취득세 부과처분 등 취소
[서울고등법원 2021. 6. 3. 2020누56379 처분청 승소]
[서울행정법원 2020. 8. 28. 2019구합73062 처분청 승소]
■ 3심 2021두44340 (선고일자-20211028) 취득세
【판결요지】
대학이 교육사업에 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정과 산학협력단이 산학협력시설 및 그 부대시설 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하고 있으므로, 학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력사업을 위하여 취득한 부동산에 대하여는 구 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 및 제2항 규정에 의하여 취득세 등 지방세를 면제할 수 없음
【전문】
【주문】
상고를 기각한다.
상고비용은 원고가 부담한다.
【이유】
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나,상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로,위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
■ 2심 2020누56379 (선고일자-20210603) 취득세
【판결요지】
대학이 교육사업에 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정과 산학협력단이 산학협력시설 및 그 부대시설 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하고 있으므로, 학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력사업을 위하여 취득한 부동산에 대하여는 구 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 및 제2항 규정에 의하여 취득세 등 지방세를 면제할 수 없음
【전문】
【주문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】
1. 제1심판결의 인용
원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고,제1심에 제출된 증거들에다가 이 법원에 추가로 제출된 증거(갑 제19, 20호증)를 보태어 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.
이에 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 판결의 이유는,아래와 같이 제1심 판결문의 해당 부분을 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
<<<고치거나 추가하는 부분>>>
○제1심 판결문 제4면11행부터15행까지 부분[3)항 부분이다]을 아래와 같이 고친다.
「3)예비적으로,원고는 이대 산학협력단이△△여자대학교의 내부기관에 불과하다고 생각하여2012. 4. 30.이대 산학협력단 명의로 창업보육센터 사업자지정을 받았다가2014. 11. 27.사업자명의를△△여자대학교로 정정한 것인바,최초2012. 4. 30.창업보육센터 사업자지정을 받은 자는 원고라고 보아야 하므로,창업보육센터 사용부분의2014~2016년 재산세 등도 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)제60조 제3항에 따른 감면이 이루어져야 한다.설령 원고가 창업보육센터사업자 지정을 받은 시점을2014. 11. 27.로 보더라도,원고는 창업보육센터 사용 부분을 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 것이므로 적어도2015~2016년 재산세 등은 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)제60조 제3항 제1호에 따른 감면이 이루어져야 한다.」
○제4면 아래에서2행부터 제6면6행까지 부분[가)항 부분이다]을 아래와 같이 고친다.
「가)관련 법리
(1) ‘직접 사용’이라는 요건을 규정한 것은 소유주체로서 해당 부동산을 용도에 맞게 사용하는 경우에 한하여 감면하겠다는 의미로 해석된다.이와 달리‘직접 사용’에‘소유주체로서 사용한다’는 의미가 포함되지 아니하면,사용의 객체인 하나의 부동산에 대한 복수의 사용주체를 인정함으로써 다수가 하나의 부동산을‘직접’사용하게 되는 부당한 결과에 이르게 된다. 2014. 1. 1.신설된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호(‘직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다’)는 위와 같은 해석을 더욱 명확히 한 것으로 보이고,위 신설 규정의 시행 전후로‘직접 사용’의 의미를 달리 볼 것은 아니다(헌법재판소2018. 1. 25.선고2015헌바277전원재판부 참조).
(2)조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원1998. 3. 27.선고97누20090판결 등 참조).
(3)구 지방세특례제한법 제41조 제2항에서 학교가 부동산을 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의‘교육사업’자체에 사용하는 것을 뜻하고,학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원2002. 4. 26.선고2000두3238판결 참조).고등교육법 등 관련 법령에 따라 학교는 학생의 선발,일정기간 동안의 재학,학위의 취득,교수 절차 등에 관하여 주무관청으로부터 엄격한 규율을 받고 있고 그러한 학교가 부동산을 교육사업에 직접 사용하는 경우 위와 같이 재산세를 비과세하도록 규정한 것이므로,고등교육법에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 그 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업의 성공 가능성을 높일 수 있도록 경영,기술분야에 대한 지원활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 그 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다(대법원2015. 5. 14.선고2014두45680판결 참조).」
○제6면11, 12행의“따라서 이 사건 규정은 원고에게 적용될 수 없다.”부분을 아래와 같이 고친다.
「나아가 앞서 본 바와 같이 대학이 교육사업에 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정(이 사건 규정)과 산학협력단이 산학협력시설 및 그 부대시설 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정(산학협력단 감면규정)은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하고 있으므로,학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력사업을 위하여 취득한 부동산에 대하여는 이 사건 규정에 의하여 취득세 등 지방세를 비과세할 수 없다고 봄이 상당하다.따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.」
○제6면12행과13행 사이에 아래의 내용을 추가한다.
「(1)산학협력법 제2조 제6호에 의하면 산학연협력이란 산업교육기관과 국가,지방자치단체,연구기관 및 산업체등이 상호 협력하여 행하는①산업체의 수요와 미래의 산업발전에 따르는 인력의 양성,②새로운 지식ㆍ기술의 창출 및 확산을 위한 연구ㆍ개발ㆍ사업화,③산업체 등으로의 기술이전과 산업자문,④인력,시설ㆍ장비,연구개발정보 등 유형ㆍ무형의 보유자원 공동 활용 등을 말하는바,산학연협력 과정 중의 교육이나 연구는 대학 교육사업과는 구별되는 산학협력단의 고유업무에 해당한다고 할 것이다.」
○제6면13행, 17행,마지막 행 및 제7면5행의 각“(1)”, “(2)”, “(3)”, “(4)”를 각“(2)”, “(3)”, “(4)”, “(5)”로 각 고친다.
○제10면8행부터20행까지 부분[나)항 부분이다]을 아래와 같이 고친다.
「나)구체적 판단
앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합해 보면,창업보육센터 사용부분은 원고가 취득하여 원고와 별도의 법인인 산학협력단이 운영하며 사용하고 있으므로,구 지방세특례제한법 제60조 제3항 제1호 또는 제1호의2에 따른 감면은 적용될 수 없다.따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
①2012. 4. 20.창업보육센터 사업자지정을 받은 것은 원고와 별도의 법인인 산학협력단이고,원고는2014. 11. 27.창업보육센터 사업자를 원고로,운영자는 산학협력단으로 하여 다시 사업자지정서를 발급받았다. 2014. 11. 27.원고가 다시 사업자지정서를 발급받은 것은 사업자의 정정이 아니라 변경에 해당하는바,원고는2014. 11. 27.이후에 이르러서야 창업보육센터 사업자의 지위를 갖추게 되었다.
②이대 산학협력단은 원고와 별개의 법인으로 이대 산학협력단의 정관이 따로 마련되어 있고(갑 제7호증의2), 2014. 11. 27.창업보육센터 사업자가 원고로 변경되자 이대 산학협력단은 운영자로 지정되었으며,이대 산학협력단 규정(갑 제7호증의1)제7조(창업보육센터)는 이대 산학협력단의 창업보육센터 직접 운영을 전제한 것으로 보이는 점 등의 사정에 비추어 보면,사업자변경 전후 실제로 창업보육센터를 운영하면서 창업보육센터로 직접 사용해 온 주체는 원고가 아니라 산학협력단이라고 봄이 타당하다.
③2017년 재산세 등은 앞서 본 바와 같이 구 지방세특례제한법 제60조 제3항 제1호의2의 괄호규정인“(학교등이 취득한 부동산을「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 운영하는 부동산을 포함한다)”는 부분이 적용되어 감액경정되었다.원고는 이에 대하여,위 괄호규정은2016. 12. 27.개정되면서 감면대상을 명확하게 하기 위하여 추가된 것일 뿐이므로 감면대상을 기존과 동일하게 운영해야 하는바, 2017년 이전의 재산세도 감면되어야 한다고 주장한다.
원고가 제출한2017년 시행 지방세 특례제한법 적용요령(갑 제20호증)에 따르면 개정이유에 관하여‘학교가 보유하고 있으나 그 운영을 산학협력단이 하는 경우 직접사용에 대한 해석상 논란이 있어 감면 적용대상을 명확히 개정’이라고 기재되어 있고,적용요령에 관하여‘감면대상을 명확히 하는 것을 기존과 동일하게 운영’이라고 기재되어 있는 사실은 인정된다.
그러나 입법자는2016. 12. 27.법률 제14481호로 지방세특례제한법을 개정하면서 제60조 제3항 제1호의2에 위 괄호규정을 새롭게 추가하였는데,부칙 제1조에‘이 법은2017년1월1일부터 시행한다.’라고 정하면서 위 괄호규정에 관하여 부칙에 별도의 경과규정을 두지 않았다.따라서 위 괄호규정은 그 부칙에 정해진 시행일인2017. 1. 1.부터 효력이 발생한다고 할 것이다.」
2. 결론
그렇다면 제1심판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.
별지:이사건 각 처분
끝.
■ 1심 2019구합73062 (선고일자-20200828) 취득세
【판결요지】
대학이 교육사업에 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정과 산학협력단이 산학협력시설 및 그 부대시설 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하고 있으므로, 학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력사업을 위하여 취득한 부동산에 대하여는 구 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 및 제2항 규정에 의하여 취득세 등 지방세를 면제할 수 없음
【전문】
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】
1. 처분의 경위
가. 원고는△△여자대학교를 운영하는 학교법인으로,△△여자대학교 산하에 산학협력부서를 두고 있다가,「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」(이하‘산학협력법’이라 한다)제25조 제2항에 따라2004. 2. 27. ‘△△여자대학교 산학협력단’이라는 별도의 법인(이하‘이대 산학협력단’이라 한다)을 설립하였다.이대 산학협력단은2012. 4. 30.「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터(이하‘창업보육센터’라고만 한다)사업자 지정을 받았고, 2014. 11. 27.위 사업자가△△여자대학교로,운영자가 이대 산학협력단으로 각 변경되었다.
나. 원고는2012년경 별지2 [표1]연번2, 3, 6번 기재 토지(이하‘2012년 취득 토지’라 한다)를 취득하였고, 2013. 12. 27.별지2 [표1]기재 각 토지(이하‘이 사건 토지’라 한다)지상에 산학협력관 건물(이하‘이 사건 건물’이라 하고,이 사건 토지와 통칭하여‘이 사건 부동산’이라 한다)을 신축하였다.원고는 별지2 [표2]기재와 같은 현황으로 이 사건 건물을 사용하였고, 2012년 취득 토지,이 사건 부동산 중 이대 산학협력단이 사용하는 부분(이하‘이대 산학협력단 사용부분’이라 한다)및 뇌융합과학연구원으로 학교법인이 사용하는 부분(총 비율43.62%)에 대하여 구 지방세특례제한법(2017. 12. 26.법률 제15295호로 개정되기 전의 것,이하 달리 기재하지 않는 한 같다)제41조 제1항1)에 따라 취득세,지방교육세,농어촌특별세(이하‘취득세 등’이라 한다)및2014~2017년도분 각 재산세(도시지역분 포함),지역자원시설세,지방교육세(이하‘재산세 등’이라 한다)를 감면받았다.
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각1)그 후 일부 개정이 있었으나 실질적인 내용은 변동되지 아니하였다.
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다. 피고는2012년 취득 토지와 이대 산학협력단 사용부분(비율38.63%)이 구 지방세특례제한법 제41조 제1, 2항(이하‘이 사건 규정’이라 한다)의‘학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산’에 해당하지 않는다는 이유로,원고에 대하여 별지1 [표1]기재와 같이 감면된 취득세 등을 추징하고,별지2 [표3]기재와 같이2014~2017년 재산세 등을 부과하였다(이하‘당초 각 처분’이라 한다).
라. 이에 대하여 원고는2018. 2. 6.조세심판청구를 하였고, 2019. 4. 18.이 사건 부동산 중 창업보육센터로 사용되는 부분(비율13.84%)(이하‘창업보육센터 사용부분‘이라 한다)에 대하여는, 2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되어2017. 1. 1.시행된 지방세특례제한법 제60조 제3항 제1호의2괄호규정[학교 등이 취득한 부동산을 산학협력법에 따른 산학협력단(이하’산학협력단‘이라고만 한다)이 운영하는 경우를 포함한다]에 따라2017년 재산세 등을 면제하라는 취지의 일부인용결정을 받았다.피고는 이에 따라 당초 각 처분 중2017년 재산세 등을 별지1 [표2]기재와 같이 감액경정하였다(이하 당초 각 처분 중 감액경정 후 남은 부분을’이 사건 각 처분‘이라 한다).
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제3, 4, 5, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다),을 제1내지5호증의 각 기재,변론 전체의 취지
2. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
1)원고는 이대 산학협력단에 대한 관리감독권한이 있는 점,원고의 교육사업에 산학협력사업이 포함되는 점,산학협력단은 이 사건 부동산의 점유·사용 또는 소유권등기의 주체가 될 수 없으므로 구 지방세특례제한법 제42조 제3항(이하‘산학협력단 감면규정’이라 한다)은 실질적으로 적용이 불가능한 점 등의 사정에 비추어 보면,이 사건 부동산은‘원고’가‘교육사업’에 직접 사용하는 것으로 보아 이 사건 규정에 따라 취득세 등과 재산세 등이 감면되어야 한다.
2)설령 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 규정에 의한‘직접 사용’이 인정되지 않는다 하더라도, ‘직접 사용’의 의미에 관하여 세법해석상 견해의 대립이 있어온 점, ‘직접 사용’의 정의규정은2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정된 조세특례제한법에서 비로소 도입된 점 등의 사정에 비추어 보면,적어도 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다.
3)예비적으로,원고는2012. 4. 30.이대 산학협력단 명의로 창업보육센터 사업자지정을 받았다가 이대 산학협력단이△△여자대학교의 내부기관에 불과하다고 생각하여2014. 11. 27.이를 정정한 것인바,창업보육센터 사용부분의2014~2016년 재산세 등도 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)제60조 제3항에 따른 감면이 이루어져야 한다.
나. 관계 법령
별지3기재와 같다.
다. 판단
1) 이 사건 규정의 적용 가부
가) 관련 법리
다음과 같은 사정들에 비추어 보면,학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력사업을 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 이 사건 규정을 적용할 수 없다고 봄이 타당하다.
(1)‘직접 사용’이라는 요건을 규정한 것은 소유주체로서 해당 부동산을 용도에 맞게 사용하는 경우에 한하여 감면하겠다는 의미로 해석된다.이와 달리‘직접 사용’에‘소유주체로서 사용한다’는 의미가 포함되지 아니하면,사용의 객체인 하나의 부동산에 대한 복수의 사용주체를 인정함으로써 다수가 하나의 부동산을‘직접’사용하게 되는 부당한 결과에 이르게 된다. 2014. 1. 1.신설된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호(‘직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다’)는 위와 같은 해석을 더욱 명확히 한 것으로 보이고,위 신설 규정의 시행 전후로‘직접 사용’의 의미를 달리 볼 것은 아니다(헌법재판소2018. 1. 25.선고2015헌바277전원재판부 참조).
(2)구 지방세특례제한법 제41조 제2항에서 학교가 부동산을 사업에 직접 사용한다고 함은 현실적으로 해당 부동산을 학교의‘교육사업’자체에 사용하는 것을 뜻하고,학교의 교육사업 자체에 사용하는 것인지는 해당 학교의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원2015. 5. 14.선고2014두45680판결).산학협력법 제2조 제6호에 의하면 산학연협력이란 산업교육기관과 국가,지방자치단체,연구기관 및 산업체등이 상호 협력하여 행하는①산업체의 수요와 미래의 산업발전에 따르는 인력의 양성,②새로운 지식ㆍ기술의 창출 및 확산을 위한 연구ㆍ개발ㆍ사업화,③산업체 등으로의 기술이전과 산업자문,④인력,시설ㆍ장비,연구개발정보 등 유형ㆍ무형의 보유자원 공동 활용 등을 말하는바,산학연협력 과정 중의 교육이나 연구는 대학 교육사업과는 구별되는 산학협력단의 고유 업무에 해당한다고 할 것이다.따라서 산학협력사업에 제공되는 부동산은 실제 사용관계 면에서 대학의 교육사업 자체에 사용되는 것이라고 보기 어렵다.
(3)구 지방세특례제한법은 대학이 교육사업에 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정(이 사건 규정)과 산학협력단이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정(산학협력단 감면규정)을 달리 정하고 있다.
나) 구체적 판단
앞서 든 증거들,갑 제10내지18호증의 각 기재와 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 2012년 취득 토지와 이대 산학협력단 사용부분은 원고가 교육사업이 아니라 산학협력사업을 위하여 취득·사용한 부동산이라고 봄이 타당하다.따라서 이 사건 규정은 원고에게 적용될 수 없다.
(1) 이대 산학협력단 사용부분에는 △△여자대학교 창업보육센터, △△여자대학교 기업가센터, 한국기초과학지원연구원 서울서부센터가 입주해 있고, 위 기관들과 뇌융합과학연구원이 공동으로 이용하는 공용 세미나실, 회의실, 강당(2층) 등이 포함되어 있다.
(2)△△여자대학교 창업보육센터와 기업가센터는 창업 경진대회 개최,학생 창업지원,창업컨설팅 지원,입주기업 사업화지원,교원 창업 지원,기업가정신 연계전공 설계 등의 업무를 수행하는바,이는△△여자대학교의 학생에 대한 교육의 범위를 넘어서는 산학협력사업으로 보인다.
(3)한국기초과학지원연구원은 개별 대학이나 연구기관이 소유하기 어려운 첨단·대형 연구장비를 가지고 있는 공공기관으로,대학이나 연구기관에 장비를 이용하도록 하거나,시료 등을 분석하여 주는 방식으로 대학 등의 연구를 지원하고,공동연구를 수행하며,분석과학기술을 연구·개발하는 업무를 수행하는바,이는△△여자대학교 소속 교원의 연구를 넘어서는 산학협력사업으로 보인다.
(4)원고는 산학협력단이 부동산의 점유·사용 또는 소유권등기를 하는 것이 불가능하므로 산학협력단 감면규정은 실질적으로 적용이 불가능하다는 취지로 주장한다.그러나 학교법인과 산학협력단의 회계는 분리되어야 하는바,산학협력단의 법인격이 설립목적 범위 내로 제한된다 하더라도 회계의 사용 및 관리주체로서 산학협력사업에 사용하는 부동산에 관하여 소유권등기를 하거나 점유·사용하는 것이 원천적으로 불가능하다고 보기 어려운 점,사립학교법 제5조의 위임을 받은「대학설립·운영 규정」제2조 제6항,제7항이 원칙적으로 교지는 설립주체의 소유여야 하고,교지 위에 설립주체 외의 자가 소유하는 건축물을 둘 수 없다고 규정하고 있다 하더라도,이는 교지 또는 교육사업에 사용하는 부동산은 학교법인 명의로 소유하여야 한다는 취지이지 산학협력단이 산학협력사업에 사용하는 일반 부동산에 관하여 산학협력단 명의의 소유권등기를 하는 것이 불가능하다는 취지라고 해석하기는 어려운 점(갑 제8호증의 기재도 마찬가지이다),달리 법령이나 정관 등에 의하여 이대 산학협력단의 부동산에 관한 소유권등기나 법인격 자체가 제한됨을 인정할 만한 자료가 없고,원고의 교지가 아닌 다른 부지 위에 있는 건물을 취득함으로써 산학협력단 감면규정을 적용받을 수 있는 점 등에 비추어 보면,이 부분 원고의 주장은 받아들일 수 없다[「대학설립ㆍ운영 규정」제2조 제7항 제2호에서 설립주체 외의 자에게 교지상 건축물의 소유권 취득을 인정하는‘산업체 등’에 산학협력단이 포함된다고 보기는 어려우나(산학협력법 제2조 제2, 6호 참조),그렇다고 하여 원고의 교육사업에 사용되지 아니한2012년 취득 토지와 이대 산학협력단 사용부분에 이 사건 규정을 적용하기는 어렵다].
2) 가산세 부과처분의 적법성
가) 관련 법리
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고,납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다.따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원2016. 10. 27.선고2016두44711판결).
나) 구체적 판단
이 사건 규정과 산학협력단 감면규정은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하고 있는바,원고가 산학협력단의 산학협력사업에 사용할 부동산을 원고가 교육사업에 직접 사용할 부동산이라고 판단한 것은 법률의 부지나 오해로 보이는 점,임대나 위탁을 통하여 부동산을 사용하는 경우에도 직접 사용으로 인정될 가능성이 있다는 취지의 대법원 판례들은 산학협력단 감면규정과 같이 별도의 감면규정이 입법되어 있지 아니한 사례에 관한 것으로,이 사건 규정과 관련하여 세법해석상의 의의가 있었다고 보기 어려운 점, 2014. 1. 1.법률 제12175호로 개정된 조세특례제한법 제2조 제1항 제8호로‘직접 사용’의 정의규정이 도입되었는바,이 사건 부동산에 관한2014년 이후의 재산세 등 부과처분에 관하여는 해석상 이론의 여지가 없었던 것으로 보이는 점 등의 사정에 비추어 보면,원고가 이 사건 부동산에 관하여 취득세 등과 재산세 등이 감면된다고 판단한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3) 창업보육센터 사용부분에 관한 재산세 등 부과처분의 적법성
가) 관계 규정 및 관련 법리
(1)구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되어2016. 1. 1.시행되기 전의 것)제60조 제3항 제1호는‘창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는2017년12월31일까지 취득세의100분의75를,재산세의100분의50을 각각 경감한다’고 규정하고 있었는데, 2015. 12. 29.법률 제13637호로 신설된 지방세특례제한법 제60조 제3항 제1호의2는‘제41조 제1항에 따른 학교 등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75를,재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의100을 각각2017년12월31일까지 감면한다’고 규정하였고, 2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되어2017. 1. 1.시행된 지방세특례제한법 제60조 제3항 제1호의2는 위‘부동산’에‘(학교등이 취득한 부동산을 산학협력단이 운영하는 경우의 부동산을 포함한다)’는 괄호규정을 추가하였다.
(2)위와 같은 입법 연혁 및 규정 취지,그리고 학교 등과 산학협력단을 구분하여 규율하는 지방세특례제한법의 전체 체계에 비추어 보면,구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되어2017. 1. 1.시행되기 전의 것,이하 같다)제60조 제3항 제1호에 따른 감면은 창업보육센터 사업자지정을 받은 자가 직접 창업보육센터로 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여만 적용되고,같은 법 제60조 제3항 제1호의2에 따른 감면은 학교 등이 사업자지정을 받은 후에 학교 등이 직접 창업보육센터로 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여만 적용된다고 해석함이 타당하다.따라서 학교 등이 창업보육센터 사업자지정을 받고 별개의 법인인 산학협력단이 창업보육센터를 운영하는 경우 같은 법 제60조 제3항 제1호 또는 제1호의2에 따른 감면은 적용되지 않는다.
나) 구체적 판단
앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들,즉①2012. 4. 20.창업보육센터 사업자지정을 받은 것은 원고가 아니라 산학협력단인 점,②원고는2014. 11. 27.창업보육센터 사업자를 원고로,운영자는 산학협력단으로 하여 다시 사업자지정서를 발급받았던 점,③이대 산학협력단 규정 제7조(창업보육센터)는 이대 산학협력단의 창업보육센터 직접 운영을 전제한 것으로 보이는 점 등의 사정에 비추어 보면, 2014. 11. 27.원고가 다시 사업자지정서를 발급받은 것은 사업자의 정정이 아니라 변경에 해당하고,사업자변경 전후 실제로 창업보육센터를 운영해 온 주체는 원고가 아니라 산학협력단이라고 봄이 타당하다.따라서 창업보육센터 사용부분은 원고가 취득하여 산학협력단이 운영한 부분으로,구 지방세특례제한법 제60조 제3항 제1호 또는 제1호의2에 따른 감면은 적용될 수 없다(위 괄호규정이 적용된2017년 재산세 등은 앞서 본 바와 같이 감액경정되었다).원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
3. 결론
원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지1 :이 사건 각 처분
이 사건 각 처분
끝.
별지2 :이 사건 토지 현황/이 사건 건물 사용현황/재산세 등 부과처분
끝.
별지3
관계 법령
■구 지방세특례제한법(2015. 12. 29.법률 제13637호로 개정되기 전의 것)
제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례)
③ 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. <개정2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.31>
1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는2017년12월31일까지 취득세의100분의75를,재산세의100분의50을 각각 경감한다.
2. 창업보육센터에 입주하는 자에 대하여 취득세,등록면허세 및 재산세를 과세할 때에는2015년12월31일까지「지방세법」제13조제1항부터 제4항까지,제28조제2항·제3항 및 제111조제2항의 세율을 적용하지 아니한다.
■구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)
제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례)
③ 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. <개정2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.31, 2015.12.29>
1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75를,재산세의100분의50을 각각2017년12월31일까지 경감한다.
1의2.제41조제1항에 따른 학교등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75를,재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의100을 각각2017년12월31일까지 감면한다.
■구 지방세특례제한법(2017. 12. 26.법률 제15295호로 개정되기 전의 것)
제2조(정의)
①이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)
① 「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서"학교등"이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제42조제1항에 따른 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. <개정2010.12.27, 2011.12.31, 2013.1.1, 2014.12.31, 2016.12.27>
1. 해당 부동산을 취득한 날부터5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
②학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)및「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.다만,수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다. <개정2011.12.31, 2013.1.1, 2015.12.29>
제42조(기숙사 등에 대한 감면)
③ 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제25조에 따라 설립·운영하는 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75를,과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의75를2017년12월31일까지 각각 경감한다. <개정2013.1.1, 2014.12.31, 2016.12.27>
제60조(중소기업협동조합 등에 대한 과세특례)
③ 「중소기업창업 지원법」에 따른 창업보육센터에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다. <개정2010.12.27, 2013.1.1, 2014.12.31, 2015.12.29, 2016.12.27>
1. 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의100분의75를,재산세의100분의50을 각각2017년12월31일까지 경감한다.
1의2.제41조제1항에 따른 학교등이 창업보육센터사업자의 지정을 받고 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(학교등이 취득한 부동산을「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 운영하는 경우의 부동산을 포함한다)에 대해서는 취득세의100분의75를,재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다)의100분의100을 각각2017년12월31일까지 감면한다.
■산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률
제2조(정의)
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
6. "산학연협력"이란 산업교육기관과 국가,지방자치단체,연구기관 및 산업체등이 상호 협력하여 행하는 다음 각 목의 활동을 말한다.
가. 산업체의 수요와 미래의 산업발전에 따르는 인력의 양성
나. 새로운 지식ㆍ기술의 창출 및 확산을 위한 연구ㆍ개발ㆍ사업화
다. 산업체등으로의 기술이전과 산업자문
라. 인력,시설ㆍ장비,연구개발정보 등 유형ㆍ무형의 보유자원 공동 활용 등
제25조(산학협력단의 설립ㆍ운영)
①대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하"산학협력단"이라 한다)을 둘 수 있다. <개정2011.7.25>
②산학협력단은 법인으로 한다.
■사립학교법
제5조(자산)
①학교법인은 그 설치ㆍ경영하는 사립학교에 필요한 시설ㆍ설비와 당해 학교의 경영에 필요한 재산을 갖추어야 한다.
②제1항에 규정한 사립학교에 필요한 시설ㆍ설비와 재산에 관한 기준은 대통령령으로 정한다.
■구 대학설립·운영 규정(2019. 4. 2.대통령령 제29669호로 개정되기 전의 것)
제2조(설립인가기준등)
⑥제4조에 따른 교사 및 제5조에 따른 교지는 설립주체의 소유이어야 한다.다만,다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정2009.4.21, 2011.11.16, 2012.1.25>
1. 특별법에 따라 설립된 정부출연연구기관(이하"연구기관"이라 한다)중 그 특별법에 따라「고등교육법」제30조에 따른 대학원대학(이하"대학원대학"이라 한다)을 설립할 수 있는 연구기관이 국가·지방자치단체 또는 다른 연구기관 소유의 건축물 또는 토지를 사용하는 경우
2. 설립주체가 다음 각 목의 토지를 타인과 공동으로 소유하여 대학원대학을 설립하거나 대학에 대학원을 두는 경우
가. 「택지개발촉진법 시행령」제2조제1호에 따른 시설 중 교육 또는 연구용 시설에 사용되는 토지
나. 「택지개발촉진법 시행령」제2조제3호 각 목의 시설에 사용되는 토지
다. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조제8호의 산업단지
3. 설립주체가 제2호 각 목의 토지에 소재하는 건물을 임대하여 별표2에 따른 연구시설을 두는 경우
4. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령」제8조의 계약학과등을 국가,지방자치단체,산업체,사업자단체 및 직능단체가 제공하는 시설에서 운영하는 경우
⑦제5조에 따른 교지에는 설립주체 외의 자가 소유하는 건축물을 둘 수 없다.다만,「건축법」제2조제2항의 문화 및 집회시설,판매시설,교육연구시설,노유자(老幼者)시설,수련시설,운동시설,업무시설 또는「주차장법」제2조제1호다목의 부설주차장 등 교육 및 공공의 목적에 부합하는 시설로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물은 그러하지 아니하다. <신설2005.3.25, 2009.4.21>
1. 설립주체에게 소유권이 이전되는 건축물
2. 국가·지방자치단체·연구기관 및 산업체 등(이하"산업체등"이라 한다)이 교지 안에 건축하고자 하는 시설로서 설립주체가 그 필요성을 인정하는 건축물
⑧대학을 설립·운영하는 자 또는 대학의 장은 산학협력에 의한 교육 및 연구 등을 촉진하기 위하여 필요한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 산업체등이「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령」제33조에 따른 사업종목의 용도에 한정하여 대학의 시설을 이용하도록 할 수 있다.이 경우 산업체등이 이용할 수 있는 교사의 면적은 해당 대학이 확보한 전체 교사면적(부속시설의 교사면적은 제외한다)에서 제4조제3항에 따라 산출된 교사면적을 뺀 면적[그 면적이 영(零)이하인 경우에는 영으로 본다]과 제4조제3항에 따라 산출된 교사면적의10퍼센트에 해당하는 면적의 합을 초과할 수 없다. <신설2009.4.21, 2012.1.25, 2016.5.3>
1. 산업체등의 기자재 및 인력을 대학의 교육·연구 또는 학생들의 실습에 공동으로 활용하도록 하는 약정이 있는 경우
2. 산업체등이 대학에 기자재 또는 기부금 등을 기부한다는 약정이 있는 경우
끝.