지 청구법인이 어음을 소지하고 있었다는 것은, 당초부터 청구법인이 OOO종합건설에게 지급할 채무가 없었다고 밖에 볼 수 없으며, ③ 청구법인과 OOO종합건설 사이에 2007.8.24. 작성된 공사계약서에 의하면 선급금은 선급금보증보험증권 제출 후 지급하는 것으로 표기되어 있으나, 같은 날 수정된 공사계약서에는 선급금으로 계약금액OOO의 40%OOO를 지급하는 것으로 변경되어 있는데, 이에 따라 선급금을 지급하려면 2007.8.24.경에 지급하였어야 하나, 2007.12.13. 같은 내용의 계약서를 임의로 만들어 선급금을 지급하면서 청구법인이 OOO종합건설에 하도급 준 다른 공사와 달리 보증보험증권을 받지 않은 것은 정상적인 거래로 보기 어렵고, ④ 청구법인이 OOO종합건설에게 발행한 2007.12.7.자 약속어음 OOO백만원은 결제하지 않았으나, 이후 OOO염색조합공사와 관련된 OOO공장공사 건으로 2007.12.7.～2008.10.29. 발행한 전자어음 OOO백만원을 2008.4.18.～2009.2.16. 모두 지급한 것으로 확인되므로, OOO랜드로부터 공사대금을 받지 못해 부도위험이 있어 어음의 만기를 연장하였다는 청구법인의 주장은 이유없다.

(2) 쟁점②세금계산서에 관하여, ① 청구법인은 공사기성과는 상관없는 선급금 지급분이라고 주장하나, 청구법인 및 OOO종합건설이 2007.12.15. 작성한 1회 기성검사보고서에 의하면 기성검사(기성율 40%)를 하고 그 결과에 의해 OOO억원을 지급한 것으로 나타나므로 공사기성과는 관련없는 선급금이라는 주장은 말바꾸기에 지나지 않고, 청구법인의 작업일보에도 2007년 12월말까지 토목공사는 없었던 것으로 나타나며, ② 한국지역난방공사에 확인한바, 청구법인이 신청한 건설관련 하도급업체에 OOO종합건설은 없는 것으로 확인되고, ③ 청구법인 및 OOO종합건설이 2007.10.5. 작성한 기자재 및 공사계약서에 의하면 선급금은 선급금보증보험증권 제출 후 지급하기로 약정되어 있으므로, 선급금 지급 후 보증보험증권 제출을 요구하는 것은 있을 수 없는 일이며, ④ OOO종합건설이 OOO공사와 관련하여 청구법인에게 공사대금을 청구한 사실이 없고, ⑤ 청구법인이 2007.12.21. 발행한 약속어음 OOO억원을 OOO종합건설에 지급하지 않고 청구법인이 직접 보관하고 있었으며, 부가가치세만 별도로 현금 지급한 것으로 확인되므로, 청구법인의 주장과 같이 쟁점②세금계산서 금액을 공사기성이 아닌 선급금이라 하더라도 결과적으로 청구법인은 OOO종합건설에게 대금지급한 사실이 없다.

(3) 청구법인이 2007사업연도 법인세 신고시 작업진행률에 의한 공사수입금액 OOO백만원을 계상하였고, 세무조사시 작성된 전말서에서 청구법인의 재무관리 및 총무부서의 이사 유OOO이 작업진행률에 의거 공사수익을 계산하였다고 진술한 것으로 나타나나, 동 전말서에서 유OOO은 공사작업일지 등 기타 장부가 없는 것으로 진술한 사실이 있고, 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급가액에 상당하는 원가를 작업진행률에 의한 공사수입금액 계상에 반영하였다는 아무런 증거자료를 제출하지 않았으므로, 작업진행률에 의한 공사수입금액을 재계산하여 익금불산입하여야 한다는 청구법인의 주장은 근거가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부(주위적 청구)

② 쟁점세금계산서의 금액을 가공매입으로 보아 매입원가(공사원가)를 손금불산입하더라도, 이에 대응하여 계상된 공사수입금액은 공사진행률에 따라 인식되었으므로 관련 공사수입금액은 익금불산입하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 출열식시스템, 소형열병합발전, 바이오병합발전, 탈진탈황설비 등 산업기기 제작을 주사업으로 하여 주식회사 OOO와 전국의 아파트 단지를 주요 매출처로 하는 재생에너지 전문기업으로서, 2003년 코스닥 상장되었으나, 2008년 검찰의 비자금 수사 이후 상장폐지, 2009년 4월 부도, 법원의 회생절차폐지 결정 등으로 경영의 어려움을 겪다가 2011년 11월경 직권 폐업된 것으로 나타난다.

(2) 2010년 11월경 작성된 처분청의 조사보고서에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인이 OOO랜드 열공급사업과 관련하여 OOO종합건설로부터 2007.11.30. 수취한 쟁점①세금계산서(공급가액 : OOO백만원)의

품목은 토목건축공사(OOO랜드)로 기재되어 있고, 그 대금은 청구법인

이

2007.12.7. 발행한 액면금액 OOO백만원의 약속어음OOO으

로 결제되었으나, 동 약속어음은 당초 지급기일(2008.4.15.)이 2008.8.15.로 1회 연장된 이후 청구법인이 보관하고 있는 것으로 조사되었다. 상기 공사와 관련하여 제출된 청구법인과 OOO종합건설간의 기자재 및 공사계약서는 총 3부(2007.8.24. 작성된 계약서 2부, 2007.12.13. 작성된 계약서 1부)가 존재하는 것으로 확인되며, 같은 날짜(2007.8.24.)에 작성된 공사계약서도 서로 내용이 틀리고, 계약이행보증증권 및 선급금보증보험증권 등이 미제출되었다.

(나) 청구법인이 OOO종합건설로부터 2007.12.18. 교부받은 쟁점②세금계산서(공급가액 : OOO억원)의 품목은 OOO 신재생토건공사(선수금)로 기재되어 있고, 그 대금은 청구법인이 2007.12.24. 발행한 액면금액 OOO억원의 약속어음OOO으로 결제되었으나, 동 약속어음은 당초 지급기일(2008.4.30.)이 2008.8.15.로 1회 연장된 이후 청구법인이 보관하고 있는 것으로 조사되었으며, 청구법인은 2007.12.15.자 기성검사보고서에 의거 2007.12.24. 기성금 OOO억원을 지급한 것으로 소명하였으나, ① 동 기성검사보고서상 기성공사기간이 2007.10.5.～2007.12.15.로 표기되어 있는데, 당일(2007.12.15.) 기성검사가 완료되었다는 것은 이해할 수 없을 뿐만 아니라, OOO종합건설의 기성고 검사요청서는 2007.12.26. 작성된 것으로 확인되므로, 청구법인은 기성검사보고서를 허위로 작성하여 기성대금을 지급한 것으로 판단되고, ② 발주처인 한국지역난방공사 OOO지사에 출장하여 확인한바, 청구법인이 신청한 건설관련 하도급업체에 OOO종합건설은 없는 것으로 조사되었을 뿐만 아니라, 2007년 12월까지 토목공사가 없었던 것으로 확인되며, ③ 세금계산서에 기재된 선급금의 성격이라면 계약서상 선급금지급기준을 위반하였으며, 또한 보증보험증권 미제출 상태에서 대금이 지급된 것이라 할 수 없으므로 당초부터 계약서 내용대로 이행할 의사가 없었던 것으로 판단되므로 쟁점②세금계산서는 허위세금계산서 수취로 판단된다고 기재되어 있다.

(3) 쟁점①세금계산서와 관련하여 우리 심판원에서 확인한 사실관계는 다음과 같다.

(가) OOO랜드와 청구법인 사이에 2007.6.15. 작성된 에너지절약성과배분 표준계약서(변경)에 의하면, 청구법인은 OOO랜드가 발주한 에너지공급사업의 수급자로 선정되었고, 동 공사의 도급금액은 OOO억원(부가가치세 별도)으로 되어 있다.

(나) 처분청은 청구법인과 OOO종합건설 사이에 작성된 하도급계약서 3매(작성일자가 2007.8.24.로 된 2매 및 2007.12.13.자로 된 1매로, 계약서 제목은 “기자재 및 공사계약서”로 모두 동일함)를 제출한바, 그 주요 기재내용은 아래 <표>와 같고, 보증보험증권 작성 여부, 대금지급 조건 등 일부 내용이 약간씩 수정된 것으로 나타난다.

<표> 일자별 하도급계약서의 주요 기재내용

(다) 청구법인이 제출한 OOO랜드 열공급사업 하도급공사 견적총

괄표 및 세부 내역서에 의하면, 청구법인이 OOO종합건설에 하도급 준 총 공사비 OOO억원(공급가액)은 재료비 OOO백만원OOO, 노무비 OOO백만원OOO, 경비 OOO백만원 등으로 구성되어 있고, 그 중 건축공사는 가설공사, 철골공사, 조적공사, 방수공사, 수장공사 등으로, 토목공사는 토공 및 옹벽공사, 철근콘크리트공사, 포장공사, 부대공사로 각 이루어져 있는 것으로 나타난다.

(라) 청구법인과 OOO랜드 사이에 2007년 12월경 작성된 1회 기성검사원에 의하면 청구법인은 OOO랜드 열병합사업(계약금액 OOO억원)과 관련하여, 금회 기성금으로 OOO억원(기성율 47%)을 요청하여 OOO랜드가 이를 승인한 것으로 나타나고, 첨부된 1회 기성내역서에 기재된 금회기성 내역에는 엔지니어링비OOO, 토목공사OOO, 건축공사OOO, 연료저장설비OOO, 연소가스처리설비OOO, 증기발전터빈기OOO 등이 포함되어 있다.

(마) 또한, 2010.10.25. 처분청의 업무협조 요청에 따라 OOO랜드에서 처분청에게 제출한 열병합 1차 기성(2008.1.11.) 확인사항(작성일자 미기재됨)에 의하면, OOO랜드는 2008.1.11. 기성 확인 당시 설계용역비(OOO엔지니어링)와 외자 구입품인 증기터빈 발전기OOO 2개사에 지급한 선지급금은 인정하였고, 타 업체인 OOO메카텍(연료취급설비)과 OOO보일러에 대한 선급금 지급은 인정하지 않는 것으로 양사가 확인하였고, 청구법인의 OOO 공장에 입고된 원자재(철강류)는 거래명세서 및 입고증을 확인하고 기성 인정한 한편, 청구법인의 하도급업체에 대한 대가 지급에 관하여 OOO랜드가 확인한 사항은 없는 것으로 나타난다.

(바) OOO랜드 열공급사업의 지연 및 기성금 수령 여부와 관련한 사실관계는 다음과 같다.

1) 청구법인은 OOO종합건설에 보낸 2008.1.8.자 문서(제목 : OOO랜드 에너지공급사업 부지 변경 및 인허가 지연에 따른 업무통보의 건)에서 “발주처(OOO랜드)의 사정으로 계약일정 변경예정임”을 통보하였고, 2008.3.21.자 문서[제목 : OOO랜드 공사일정 변경(납기연장)에 따른 제작보류 및 계약변경 요청의 건]에서 “OOO랜드 에너지공급사업이 현장 조건의 변경으로 인하여 설치기간이 연장(당초 2008.12.31. → 변경 2010.3.1.)되어 부득이 제작보류 및 계약변경됨”을 통보하였으며, 이에 대하여 OOO종합건설은 청구법인에게 보낸 2008.3.26.자 문서(제목 : OOO랜드 열공급사업 토목ㆍ건축공사 계약변경 통보에 따른 업무처리 요청의 건)에서 “OOO종합건설로서도 금전적인 문제 대두로 도산이 우려되는 상황이므로, 청구법인과의 계약에 따라 OOO종합건설이 진행한 사항에 대하여는 우선 처리하여 줄 것”을 요청하였고, 청구법인은 2008.4.3. OOO종합건설에 보낸 문서(제목 : OOO랜드 에너지공급사업 계약변경 통보에 대한 회신 답변의 건)에서 “기 진행된 사항과 관련하여 조속한 처리가 진행될 수 있도록 노력하겠음”으로 답변한 것으로 나타난다.

2) 청구법인은 2008.4.15. OOO랜드에 보낸 문서(제목 : OOO랜드 열공급사업 토목건축공사 기성지급 촉구 요청 건)에서 기성지급을 촉구하고 있으며, 2008.5.9. OOO종합건설에 보낸 문서(제목 : OOO랜드 에너지공급사업 기성신청과 관련한 답변의 건)에서 OOO랜드에 기성 지급을 요청한 상태라는 점을 알리고 있고, 이에 OOO종합건설은 청구법인(참조 : OOO랜드 PM구매팀장)에게 보낸 2008.5.27.자 문서(제목 : OOO랜드 열공급사업 토목건축공사 기성지급 재촉구 요청 건)에서 기성처리가 되지 않아 상당한 금전적인 애로가 발생하고 있으며, 기성의 조속한 처리가 되지 않을 경우 별도의 조치를 취할 예정임을 밝히고, OOO종합건설은 청구법인에게 보낸 2008.6.5.자 문서에서 금월 중으로 기성처리 되지 않을 경우 계약의 불이행에 따른 배상이 불가피하다고 통보한 것으로 나타난다.

3) 위 1)～2)과 달리, 처분청은 청구법인에 관한 조사 당시 OOO랜드 구매계약팀으로부터 청구법인이 OOO랜드 열공급사업과 관련하여 선급금 OOO억원(OOO백만원의 오기로 보임)을 이미 지급받았고, 또한 선급금을 포함하여 OOO억원 상당의 산업캐피탈자금을 수령하였음을 확인하였다고 주장하고 있다.

4) 이와 관련하여 청구법인의 회계처리 자료에 의하면, 청구법인은 2007.9.20. OOO랜드로부터 수령한 OOO백만원에 관하여 외상매출금 회수로 계상하였고, 2007.4.10.～2007.12.31. OOO랜드 열공급사업과 관련하여 주식회사 OOO스틸, 주식회사 OOO인텍, OOO종합건설 등에게 총 OOO백만원을 지출한 것으로 계상한 것으로 나타나는 한편, 우리 원 조세심판관회의에 출석한 청구법인의 전 관리 및 자금담당이사 유OOO은 청구법인이 OOO랜드에서 OOO여억원 상당의 에스크로(제3자 기탁방식)를 예치하였으나 당시 청구법인의 대표이사가 이를 몰랐던 점도 회사 부도 원인의 하나였다고 진술한 사실이 있다.

(사) 청구법인의 2007사업연도 재무제표 및 동 재무제표에 대하여 2008.2.22. OOO회계법인이 작성한 외부감사보고서에 의하면, OOO랜드 열공급사업과 관련하여 청구법인은 총계약금액 OOO억원 중 OOO억원을 진행기준에 의한 매출액으로 인식한 것으로 나타난다.

(4) 쟁점②세금계산서와 관련하여 우리 원에서 확인한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 한국지역난방공사와 청구법인 사이에 2007.6.30. 작성된 OOO공사 계약서에 의하면, 청구법인은 한국지역난방공사가 발주한 OOO공사의 수급자로 선정되었고, 동 공사의 도급금액은 OOO억원(부가가치세 별도)으로 되어 있고, 첨부된 계약금액내역서에 의하면 총원가 OOO억원은 재료비 OOO억원, 노무비 OOO억원, 경비 OOO억원 등으로 구성되어 있다.

(나) 청구법인과 OOO종합건설 사이에 2007.10.5. 작성된 하도급계약서에 의하면, 발주자는 청구법인, 수급자는 OOO종합건설, 품명은 OOO(지역난방) 열공급사업(토목, 건축), 계약금액은 OOO백만원(공급가액), 계약이행보증금은 계약이행보증각서로 대체, 대금지급조건은 기성 80%, FAC 후 20%, 선급금은 선급금보증보험증권 제출후 지급, 계약기간은 2008.10.30.까지로 되어 있다. 한편, 2007.9.28. OOO종합건설이 작성하여 청구법인에게 제출한 것으로 기재되어 있는 “내역서 및 견적총괄표”에 의하면, 위 공사비는 당초 OOO백만원(수기로 최종금액 OOO백만원이라고 기재됨)이었고, 그 세부 내역은 재료비 OOO억원(건축 OOO억원, 가시설 OOO억원), 노무비 OOO억원, 경비 OOO억원 등이었던 것으로 나타난다.

(다) 청구법인이 제출한 2007～2008년 상반기 OOO공사 계약현황에 의하면, 청구법인은 설계용역 입찰설계, 중기터빈발전기, 토목건축공사, 파일항타, 접지매설물 케이블 등에 관하여 40여개 업체를 선정하여 총 OOO억원(부가가치세 별도)에 계약한 내용과 청구법인이 2007.10.5. OOO종합건설과 토목건축공사를 OOO백만원(4개월어음)에 계약하였다가 공사중도 타절 후 2008.2.27. 동 공사를 OOO건설이 청구법인으로부터 OOO백만원에 수주한 내용이 나타난다.

(라) 청구법인은 OOO공사와 관련하여 하도급계약서의 내용에 따라 2007.10.5. OOO종합건설으로부터 이행보증금(계약) 지급각서를 제출받은 것으로 나타나는 한편, 청구법인은 OOO종합건설로부터 선급금보증보험증권을 제출받지 않았다는 처분청의 의견에 대하여, 다른 공사현장의 경우에도 선급금지급각서 등으로 대체한 사례가 있다고 주장하면서, OOO바이오메스 열공급설비공사와 관련하여 2007.9.20. 주식회사 OOO로부터 청구법인이 제출받은 선급금OOO에 관한 지급보증각서 등을 제출하였다.

(마) 또한, 청구법인이 제출한 2007년 12월경 작업일보에 의하면, OOO공사와 관련하여 2007.12.26. 강관파일 40개가 반입된 내용 등이 나타나고, 그 외 청구법인은 OOO공사와 관련하여 토목공사 등을 한 것으로 보이는 현장사진(촬영일자는 확인되지 아니함)을 제출하였다.

(바) 청구법인의 2007사업연도 재무제표에 대하여 2008.2.22. OOO회계법인이 작성한 외부감사보고서, 세금계산서 등에 의하면, 청구법인은 OOO공사와 관련하여 총계약금액 OOO억원 중 OOO억원을 진행기준에 의한 매출액으로 인식하였으며, 2007.12.31. 한국지역난방공사에게 OOO공사와 관련하여 공급가액 OOO백만원의 세금계산서 1매를 교부하고 그 대금을 회수한 것으로 나타난다.

(5)

「부가가치세법」제9조

제3항은 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급 시기로 보는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제54조 제2항은 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 그 세금계산서 교부일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 보는 것으로 규정하고 있다

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 기초로, 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 적법한 세금계산서인지에 관하여 살펴본다.

(가) 쟁점①세금계산서와 관련하여, 처분청의 의견과 같이 청구법인이 발급한 약속어음을 OOO종합건설이 아닌 청구법인이 보유하였던 것으로 확인되어 그 거래대금 결제 여부가 불분명하고, OOO랜드 열공급사업과 관련한 부지 선정은 2008년 3월까지도 이루어지지 않아서 그 때까지 토목공사가 이루어 지지 않은 것으로 볼 수 있으며, 여러 차례 하도급계약서가 수정된 것은 이행보증보험 발급 등을 면하기 위하여 사후 작성된 것으로 볼 수 있는 점 등은 있으나, 2008년 1월～2008년 6월경 청구법인과 OOO종합건설, OOO랜드 사이에 주고 받은 문서에서 OOO종합건설이 청구법인에게, 청구법인이 OOO랜드에게 각 OOO랜드 열공급사업과 관련한 기성금 지급을 촉구한 것으로 나타나며, 청구법인과 OOO종합건설 사이에 작성된 OOO랜드 열공급사업 공사견적서에는 자재비 등이 토목공사 및 건축공사에 포함되어 있고, 동 공사와 관련하여 청구법인이 OOO랜드에 승인받은 기성검사원에서도 토목공사비OOO 및 건축공사비OOO가 확인되며, 재무제표 및 감사보고서상 청구법인은 OOO랜드에 관한 매출을 인식한 것으로 나타나고, 쟁점①세금계산서상 품목란에도 토목건축공사(OOO랜드)라고 기재되어 있다.

(나) 또한, 쟁점②세금계산서의 경우에도 처분청의 의견과 마찬가지로 청구법인이 발급한 약속어음을 OOO종합건설이 아닌 청구법인이 보유하였던 것으로 확인되어 그 거래대금 결제 여부가 불분명한 점 등은 있으나, 청구법인은 OOO공사와 관련하여 매출 OOO억원을 인식하였을 뿐만 아니라 한국지역난방공사에 세금계산서(공급가액 OOO억원)를 교부한 사실로 보아 관련 하도급공사(매입)도 있었을 것으로 보이고, OOO공사 현장사진에서 토목공사를 하고 있는 것이 확인되며, 공사일지에서 자재를 매입한 것으로 나타나고, 청구법인이 하도급을 준 다른 공사현장의 경우에도 보증보험증권을 제출받지 아니하고 지급보증각서 제출로 갈음한 사례가 있는 것으로 나타난다.

(다) 그렇다면, 쟁점세금계산서는 공사기성금이 아니라 원자재 확보 및 구조물 등 제작을 위한 선급금이라거나 재화나 용역공급전에 미리 대금을 지급한 세금계산서라는 청구법인의 주장에 수긍이 가는 점이 있으므로, 이 부분에 관한 청구주장이 사실인지에 관하여 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(7) 아울러, 청구법인은 쟁점세금계산서를 가공매입으로 보아 매입원가(공사원가)를 손금불산입한다면 이에 대응하여 계상된 공사수입금액도 작업진행률에 따라 계상된 것이므로 쟁점세금계산서 금액에 대응되는 공사수입금액은 익금불산입하여야 한다고 주장하는바, 청구법인이 OOO랜드 및 한국지역난방공사에 제공한 건설용역은 1년 이상인 장기계약으로서,

「법인세법 시행령」 제69조

제2항에서도 1년 이상 건설용역의 경우 작업진행률에 따라 수입금액을 인식하도록 규정하고 있고, 청구법인의 재무제표에 관한 외부감사보고서 및 청구법인의 경리담당이사의 진술 등에서도 OOO랜드 열공급사업 및 OOO공사에 관하여 청구법인은 작업진행률로 수입금액을 계상한 것으로 확인되어 청구주장에 일응 타당해 보이는 측면이 있는 반면, 처분청 소속 조사공무원이 작성한 조사보고서상 그 조사유형이 “법인사업자 부분조사(2007년 매입부분)”로 기재되어 있어, 처분청은 당초 청구법인의 매입에 관하여만 조사하였고, 매출에 관하여는 조사한 사실이 없는 것으로 보이는바, 만일 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입원가(공사원가)를 손금불산입하더라도 이에 대응하는 공사수입금액이 있는지 여부를 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

「국세기본법」제81조

, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

【관련법령】

「부가가치세법」 제9조 / 「부가가치세법」 제17조 / 「법인세법」 제40조