【판결요지】

종합토지세는 개발이익환수에관한법률 제11조 제1항 제1호와 법시행령 제10조 제1항 제1호에 따라 개발사업에 투입되어 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 것으로 볼 수 있는 경우에 해당하지 않으므로 개발비용에 포함될 수 없다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 당심에서의 청구변경에 의하여 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다. 
가.  피고가 2000. 2. 18. 원고에 대하여 한 개발부담금 195,857,832,960원의 부과처분 중 191,356,478,857원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.
 
나.  원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
2.  소송총비용은 이를 5분하여 그 중 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 1호증, 갑 10호증의 1 내지 4, 을 1호증, 을 2호증의 1 내지 8, 을 3호증의 1 내지 9, 을 4호증의 1 내지 5, 을 5호증의 1 내지 5, 을 6호증의 1 내지 3, 을 7호증의 1 내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 
가.  원고는한국토지공사법에 의하여 설립된 정부투자기관으로서 정부의 주택 200만호 건설정책에 따라 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로, 1989. 8. 30. 건설부 고시 제491호로 성남시 분당구 일대의 토지 19,639,218.6㎡(당초 17,850,000㎡였으나 그 후 수차례 실시계획의 변경 등으로 사업완료시 준공면적은 위와 같이 증가하였다)에 대하여 성남분당지구택지개발사업의 개발계획승인을 받아 사업을 시작하여 1993. 6. 30.까지 위 전체 토지 중 862,972.3㎡에 대하여 제1단계 개발사업을 완료한데 이어, 나머지 토지 18,776,246.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여는 1995. 6. 30.까지 제2,3단계 개발사업을, 같은 해 12. 30.까지 제4,5,6단계 개발사업을, 1996. 12. 31.까지 제7단계 개발사업을 차례로 완료하였으며, 각 단계별 준공면적은 별지 제1목록 기재와 같다.
 
나.  이에 피고는 1997. 3. 31. 원고에게 위 제2 내지 7단계 택지개발사업(이하 ‘이 사건 개발사업’이라 한다)에 대한 개발부담금으로 395,468,488,990원을 부과하였다가, 1997. 9. 29. 914,704,770원을 증액하여 개발부담금을 396,383,193,760원으로 경정, 부과(이하 ‘1997. 9. 29.자 처분’이라 한다)하였으나, 행정심판절차에서 중앙토지수용위원회(이하 ‘중토위’라고만 한다)가 1997. 12. 19. 위 처분의 근거가 된 부과개시시점지가, 부과종료시점지가, 개발비용 등의 산정이 위법하여 개발부담금을 재산정, 부과하여야 한다는 이유로 1997. 9. 29.자 처분을 전부 취소하는 재결을 하자, 피고는 그 취지에 따라 다시 1998. 4. 2. 원고에 대하여 194,299,811,600원의 개발부담금을 부과(이하 ‘1998. 4. 2.자 처분’이라 한다)하였다가, 제1심 판결 선고 이후인 2000. 2. 18. 별지 제2,3목록 기재와 같이 ‘용지비에 대한 간접비’ 8,530,361,139원 부분을 개발비용에서 제외하고 3,914,532,432,316원을 개발비용으로 보아 195,857,832,960원의 개발부담금을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
 
2.  처분의 적법여부에 대한 판단

 
가.  본안전 항변에 대한 판단

원고가 이 사건 처분의 일부취소를 구함에 대하여, 피고는 본안전 항변으로서, 중토위의 위 1997. 12. 19.자 재결은 1997. 9. 29.자 처분의 일부를 취소하는 것으로 보아야 하고, 따라서 그 취지에 따라 행하여진 1998. 4. 2.자 처분은 당초 처분의 감액경정처분으로서 독립하여 쟁송의 대상이 될 수 없으므로, 이 사건 개발부담금 부과처분 관련 항고소송의 대상은 1997. 9. 29.자 처분 중 위 재결에 의하여 취소되지 아니한 부분이 된다 할 것인데, 원고는 1997. 9. 29.자 처분에 대하여 별도의 전심절차를 거치지 아니하였을 뿐 아니라 위 재결서 수령일로부터 90일의 제소기간이 경과하였음이 역수상 명백한 1998. 6. 30.에 이르러서야 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다.
살피건대, 재결청의 재결내용이 처분청에 취소를 명하는 것이 아니라 처분청의 처분을 스스로 취소하는 것일 때에는 그 재결에 형성력이 발생하여 당해 행정처분은 별도의 행정처분을 기다릴 것 없이 당연히 취소되어 소멸되는 것이라고 할 것인바(대법원 1994. 4. 12. 선고 93누1879 판결등 참조), 이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이 중토위는 1997. 12. 19. 재결로서 처분청에 대하여 당초 처분의 취소를 명한 것이 아니라, 당초 처분 전체를 직접 취소한 것이므로 당초 처분은 중토위의 위 재결에 의하여 완전히 소멸되었다고 할 것이고, 제소기간등의 준수여부는 그 후 새로 이루어진 1998. 4. 2.자처분을 기준으로 판단하여야 할 것인데, 원고가 그 제소기간 내인 같은 해 6. 30. 적법하게 이 사건 소를 제기한 사실은 기록상 명백하므로 피고의 위 주장은 이유 없고, 나아가 이 사건은 소송계속 중 처분의 변경으로 인한 소의 변경의 경우로서 원고가 처분이 변경된 2000. 2. 18.부터 60일 이내인 같은 해 3. 30. 이 사건 처분 중 185,644,095,896원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 취지로 소변경신청을 하였음이 기록상 분명하므로, 피고의 본안전 항변은 어느모로 보나 이유 없다.
 
나.  본안에 대한 판단

(1) 원고의 주장

첫째, 중토위가 행정심판절차에서 당초의 개발부담금부과처분을 취소하여 그 재결이 확정되었음에도 피고가 아무런 근거 없이 다시 이 사건 처분으로 개발부담금을 부과한 것은 위법하다.
둘째, ① 종합토지세 20,707,086,013원은 원고가 이 사건 개발사업을 위하여 개발기간동안 불가피하게 이 사건 토지를 원고 소유로 보유하느라 납부한 제세공과금으로 개발비용 중 순공사비에 해당하고, ② 농어촌특별세 31,583,974,794원 또한 개발비용에 계상되어야 하며, ③ 용지부대비 10,850,668,285원은 이 사건 토지를 매입하거나 측량, 감정 등을 하는 과정에서 택지개발사업과 관련하여 필요 불가결하게 지출된 각종 공과금 및 등기비용등이어서 순공사비에 산입되어야 하고, ④ 용지비에 대한 간접비 8,530,361,139원도 개발사업을 위해 직접 또는 보조적으로 작업을 수행하는 사업시행자인 원고 공사의 직원의 인건비로서 개발비용에 해당하고, ⑤ 위와 같은 각종 비용이 순공사비로 새로 산입됨에 따라 그 비용의 5%에 해당하는 일반관리비도 개발비용으로 추가로 인정하여야 한다.
따라서, 이 사건 처분 중 190,089,201,731원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
(2) 판 단

(가) 이 사건 처분이 중토위의 재결 취지에 따른 것이 아니라는 주장에 관하여

을 1호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 중토위의 재결은 1997. 9. 29. 처분을 취소한 것이기는 하나, 이는 개발부담금을 전혀 부과하지 않아야 한다는 취지가 아니라 그 전제가 된 산정기준이 잘못 되었으니 이를 바로 잡아 개발부담금을 재산정, 부과하여야 한다는 취지로 당초 처분을 취소한 것임이 명백하고, 따라서 피고가 그 취지에 따라 1998. 4. 2. 자 처분과 이 사건 처분으로 개발부담금을 다시 부과한 것 자체에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.
따라서, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(나) 개발비용을 추가로 인정하여야 한다는 주장에 관하여

1) 관계법령 및 개발비용의 판단기준

개발비용 산정에 관한 법령의 규정은 별지 제5목록 기재와 같은바, 개발이익환수에관한법률(이하 ‘법’이라고만 한다) 제2조 제1호, 제8조 등의 규정에 의하면, 개발이익은 개발사업을 시행함으로써 정상지가상승분을 초과하여 개발사업시행자에게 귀속되는 토지가액의 증가분을 말하고, 그 산식은 [부과종료시점지가 - (부과개시시점 지가 + 정상지가 상승분 + 개발비용)]으로, 개발비용은 결국 부과개시시점 지가와 정상지가상승분을 제외하고 순전히 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용만을 의미하게 된다.
또한, 법 제11조 제1항 제1호, 법시행령 제10조 제1항 제1호 등의 관련 규정에 의하면, 개발이익의 산정에 있어 공제대상이 되는 개발비용 중 순공사비는 예정가격준칙상의 재료비(직접재료비 및 간접재료비 등)·노무비(직접노무비 및 간접노무비)·경비를 합한 이른바 공사원가와 제세공과금을 그 구성요소로 하는 것인바, 개발이익 자체가 개발사업을 통하여 얻게 되는 토지의 가치증진으로 인한 이득을 가리키는 것인 이상, 위와 같은 공사원가와 제세공과금은 그것이 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 것으로 볼 수 있는 경우에만 순공사비로서 개발비용에 해당하고 아울러 그러한 공사원가라야 일반관리비의 산정기초가 될 수 있다(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566 판결참조).
2) 종합토지세 부분

갑 4호증, 갑 9호증의 1 내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 개발사업을 하면서 이 사건 토지에 대하여 부과된 20,707,086,013원의 종합토지세를 납부한 사실이 인정되나, 종합토지세는 기본적으로 개발사업 유무에 관계없이 토지의 보유와 관련하여 부과되는 재산세이므로, 원고가 이 사건 개발사업을 시행하면서 이 사건 토지에 대한 종합토지세를 납부하였다고 하더라도 이를 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 순공사비에 해당한다고 할 수 없으므로(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566 판결참조), 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
3) 농어촌특별세 부분

갑 4호증, 갑 11호증의 1 내지 6, 갑 12호증의 1 내지 6의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호에 의하여 조세특례제한법으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1항 제8호및구 조세특례제한법(2001. 1. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제1항 제8호소정의 개발사업시행자로서 이 사건 토지의 분양에 따른 소득에 대한 법인세 특별부가세의 50%가 감면됨에 따라구 농어촌특별세법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)및농어촌특별세법 각 제5조 제1항에 의하여 그 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세로 1994년분 2,363,763,925원, 1995년분 7,832,826,231원, 1996년분 5,602,460,683원, 1997년분 11,927,543,229원, 1998년분 1,395,672,824원, 1999년분 1,395,331,545원을 납부한 사실이 인정된다.
살피건대,구 개발이익환수에관한법률(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조는 부과개시시점 후 개발부담금의 부과 전에 토지 또는 사업의 양도 등으로 인하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세가 부과된 경우에는 이중부담의 방지 차원에서 원래는 개발비용에 해당할 수 없는 위 양도소득세 또는 특별부가세에 대하여법 제11조의 규정에 불구하고 당해 세액 중 부과개시시점부터 양도 등의 시점까지에 상당하는 세액을법 제11조의 규정에 의한 개발비용에 계상할 수 있도록 규정하고 있는 것이므로, 개발사업시행자가 사업대상 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여구 조세감면규제법 제64조 제1항또는구 조세특례제한법 제78조 제1항에 따라 양도소득세 또는 특별부가세의 50%를 감면받음과 아울러 구 농어촌특별세법 또는농어촌특별세법 각 제5조 제1항에 따라 위 감면세액의 20%에 상당하는 농어촌특별세를 부과받은 경우에, 그 양도소득세 또는 특별부가세 중 부과개시시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액이구 개발이익환수에관한법률 제12조에 따라 개발비용에 계상될 수 있는 경우라면, 앞서 본구 개발이익환수에관한법률 제12조의 취지에 비추어, 위 감면세액을 과세표준으로 하여 부과된 농어촌특별세에 대하여도구 개발이익환수에관한법률 제12조를 유추적용하여 그 중 부과개시시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액이 개발비용에 계상될 수 있다고 보아야 할 것이다.
또한, 개발비용에 계상될 수 있는 농어촌특별세는구 개발이익환수에관한법률 제12조에 따라 개발부담금의 부과 전에 부과된 것이어야 하고, 한편,농어촌특별세법 제7조 제1항에 의하면, 농어촌특별세는 당해 본세의 신고납부시 함께 신고납부하여야 하므로 이 사건 농어촌특별세는 당해 본세인 법인세의 신고납부시 함께 신고납부하여야 하는바, 법인세는법인세법 제60조 제1항,제64조 제1항에 따라 과세관청의 별도의 부과처분 없이 사업연도의 종료일부터 3개월 이내에 먼저 신고납부하는 것이므로 결국 이 사건에서 개발비용에 계상될 수 있는 농어촌특별세는 이 사건 처분일인 2000. 2. 18. 이전에 사업연도의 종료로 신고납부대상이 된 1994년분부터 1999년분까지의 농어촌특별세 중 부과개시시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액으로 봄이 상당하다(원고는, 그 이외에 2000년분과 2001년분 농어촌특별세 또는 이 사건 처분일인 2000. 2. 18. 이전에 양도한 토지분에 대한 농어촌특별세 중 부과개시시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액 역시 개발비용으로 계상되어야 한다고 주장하나, 농어촌특별세는 위에서 본 바와 같이 각각의 양도시마다 납부하는 것이 아니라 해당 사업연도별로 납부하는 것이어서 이 사건 처분일인 2000. 2. 18. 이전에 양도한 토지분에 대한 농어촌특별세 역시 해당 사업연도의 종료 전까지는 부과대상이 된다고 할 수 없고, 2000년분과 2001년분 농어촌특별세 역시 이 사건 처분 당시 발생되지 않았으므로 원고의 위 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다).
따라서, 1994년분부터 1999년분까지의 농어촌특별세 중 부과개시시점부터 양도시점까지에 상당하는 세액에 관하여 보건대, 갑 12호증의 1 내지 6의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 위와 같이 개발비용에 계상될 수 있는 농어촌특별세는 1994년분 2,363,763,925원, 1995년분 7,807,865,586원, 1996년분 4,770,457,510원, 1997년분 9,137,604,069원, 1998년분 933,685,433원, 1999년분 864,371,851원 합계 25,877,748,374원이 된다.
이에 대하여 피고는, 이 사건 처분은 1996. 12. 31. 제7단계 개발사업 완료 후 1997. 초경 원고로부터 제출받은 자료를 토대로 산정한 것이므로 그 때까지 납부한 1994년분부터 1996년분까지의 농어촌특별세만 개발비용에 계상되어야 하고, 그 이후에 납부한 농어촌특별세는 개발비용에 계상될 수 없다는 취지로 주장하나,구 개발이익환수에관한법률 제12조에서는 “개발부담금의 부과” 전에 부과된 특별부가세 등을 개발비용에 계상할 수 있다고 규정하고 있을 뿐만 아니라, 위와 같이 1999년분 농어촌특별세까지 개발비용에 계상되게 된 것은 피고가 이 사건 소송 도중 개발부담금을 종전의 194,299,811,600원에서 195,857,832,960원으로 증액하여 이 사건 처분을 하였기 때문인데, 피고 주장과 같이 1996년분까지의 농어촌특별세만 개발비용에 계상되어야 한다면, 피고의 개발부담금 증액만 허용하는 결과가 되어 형평에 반하므로 피고의 위 주장은 이유 없다.
4) 용지부대비 부분

가) 인정사실

갑 4호증 내지 갑 8호증, 갑 9호증의 1 내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
① 원고는 정부투자기관회계규정에 따른 회계규정 시행세칙, 용지규정 및 그 시행세칙을 마련하여 시행하고 있고, 정부투자기관관리기본법등 관계법령에 따라 매년 재무부장관에게 이 사건 개발사업을 비롯한 원고의 사업 전부에 관하여 재무제표와 그 부속서류 등이 첨부된 결산서를 제출하여 승인을 받았다.
② 원고의 회계규정시행세칙 중 용지부대비 관련 주요 내용은 아래와 같다.
제7조

【계정과목】

규정 제14조 제4항의 개별 계정과목은 “절”로 분류하면 별표 제1호와 같다.
[별표1]

 
5.  제조원가명세서 과목

 
가.  조성사업

9100000관 조성사업원가

9110000항 용지비(조성사업에 따른 순용지비와 보상비 및 부대비)

9110100목 순용지비(토지취득비)

9110200목 보상비(지장물보상비, 손실보상비용 등)

9110300목 용지부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

9110400목 종합토지세

9120000항 조성비

9120100목 도급공사비 : 부지조성공사비, 지급자재비, 가로등공사비, 전기공사비,

가스공사비, 조경공사비, 시설부담금, 기타

9120200목 조성조사설계비

9120300목 조성교육훈련비(IBRD 차관사업과 관련한 교육훈련비)

9120400목 개발부담금(개발이익환수에관한법률에 의한 개발부담금)

9120500목 확정측량비

9120600목 조성부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

9300000 간접비

9310000항 조성간접비

9320000항 국외간접비

제101조

【예산편성방법】

① 예산관리자는 정부투자기관관리기본법 제21조의 규정에 의거경제기획원장관으로부터 시달된 예산편성지침을 기준으로 자체예산편성지침을 작성하여 이를 부문 예산관리자에게 통보한다.
제129조

【원가의 구성요소와 구분】

① 원가의 구성요소는 직접비와 간접비로 구분한다.
② 직접비는 용지비, 조성비, 재개발보상비, 건축비로 한다.
③ 간접비는 다음 각 호에 게기하는 부서의 직원에 대한 인건비와 급여성 있는 복리후생비(급식비, 동하계단련비, 학자금, 복지보험료 등)로 한다.
 
1.  조성사업 부문

 
가.  본사의 조성사업 관련부서

 
나.  지사의 업무개발부, 용지부, 공사부, 품질관리부, 사업단, 개발사업소

 
2.  국외사업 부문

 
가.  본사의 국외사업 관련부서

 
나.  국외소재 사업단 관련부서

③ 원고는 1996년 실행예산편성지침에서 부대비과목을 아래와 같이 편성하도록 하고 있다.
(a) 법정부대비

지급수수료 : 감정평가수수료, 측량수수료, 법무사수수료, 기타 지급수수료, 용역수수료

지급임차료 : 사무실 임차료(사업단, 사업소의 임대료 및 관리비)

광고선전비 : 신문광고료(취득개발의 법정공고 또는 불가피한 신문공고료)

등기소송비 : 등기수수료, 소송비용

세금과 공과 : 원가성 있는 세금과 공과금에 한하여 편성

(b) 소모성부대비 : 일용잡급비, 여비교통비(시내외 출장비, 현장체재비, 교통보조비), 통신비(사업소비용 및 지사 공통비용), 전력수도료, 연료유지비, 소모품비, 피복비, 도서인쇄비, 지급임차료, 수선유지비, 차량유지비, 차량비, 보험료, 지급수수료, 운반 및 보관료, 광고 선전비, 등기소송비, 협회비, 협력비, 잡비

(c) 업무추진비 : 기획조정실에서 당해 사업을 원할하게 추진하기 위하여 필요 불가결한 금액을 사업면적, 지구수,인원, 공구수 등을 감안하여 일괄 편성

④ 원고는 이 사건 개발사업을 시행하면서 그에 필요한 용지의 취득 또는 개발사업구역 안의 건물, 입목 등의 철거, 이전 등과 관련된 부대비용으로 별지 제4목록 기재와 같이 합계 10,850,668,285원을 지출하였고, 용지부대비의 지출규모는 대체로 순용지비의 지출액 규모와 비례하고 있다.
나) 판 단

살피건대, 원고의 회계규정 시행세칙등에 규정한 원가계산은 토지에 투하된 경제가치를 일정한 기준에 의하여 계산함으로써 그에 대한 합리적인 장부가격 또는 매각가격을 산정하기 위한 것이어서 이 사건 개발비용의 항목 및 그 산정목적과 반드시 일치하는 것은 아니므로, 원고의 회계규정 시행세칙에 의하여 작성된 원가를 구성하는 각종 비용항목 중 어느 것이 개발비용에 포함될 것인지 여부는 비록 그 비용항목이 외견상 순공사비등을 구성하는 비용항목과 명칭 또는 용도가 동일, 유사하다고 하더라도 개발부담금 제도의 독자적인 관점에서 그 비용이 과연법 제11조가 정하는 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용인가 여부에 따라 판단하여야 할 것인바, 위 인정사실에 의하면, 원고가 지출한 용지부대비는 그 내역에 비추어 개발비용 중 순공사비의 요소인 재료비 또는 노무비에 해당한다고 할 수 없고, 나아가 원고가 지출한 용지부대비 중 그 명칭 및 용도(지급수수료, 광고선전비, 등기소송비)로 보아 토지취득 관련 부대비용으로 보이는 법정부대비의 구성비율이 용지매입비의 71%에 이르고, 이 사건 토지의 취득을 위한 순용지비의 지출에 비례하여 용지부대비가 지출된 점 등에 비추어 용지부대비는 단순한 토지취득 및 관리를 위한 부수비용으로 보일 뿐이므로, 용지부대비는 원고의 회계규정 시행세칙등의 비용항목과 명칭 또는 용도에 불구하고 개발비용에 포함될 수 없는 것이라 할 것이어서(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566 판결참조), 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
5) 용지비에 대한 간접비 부분

원고의 회계규정시행세칙에 의하면, 간접비는 조성간접비와 국외간접비로 나누어 지고, 이는 본사의 조성사업 관련부서, 지사의 업무개발부, 용지부, 공사부, 품질관리부, 사업단, 개발사업소 및 본사의 국외사업 관련부서, 국외소재 사업단 등에 속하는 직원들에 대한 인건비와 복리후생비(급식비, 동하계단련비, 학자금, 복지보험료 등) 등으로 구성되는 것임은 앞서 4)항에서 본 바와 같고, 갑 4호증 내지 갑 8호증, 갑 9호증의 1 내지 4, 갑 10호증의 1 내지 4, 을 6호증의 1 내지 3, 을 7호증의 1 내지 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 개발사업의 시행기간 중 간접비로 41,582,542,231원을 사용하였고, 그 중 조성비에 대한 간접비를 제외한 용지비에 대한 간접비는 금 8,530,361,139원인데 이는 ‘작업현장에서 보조작업에 종사하는 노무자나 종업원 등’이 아닌 ‘원고의 본지사 등에서 근무하는 관련 부서의 직원’을 그 지급대상으로 하고 있는 사실, 원고는 1998. 4. 2. 처분시에는 용지비에 대한 간접비도 개발비용으로 인정하였다가 이 사건 처분시에는 이를 개발비용에서 제외하고 개발부담금을 재산정하여 증액경정한 사실을 인정할 수 있다.
위 인정사실을 종합하면, 이 사건 간접비 중 용지비에 대한 간접비는 ‘작업현장에서 보조작업에 종사하는 노무자나 종업원 등’을 지급대상으로 하는 예정가격준칙상의 ‘간접노무비’와는 성격을 달리하는 것으로서 이를 순공사비에 해당하는 개발비용이라고 할 수 없다 할 것이므로(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566 판결참조), 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
6) 일반관리비 부분

위 3)항에서 인정된 농어촌특별세는법 제11조 제1항 제1호의 순공사비에 해당하는 것은 아니어서 개발비용으로 위 세액에 대한 5%의 일반관리비가 추가로 인정되지 않으므로(대법원 2004. 7. 9. 선고 2002두8916 판결참조), 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
(다) 정당한 개발부담금

위와 같이 농어촌특별세 25,877,748,374원을 개발비용으로 계상하여 정당한 개발비용을 산정하면, 별지 제3목록 기재와 같이 3,940,410,180,690원이 되고, 이에 따라 원고가 부담하여야 할 정당한 개발부담금액을 산정하면, 별지 제2목록 기재와 같이 191,356,478,857원이 된다.
 
3.  결 론

따라서, 이 사건 처분 중 191,356,478,857원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 하므로 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 그렇다면, 원고의 항소를 일부 받아들여 당심에서의 원고의 청구변경에 따라 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

해당 토지를 00개발주식회사에 대한 대여금채권 5백만원의 대물변제조로 취득하여 000에게 1천만원에 양도한 사실이 확인되는 바, 과세관청이 기준시가에 의해 산정한 양도가액 및 양도차익에 미달하는 이상 정당한 세액을 초과하여 부과한 양도소득세액을 감액경정하여야 한다.

【전문】

【주문】

 
1.  피고가1998. 8. 3. 자로원고에대하여한 양도소득세 금25,512,530원의 부과처분 중 금 2,479,840원을 초과하는 부분을 취소한다.
 
2.  원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
3.  소송비용은 이를 10분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

다음사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제3호증, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제8호증, 을 제1호증의 1의 1 내지 3, 을 제2호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 1, 2, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.
 
가.  부산 서구동대신동 1가 산 4의 16 임야 1,402㎡ 중 1,402분의 1,161(이하 이 사건 토지라고 한다)은 원래소외 건영개발주식회사의 소유인데 이에 관하여 1982. 7. 30. 매매를 원인으로 한소외 갈현노,박구락,정태인,김시우,이상해및 원고 명의의 소유권이전등기가 경료되었다가, 그 중 원고의 지분인 1/6(이하 이 사건 토지지분이라고 한다)에 관하여 1996. 8. 3. 매매를 원인으로 한소외 전봉옥명의의 소유권이전등기가 경료되었다.
 
나.  원고는 1997. 4. 22. 피고에게 이 사건 토지지분 양도에 관한 양도소득세과세표준확정신고를 함에 있어, 이 사건 토지지분의 양도가액이 금 10,000,000원이고 취득가액이 금 6,800,000원이며 양도소득금액이 금 172,800원으로서 납부할 양도소득세액이 없다고 신고하면서, 위 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류로서 영수인이 원고로 되어 있고 위전봉옥이 받는 사람으로 되어 있으며, 금 10,000,000원을 이 사건 토지지분의 대금으로 영수한다는 내용이 포함된 ‘토지대금 영수 및 각서’(갑 제5호증의 1), 위전봉옥의 매매사실확인서(갑 제5호증의 2), 원고와 위전봉옥사이의 각종 내용증명(갑 제7호증의 1 내지 4),부산지방법원 1996. 5. 15. 선고 96가단19303 판결(갑 제8호증) 등을 제출하였다.
다, 피고는 원고가 위 신고 당시 제출한 위 토지대금 영수 및 각서가 신빙성이 없어 취득 및 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 구 소득세법(1996. 8. 14. 법률 제5155호로 개정되기 전의 것)의 관계 규정을 적용하여 취득 및 양도(등기이전일을 기준으로 함) 당시의 기준시가에 의하여 원고가 납부할 양도소득세를 금 24,570,040원으로 산정하여 1997. 7. 9. 원고에 대하여 이를 부과하였다가, 이 사건 토지지분의 잔금청산일이 1994. 11. 1.로 인정된다고 하여 이를 양도기준일로 삼은 다음 다시 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것)상 관계 규정을 적용, 별지 처분란과 같이 세액을 계산하여 1998. 8. 3. 양도소득세 금 25,512,530원을 부과하는 처분(이하 이 사건 부과처분이라 한다)을 하였다.
 
2.  이 사건 부과처분의 적법여부

 
가.  당사자의 주장

원고는, 원고 및소외 갈현노,박구락,정태인,김시우,이상해(이하 소외채권자들이라고 한다)가 1981. 5. 8. 위건영개발주식회사에게 대여한 금 41,000,000원(이 중 원고가 대여한 부분은 금 5,000,000원이다)에 대한 대물변제로 이 사건 토지를 1982. 7. 30. 원고 및 소외 채권자들이 취득하였다가,소외 전봉옥(이 사건 토지를 위건영개발주식회사로부터 위 대여금채무와 함께 양수한 사람이다) 및소외 양우성의 속임수에 빠진 원고의 아들인소외 김성환이 1994. 11. 1. 위 대여금채권 5,000,000원의 두배에 해당하는 금 10,000,000원을 받고 이 사건 토지지분을 위전봉옥에게 다시 양도하였고, 1997. 4. 22. 그와 같은 내용의 양도소득과세표준확정신고를 하면서 증빙서류를 피고에게 제출하여 피고는 이 사건 토지지분의 취득 및 양도 당시의 각 실지거래가액을 확인할 수 있었고, 위 실지거래가액에 의한다면 납부하여야 할 양도소득세는 없을 것임에도 불구하고, 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정하였으므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.
이에 대하여, 피고는 원고가 신고한 양도가액이 양도당시의 시세나 기준시가에 대비할 때 9분의 1에 불과하여 원고가 제출한 각 증빙서류는 신빙성이 없다 할 것이므로 취득 및 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당되어 기준시가에 의하여 양도소득세를 산정한 이 사건 부과처분은 적법하다고 주장한다.
 
나.  관계 법령

구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 구 소득세법이라고 한다) 제23조 제4항,제1항 제1호,제45조 제1항 제1호는 자산의 양도로 인하여 발생하는 양도소득의 계산에 있어서 양도가액과 취득가액은 그 자산의 양도 및 취득 당시의 기준시가에 의함을 원칙으로 하되 다만 대통령령이 정하는 경우에 한하여 실지거래가액에 의하도록 규정하고, 이에 따라구 소득세법시행령(1994. 12. 23. 대통령령 제14447호로 개정되기 전의 것, 이하 구 소득세법시행령이라고 한다) 제170조 제4항 제3호는 실지거래가액에 의할 수 있는 경우의 하나로서 양도자가같은 법 제95조소정의 자산양도차익의 예정신고 또는같은 법 제100조소정의 과세표준확정신고시에 실지거래가액에 의하여 신고한 경우를 규정하고 있으며,같은 법 제100조 제1항은 당해연도의 양도소득금액등이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 년도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있는데,구소득세법 시행령 제53조 제1항에 의하면 그 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날이다.
한편,구 소득세법 제23조 제2항은 당해자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(양도가액)에서제45조의 규정에 의한 필요경비(구 소득세법시행령 제94조 제5항 제1호에 의하면 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 경우에는 취득당시의 지방세법상의 과세시가표준액의 7/100을 그 필요경비로 계산한다)를 공제한 금액(양도차익)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액을 양도소득금액으로 한다고 하면서 그 각호로 양도소득특별공제액(취득가액에 대통령령이 정하는 율과 그 취득일로부터 양도일까지의 기간을 곱한 금액), 장기보유특별공제액(당해자산의 보유기간이 10년 이상인 경우 양도차익의 100분의 30), 양도소득공제액(금 1,500,000원)을 들고 있고,같은 법 제70조 제3항 제1호에 의하면 위 양도소득금액을 기초로 한 양도소득과세표준이 3000만원 이하인 경우는 세율이 100분의 40이고, 3000만원을 초과하는 경우에는 그 초과부분에 대하여서는 45%라고 규정하고 있다.같은 법 제107조 제1항은 거주자는 당해연도의 과세표준에 대한 양도소득산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을제100조 제1항과제102조 제1항내지제4항의 규정에 의한 과세표준확정신고기한까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 법 제121조 제1항은 거주자가 과세표준확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 종합소득금액,?득금액, 양도소득금액 또는 산림소득금액에 대하여 그 신고를 하지 아니한 당해소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해소득금액이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산한다(신고불성실가산세)고 규정하고,같은 조 제3항은 거주자가제107조의 규정에 의한 소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 산출세액에 가산한다(납부불성실가산세)고 규정하고 있다.
 
다.  판단

(1) 먼저, 원고의 과세표준신고에 따라 실제거래가액에 의하여 양도소득세액을 산출하여야 한다는 주장에 관하여 살피건대, 이 사건 토지지분의 매매대금이 1994. 11. 1. 청산된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 한편 원고가 1997. 4. 22. 이 사건 양도소득세과세표준확정신고를 하였음은 앞에서 본 바와 같은바, 그렇다면 위 과세표준확정신고는 양도소득이 발생한 이 사건 토지지분 매매대금 청산일인 1994. 11. 1.의 다음해인 1995. 5. 31. 이후에 이루어진 것으로 적법한 신고라고 할 수 없어, 결국 이 사건 양도소득세의 산정은 과세표준확정신고가 없는 경우로서 기준시가에 의하여 양도 및 취득가액을 산정하여야 할 것이므로 이 사건 부과처분이 기준시가를 기초로 하여 이루어진 것은 타당하다고 할 것이어서 원고의 위 주장은 이유없다.
(2) 다음으로 양도소득세액의 범위에 관하여 살피기로 한다.
(가) 납세자가 자산의 양도차익 예정신고나 과세표준 확정신고를 하지 않아서 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그 기준시가에 의하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익을 넘을 수는 없고, 기준시가에 의하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘을 수도 없다 할 것이고(대법원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결,1996. 12. 10. 선고 96누4022 판결등 참조), 다만 여기서 산출세액은 가산세를 제외한 결정세액만을 의미하는 것으로서(대법원 1997. 7. 22. 선고 96누6578 판결참조), 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 법에 규정된 신고, 납부 등 각종 의무를 납세자가 정당한 이유 없이 위반한 경우에 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서의 가산세는 이와 관계없이 부과되는 것이다.
(나) 앞에서 든 각 증거와 갑 제5호증의 3, 4, 갑 제6호증의 1 내지 11, 갑 제9호증, 갑 제10호증, 갑 제12호증의 각 기재 및 증인양우성,전봉옥의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하면 다음 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 을 제3호증의 2의 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다.
① 원고는 1981. 5. 8. 위건영개발주식회사에게 금 5,000,000원을 대여하면서 그 담보를 위하여 같은 달 18. 이 사건 토지에 대하여 소외 채권자들과 함께 원고 및 소외 채권자들 명의의 소유권이전등기청구권보전을 위한 가등기를 경료하였고(대여금 합계액은 41,000,000원이고, 개인별 대여금 채권액수는 위갈현노는 금 15,000,000원, 위박구락은 금 10,000,000원, 위정태인은 금 6,000,000원, 위김시우는 금 3,000,000원, 위이상해는 2,000,000원, 원고는 5,000,000원이다), 그후 1982. 7. 30. 위 대여금채권에 대한 대물변제로서 이 사건 토지에 관하여 위 가등기에 기해 원고 및 소외 채권자들 명의의 소유권이전본등기를 경료하였는데, 위 본등기절차를 일괄하여 위임받은이상해가 그 지분을 대여금채권의 비율에 따르지 아니하고 모두 동일한 1/6 지분씩으로 등기하는 바람에 원고의 이 사건 토지지분이 193.5㎡(1,402㎡ × 1,161/1402 × 1/6)에 이르게 되었다.
② 한편 위전봉옥은 원고 및 소외 채권자들이 위 본등기를 경료하기 이전에 위건영개발주식회사로부터 이 사건 토지를 위건영개발주식회사의 원고 및 소외 채권자들에 대한 금 41,000,000원의 대여금채무를 인수하는 조건으로 매수하였다.
③ 위전봉옥은 이 사건 토지가 자신도 모르는 사이에 원고 및 소외 채권자들에게 이전된 것을 알고 이를 되찾기 위하여 노력한 끝에, 1994. 10. 경 위양우성에게 이 사건 토지를 다시 매수하려고 하는데 이를 중개하여 달라고 부탁하였고, 이 사건 토지 위에 다른 지상물도 있어서 어차피 그 처분이 쉽지 않는 토지이고, 원고 및 소외 채권자들도 위 토지를 대여금채권의 대물변제로 받은 것에 불과하므로 위 대여금채권의 2배에 해당하는 액수를 그 매매대금으로 제시하였는바, 같은 달 말경 위전봉옥과 소외 채권자들 및 원고를 대리하여 나온 원고의 아들김성환사이에 이 사건 토지를 매매대금 82,000,000원으로 정하여 매매하는 내용의 계약이 체결되었고(매매계약서는 일괄하여 1장으로 작성되었다), 위김성환은 같은 해 11. 1. 위 매매대금 중 원고의 지분에 해당하는 금액 즉 원고의 대여금채권액수의 2배인 금 10,000,000원을 받고 토지대금영수 및 각서라는 제목의 서류를 위전봉옥에게 작성하여 주었다(다만 위 토지대금영수 및 각서는 그 작성날짜가 1994. 11 2.로 되어 있으나, 이는 그 당시 지급받은 수표발행일자로 보아 착오로 기재된 것으로 보인다)

④ 그 후 위이상해,김시우,갈현노의 지분에 관하여는 위전봉옥명의의 소유권이전등기 또는 소유권이전등기청구권의 가등기가 이루어졌으나, 위박구락,정태인의 지분에 관하여는 아직 등기이전이 되지 않았으며, 한편 원고는 원고의 대리인인 위김성환이 체결한 위 토지매매계약은 무효라고 하면서 위전봉옥명의로의 소유권이전등기절차를 이행하여 줄 것을 거절하여, 결국부산지방법원 1996. 5. 15. 선고 96가단19303 판결에 따라 1996. 8. 3. 이 사건 토지지분에 관하여 위전봉옥명의의 소유권이전등기가 경료되었다.
(다) 위 인정사실에 의하면 원고는 이 사건 토지를 위건영개발주식회사에 대한 대여금채권 금 5,000,000원에 대한 대물변제로 취득하여 위전봉옥에게 금 10,000,000원에 양도하였으므로 위 실제양도가액 금 10,000,000원은 피고가 기준시가에 의하여 산출한 별지 처분란 기재의 양도차익에 미달되고, 한편 이 사건 토지의 실지거래가액에 의한 양도차익은 금 5,000,000원이 되어, 이는 피고가 기준시가에 의하여 산출한 별지 처분란 기재의 산출세액에 미달됨이 명백하다.
따라서, 피고로서는 이 사건 양도에 따른 양도소득세를 산정함에 있어, 기준시가에 의하여 산출한 양도차익을 실제양도가액의 범위로, 기준시가에 의해 산출한 산출세액을 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위로 제한하여 인정하여야 할 것임에도 불구하고 이에 이르지 아니한 채 양도소득세를 결정하였으므로, 위법하다 할 것이다.
(3) 정당한 세액

기준시가에 의하여 산출한 양도차익이 실제양도가액의 범위를 초과할 수 없고, 산출세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 초과할 수 없으므로, 그와 같은 법리 및 관계법령에 따라 양도소득세액을 다시 산출하면 별지 정당한 세액란 기재와 같이 금 2,479,840원(국고금단수계산법에 의하여 원미만 버림)이 된다.
 
3.  결론

그렇다면 이 사건 과세처분 중 정당한 양도소득세액 금 2,479,840원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 정당하여 이를 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여 주문과 같이 판결한다.