쟁점시설물 신축가액과 골프장 코스조성비용을 쟁점토지의 후불 또는 선수임대료로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
【세목】
부가
【재결요지】
이 건은 관련 사업협약서에 따르면 임대기간의 연도별 임대료는 시설물 귀속에 따른 임차인의 손실을 사전에 고려하여 산정된 것으로 나타나는 등 토지임대기간이 만료된 후 쟁점시설물 및 골프장이 청구법인에게 귀속될 것이 사실상 사전적으로 정해진 것으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다 할 것이다.
【참조결정】
조심2012지0568
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1.처분개요 가. 청구법인은 「한국토지주택공사법」에 의하여 토지.주택 및 도시의 개발.정비.관리 등을 통하여 국민주거생활의 향상과 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제 발전에 기여할 목적으로 2009.10.1. 설립된 공기업으로 경상남도 진주시 OOO에 본사를 두고, 토지의 취득.개발.비축.공급과 주택의 건설.공급.관리.도시개발 및 저소득 취약계층을 위한 주거복지사업 등을 주요 목적사업으로 하는 법인이다. 나.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2022.6.2.부터 2022.10.29.까지 청구법인에 대한 통합세무조사(조사대상기간 : 2017∼2019사업연도)를 실시한 결과, 청구법인이 ‘인천 OOO지구 골프장 사업’과 관련하여 청구법인이 사업시행자에게 사업대상지를 임대하고, 임대기간 종료 시 사업시행자가 청구법인에게 해당 토지에 설치한 골프장, 건물, 구축물 등(이하 “쟁점시설물”이라 한다)을 임대수입금액에서 제외하여 관련 법인세 및 부가가치세를 신고한 것을 확인함에 따라 처분청에 쟁점시설물 신축가액과 골프장 코스조성비용을 쟁점토지의 후불 또는 선수임대료로 보아 부가가치세를 과세하는 것으로 과세자료를 통보하자, 처분청은 조사기간 중인 2022.7.19. 부과제척기간 만료를 우려해 청구법인에게 먼저 2017년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였고, 조사기간 종결 이후인 2022.11.7. 다른 사안과 함께 아래 <표1>과 같이 법인세 및 부가가치세 합계 OOO원을 추가 경정ㆍ고지하면서, 2017년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정감하였다. <표1> 이 건 법인세 및 부가가치세 과세내역 (단위 : 원)
| 처 분 청 |
쟁 점 |
세 목 |
세 액* |
| 진주세무서장 |
① 지방이전 세액감면 |
법인세 |
OOO |
| 진주세무서장 |
② 안양OOO 하수처리장 |
법인세 |
OOO |
| 진주세무서장 |
③ 국고보조금 귀속시기 |
법인세 |
OOO |
| 진주세무서장 |
④ 인천OOO 골프장 |
법인세 |
OOO |
| 남동세무서장 |
부가가치세 |
OOO |
|
| 부산진세무서장 |
⑤ 발코니 확장비용 |
부가가치세 |
OOO |
| 남대구세무서장 |
부가가치세 |
OOO |
|
| 합계 |
OOO |
||
| 제12조(용지 매매대금 및 임대료) ② 제1항의 임대료는 임대로 공급하는 용지에 대하여 부가가치세를 제외한 매년 정기적으로 부과되는 토지관련 세금(재산세, 교육세, 농어촌특별세 등 세금의 합계)이 포함되어 있고, 제17조에 의한 시설물 귀속 등에 따른 “병”의 손실을 고려하여 산정된 것이다
제13조(임대기간) ① 사업대상지 중 골프장 및 부대시설 등 임대로 공급하는 용지의 임대기간은 “을”과 “병” 사이에 용지임대차계약 체결일로부터 20년이 되는 날까지로 한다 ② “을”과 “병”은 임대기간 종료 1년 전부터 1개월 전까지 협의에 의하여 임대기간을 1차에 한하여 10년 연장할 수 있다
제16조(임대 공급 용지의 전대 제한 등) ② (중략)
제17조(시설물의 귀속, 인도 등) ① “병”이 “을”로부터 임대로 공급받은 사업대상지에 설치한 골프장, 부대시설 기타 시설물의 소유권은 제13조에서 정한 임대기간이 종료됨과 동시에 “을”에게 무상으로 귀속되며, “병”은 임대기간 종료 후 1개월 이내에 “을”에게 위 시설물의 인도 및 제반 귀속절차를 이행하여야 한다 ② “을”은 제1항의 시설물 중 귀속을 원하지 않는 시설물에 대하여는 제13조에 정한 임대기간 종료 전 3개월까지 “병”에게 철거을 요구할 수 있고, 이 경우 “병”은 그 임대기간 종료 후 3개월 이내에 “병”의 부담으로 그 시설물을 철거하여야 한다 ④ “병”은 본 조에 의한 의무 이행을 담보하기 위하여 사업대상지에 설치한 제1항의 시설물이 등기할 수 있는 것일 때에는 당해 시설물에 관한 소유권보존등기와 동시에 “을” 앞으로 소유권이전등기청구권 보전을 위한 가등기를 경료해 주어야 한다. |
(2) 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 이 건 관련 골프장(OOO골프장)은 인천경제자유규역지정 근거법인 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따라 토지의 형질변경, 건축물의 건축 등 행위의 제한을 받아 인천경제자유구역청의 허가를 받아야 하며, 처분청(조사청) 담당자가 인천경제자유구역청 OOO지구 담당자에 문의한 결과 주변개발 상황, 골프장내 주택단지 등을 고려할 때 용도변경에 제약이 있는 것으로 나타난다. (3) 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의5 의 주요 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3>「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」제7조의5 의 주요 내용
| 제7조의5(행위의 제한)
① 개발사업구역에서 토지의 형질변경, 건축물의 건축, 공작물의 설치 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 관할 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. ③ 시ㆍ도지사는 제항을 위반하여 허가 또는 변경허가를 받지 아니한 자에게는 원상회복을 명할 수 있다 |
(4) 이 건 골프장 관련 주식회사 AAA과 청구법인 간의 소송(임료 반환 등)에 대한 서울고등법원 판결의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 서울고등법원 판결문(2017.4.7.자) ㅇㅇㅇ (5) OOO는 토지임차 후 사업협약 및 임대차계약서에 정한 바에 따라 골프장, 부대시설 및 기타 시설물을 설치하고 2011.11.28. 골프장을 준공 후 2012.5.27. OOO골프장을 개장하였고, 청구법인은 임대차계약에 따라 매년 1월 수취한 임대료에 대해 세금계산서 발행하고 부가가치세 및 법인세 신고하였다. (6) 조사청은 2022.6.2.부터 2022.10.29.까지 청구법인에 대한 통합세무조사(조사대상기간 : 2017∼2019사업연도)를 실시한 결과, 골프장 임대기간 종료시점에 청구법인에게 무상이전 되는 쟁점 시설물의 설치가액 OOO원을 골프장 준공일(2011.11.22.)부터 임대기간 종료일(2027.6.29.)까지 187개월 기간으로 안분하고, 임차인 OOO개발이 2007년부터 2012년까지 OOO골프장 조성을 위하여 지출한 코스비용은 청구법인의 토지가치를 증가시키는 비용으로서 선수임대료에 해당한다고 보아 코스조성비용 OOO원을 골프장 개장일(2012.5.27.)부터 임대기간 종료일(2027.6.29.)까지 181개월 기간으로 안분하여 2017년 1기에 해당하는 OOO원을 과세표준에 가산하였는바, 임대기간으로 안분된 쟁점 시설물의 설치가액과 골프장 코스조성비용에 대하여는 양측간의 다툼이 없다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시설물이 임대기간의 만료시점에 원상회복의무가 발생할 수 있는 등 토지임대용역에 따른 수익금은 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하나, 임대료로 토지사용기간 만료 시에 건축물의 소유권을 이전받기로 하는 경우에는 해당 시점의 건축물의 시가가 곧 후불로 받기로 한 임대료에 해당한다고 보아야 하고, 임대료 지급기간이 1년을 초과하므로 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액으로서 각 사업연도의 익금에 산입할 금액은 토지사용기간 만료 시의 건축물의 시가를 전체 토지사용기간 중 해당 사업연도에 속하는 기간의 비율로 안분한 금액이라고 보는 것이 타당하다 할 것(대법원 2022.1.27. 선고 2017두51983 판결)인바, 사업시행자가 타인의 토지 위에 시설물을 신축하고 사업기간 동안 운영한 후 사업기간 종료 시에 해당 시설물을 토지소유자에게 무상으로 이전하는 경우에는 토지소유자의 임대수입금액은 토지임대기간 만료일 당시 쟁점시설물 시가를 사업기간 동안 안분하여 익금산입하는 등 법인세 및 부가가치세 과세표준에 포함하는 것이 합리적인 수익인식방법으로 보이는 점, 임대인이 토지를 임대하면서 임차인으로 하여금 그 토지 위에 건축물을 신축하여 일정기간 사용하게 한 다음 그 건축물의 소유권을 무상으로 이전받기로 한 경우에는 그 건축물은 토지임대에 따른 금전 외의 대가성격에 해당하므로 이는 임대료 수입금액에 포함되어야 하는 것이며, 이 건은 관련 사업협약서 제12조 제2항에 따르면 임대기간의 연도별 임대료는 제17조에 의한 시설물 귀속에 따른 임차인의 손실을 사전에 고려하여 산정된 것으로 나타나는 등 토지임대기간이 만료된 후 쟁점시설물 및 골프장이 청구법인에게 귀속될 것이 사실상 사전적으로 정해진 것으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다 할 것이다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조(재화 공급의 특례) ⑤ 사업자가 자기생산ㆍ취득재화를 자기의 고객이나 불특정 다수에게 증여하는 경우(증여하는 재화의 대가가 주된 거래인 재화의 공급에 대한 대가에 포함되는 경우는 제외한다)는 재화의 공급으로 본다. 다만, 사업자가 사업을 위하여 증여하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제12조(용역의 공급의 특례) ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.(중략) ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액 2. 금전 외의 대가를 받는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가 4. 제10조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조 제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우 : 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가 5. 제10조 제3항에 따라 재화를 공급하는 것으로 보는 경우: 해당 재화의 취득가액 등을 기준으로 대통령령으로 정하는 가액 6. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액 ⑫ 시가와 그 밖에 공급가액 및 과세표준의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제29조(과세표준) ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 외상거래, 할부거래, 대통령령으로 정하는 마일리지 등으로 대금의 전부 또는 일부를 결제하는 거래 등 그 밖의 방법으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 : 공급 형태 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 가액(중략) ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 1. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우 2. 과세되는 부동산 임대용역과 면세되는 주택 임대용역을 함께 공급하여 그 임대구분과 임대료 등의 구분이 불분명한 경우 3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 제22조(용역의 공급시기) 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. 6. 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다. 4. 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 계속적으로 시설을 이용하게 하고 그 대가를 받는 경우 : 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 제48조(과세표준의 계산) ⑮ 사업자가 제22조 제6호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우에는 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는 용역제공 기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 그 용역제공 기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. 제61조(외상거래 등 그 밖의 공급가액의 계산) ② 법 제29조 제3항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 가액”이란 다음 각 호의 구분에 따른 가액을 말한다 7. 사업자가 제29조 제2항 제4호에 따라 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우 : 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 해당 용역제공 기간의 개시일이 속하는 달이 1개월 미만이면 1개월로 하고, 해당 용역제공 기간의 종료일이 속하는 달이 1개월 미만이면 산입하지 아니한다. 제65조(부동산 임대용역의 공급가액 계산) ⑤ 법 제29조 제10항 제3호에 따라 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불이나 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 공급가액으로 한다. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 제61조 제2항 제6호 후단을 준용한다. (3) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. 3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식 (4) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제4조(경제자유구역의 지정 등) ① 시ㆍ도지사는 산업통상자원부장관에게 경제자유구역의 지정을 요청할 수 있다. 다만, 대상구역이 둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도 또는 특별자치도(이하 “시ㆍ도”라 한다)에 걸쳐 있는 경우에는 해당 시ㆍ도지사가 공동으로 지정을 요청하여야 한다. ② 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청하려는 경우에는 제6조 제1항 각 호의 사항이 포함된 경제자유구역개발계획(이하 “경제자유구역개발계획”이라 한다)을 작성하여 이를 제출하여야 한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 주민의 의견을 미리 들어야 한다. (5) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제4조(경제자유구역개발계획) ① 경제자유구역개발계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 1. 경제자유구역의 명칭ㆍ위치 및 면적 2. 경제자유구역 지정의 필요성 3. 개발사업의 시행예정자 3의2. 경제자유구역을 둘 이상의 개발사업지구로 분할하여 경제자유구역의 개발을 시행하는 경우에는 분할된 개발사업지구(이하 “단위개발사업지구”라 한다)의 명칭ㆍ위치ㆍ면적 4. 개발사업의 시행방법(단계적으로 개발하는 경우에는 단계적 시행시기를 포함한다) 5. 재원(財源) 조달방법 6. 토지이용계획 및 주요 기반시설계획 7. 인구수용계획 및 주거시설 조성계획 8. 교통처리계획 9. 산업유치계획 10. 보건의료ㆍ교육ㆍ복지시설 설치계획 11. 환경보전계획 12. 외국인의 투자유치 및 정주를 위한 환경조성계획 13. 외국인투자기업, 국내복귀기업, 첨단기술 및 첨단제품 투자 기업, 핵심전략산업 투자 기업에 대한 전용용지의 공급에 관한 사항. 다만, 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다)에 소재한 경제자유구역의 경우에는 국내복귀기업, 첨단기술 및 첨단제품 투자 기업, 핵심전략산업 투자 기업은 제외한다. 14. 개발이익의 재투자에 관한 사항 15. 수용 또는 사용할 토지ㆍ건축물 또는 물건이나 권리가 있는 경우에는 그 세부목록 15의2. 토지소유자에게 환지(換地)할 토지가 있는 경우 환지에 관한 계획 16. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 ② 산업통상자원부장관은 경제자유구역개발계획의 수립에 필요한 사항을 정하여 고시할 수 있다. (6) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제7조의5(행위의 제한) ① 개발사업구역에서 토지의 형질변경, 건축물의 건축, 공작물의 설치 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 관할 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 허가를 받지 아니하고 제1항에 따른 행위를 할 수 있다. 다만, 제1호의 응급조치를 한 경우에는 관할 시ㆍ도지사에게 지체 없이 신고하여야 한다. 1. 재해복구나 재난수습에 필요한 응급조치 2. 경작을 위한 토지의 형질변경 등 대통령령으로 정하는 행위 ③ 시ㆍ도지사는 제1항을 위반하여 허가 또는 변경허가를 받지 아니한 자에게는 원상회복을 명할 수 있다
【관련법령】
「부가가치세법」 제29조





