제39조(배출허용기준을 초과한 사업자에 대한 개선명령) 기후에너지환경부장관은 제37조제1항에 따른 신고를 한 후 조업 중인 배출시설(폐수무방류배출시설은 제외한다)에서 배출되는 수질오염물질의 정도가 제32조에 따른 배출허용기준을 초과한다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 기간을 정하여 사업자(제35조제5항에 따른 공동방지시설 운영기구의 대표자를 포함한다)에게 그 수질오염물질의 정도가 배출허용기준 이하로 내려가도록 필요한 조치를 할 것(이하 “개선명령”이라 한다)을 명할 수 있다. <개정 2025. 10. 1.>

[전문개정 2013. 7. 30.]

제40조(조업정지명령) 기후에너지환경부장관은 제39조에 따라 개선명령을 받은 자가 개선명령을 이행하지 아니하거나 기간 이내에 이행은 하였으나 검사 결과가 제32조에 따른 배출허용기준을 계속 초과할 때에는 6개월 이내의 기간을 정하여 해당 배출시설의 전부 또는 일부에 대한 조업정지를 명할 수 있다. <개정 2025. 10. 1., 2026. 2. 19.>

[전문개정 2013. 7. 30.]

제41조(배출부과금) ① 기후에너지환경부장관은 수질오염물질로 인한 수질오염 및 수생태계 훼손을 방지하거나 감소시키기 위하여 수질오염물질을 배출하는 사업자(공공폐수처리시설, 공공하수처리시설 중 기후에너지환경부령으로 정하는 시설을 운영하는 자를 포함한다) 또는 제33조제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 허가ㆍ변경허가를 받지 아니하거나 신고ㆍ변경신고를 하지 아니하고 배출시설을 설치하거나 변경한 자에게 배출부과금을 부과ㆍ징수한다. 이 경우 배출부과금은 다음 각 호와 같이 구분하여 부과하되, 그 산정방법과 산정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2016. 1. 27., 2025. 10. 1.>

1. 기본배출부과금

가. 배출시설(폐수무방류배출시설은 제외한다)에서 배출되는 폐수 중 수질오염물질이 제32조에 따른 배출허용기준 이하로 배출되나 방류수 수질기준을 초과하는 경우

나. 공공폐수처리시설 또는 공공하수처리시설에서 배출되는 폐수 중 수질오염물질이 방류수 수질기준을 초과하는 경우

2. 초과배출부과금

가. 수질오염물질이 제32조에 따른 배출허용기준을 초과하여 배출되는 경우

나. 수질오염물질이 공공수역에 배출되는 경우(폐수무방류배출시설로 한정한다)

② 제1항에 따라 배출부과금을 부과할 때에는 다음 각 호의 사항을 고려하여야 한다. <개정 2025. 10. 1.>

1. 제32조에 따른 배출허용기준 초과 여부

2. 배출되는 수질오염물질의 종류

3. 수질오염물질의 배출기간

4. 수질오염물질의 배출량

5. 제46조에 따른 자가측정 여부

6. 그 밖에 수질환경의 오염 또는 개선과 관련되는 사항으로서 기후에너지환경부령으로 정하는 사항

③ 제1항의 배출부과금은 방류수 수질기준 이하로 배출하는 사업자(폐수무방류배출시설을 운영하는 사업자는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 부과하지 아니하며, 대통령령으로 정하는 양 이하의 수질오염물질을 배출하는 사업자 및 다른 법률에 따라 수질오염물질의 처리비용을 부담한 사업자에 대해서는 배출부과금을 감면할 수 있다. 이 경우 다른 법률에 따라 처리비용을 부담한 사업자에 대한 배출부과금의 감면은 그 부담한 처리비용의 금액 이내로 한정한다.

④ 기후에너지환경부장관은 제1항에 따라 배출부과금을 내야 할 자가 정하여진 기한까지 내지 아니하면 가산금을 징수한다. <개정 2025. 10. 1.>

⑤ 제4항에 따른 가산금에 대해서는 「국세기본법」 제47조의4를 준용한다. <개정 2019. 11. 26.>

⑥ 제1항에 따른 배출부과금과 제4항에 따른 가산금은 「환경정책기본법」에 따른 환경개선특별회계의 세입으로 한다.

⑦ 기후에너지환경부장관은 제74조에 따라 시ㆍ도지사에게 그 관할구역의 배출부과금 또는 가산금의 징수에 관한 권한을 위임한 경우에는 징수된 배출부과금과 가산금 중 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 징수비용으로 지급할 수 있다. <개정 2025. 10. 1.>

⑧ 기후에너지환경부장관 또는 제7항에 따른 시ㆍ도지사는 배출부과금이나 가산금을 내야 할 자가 정하여진 기한까지 내지 아니하면 국세 체납처분의 예 또는 「지방행정제재ㆍ부과금의 징수 등에 관한 법률」에 따라 징수한다. <개정 2021. 4. 13., 2025. 10. 1.>

[전문개정 2013. 7. 30.]