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법인세, 근로소득세(원천분) 부과처분취소

[서울고등법원 2003. 10. 7. 2002누16711 원고일부승]
[수원지방법원 2002. 9. 11. 99구3997 원고일부승]

■ 2심 2002누16711 (선고일자-20031007) 기타

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

000은 00종건을 운영하던 대표사원일 뿐이므로 00종건의 어음결제에 사용된 각 자금만을 000의 근로소득으로 보아야 하며, 이러한 인정사실에 의거 필요경비를 바로잡아 산정한 정당한 세액을 초과하는 근로소득세 원천분을 취소하여야 한다.


【전문】


【주문】

 
1.  제1심 판결 중 다음에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.
피고가 원고에 대하여 한 1999. 9. 21.자 근로소득세 원천분 380,812,750원의 부과처분 중 223,696,550원을 초과하는 부분을 취소한다.
 
2.  원고의 나머지 항소를 기각한다.
 
3.  소송총비용은 이를 5분하여 그 3은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】


 
1.  당원의 심판 범위

이 사건 청구취지 기재 각 부과처분 중 제1심에서 법인세 부과처분에 대하여는 원고의 청구가 받아들여지고, 근로소득세 원천분 부과처분에 대하여는 기각되었는데, 원고만이 그가 패소한 근로소득세 원천분 부과처분에 대하여 항소를 제기하였으므로, 같은 부분만이 이 법원의 심판대상이 된다.
 
2.  처분의 경위

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제8 내지 13호증, 을 제1호증, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4호증, 을 제6호증의 1 내지 7의 각 기재 및 제1심 법원의 대전광역시 동구청장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 
가.  원고의 미기장, 미신고

원고는 부동산매매업 및 임대업 등을 목적으로 1990. 7. 30. 자본금 100,000,000원으로 하여 설립된 법인으로서 1993. 4. 7. 대전 동구소제동 291-7대지 2,825㎡,같은 동 299-607대 37㎡,같은 동 291-1대 838㎡,같은 동 291-8대 3,473㎡,같은 동 291-11대 4,566㎡,같은 동 299-422대 439㎡ 합계 6필지 12,178㎡를한국토지개발공사로부터 3,564,152,550원에 취득하고, 1993. 12. 29.대전광역시 동구청장으로부터 그 중291-8지상에 지하 5층, 지상 9층, 건축연면적 22,727.25㎡의 대형 근린생활시설 건축허가를 받는 등 사업을 벌였고, 1993. 및 1994.에 주주들의 주식이 양도되었음에도, 아무런 장부를 비치기장하지 아니하였으며, 법인세부가가치세 등 일체의 세무신고를 하지 않았다.
 
나.  당초처분

⑴ 그러자 피고는 1996.말경 원고에 대한 세무조사를 벌여, 1997. 2. 15. 원고에게 1994년 귀속 갑종근로소득세 원천분 592,511,540원을 부과하는 처분(이하 ‘당초처분’이라 한다.)을 하였다.
⑵ 당초처분은 피고가 1994. 9. 5.까지 원고의 대표사원이었던이평석의 갑종근로소득으로 1,341,767,869원을 인정한 데 따른 것이었다.즉, ① 원고가 자본금 100,000,000원과 출자자들로부터 차용한 3,500,000,000원 등 합계 3,600,000,000원으로 조성한 위 대전 동구 소제동 소재 6필지의 토지 매수대금 중 위 토지의 취득에 실제 사용한 3,564,152,550원을 제외한 나머지 35,847,450원, ② 원고가 위 토지를 담보로 제공하고이평석이 운영하던주식회사 금성종합건설(이하 ‘금성종건’이라 한다.) 등의 명의로신한은행 수원지점에서 1994. 9. 5.경까지 차용한 합계 1,700,000,000원 중 상환한 800,000,000원을 제외한 나머지 900,000,000원, ③ 위 매수한 6필지의 토지 중 2필지(대전 동구소제동 291-7대 2,825㎡와같은 동 299-607대 37㎡)가 1994. 4. 8. 대전광역시에 수용됨에 따라 받은 보상금 1,052,179,000원 중 차입금 800,000,000원을 변제하고 남은 나머지 252,179,000원, ④ 원고가 1994. 9. 6.금성종건의 명의로신한은행 수원지점에서 차용한 100,000,000원 등 합계 1,288,026,450원(= ① 35,847,450원 + ② 900,000,000원 + ③ 252,179,000원 + ④ 100,000,000원)이 원고의 익금에서 누락되었다고 보아 원고의 익금에 산입하는 한편 이를이평석에 대한 가지급금으로 보고, ⑤ 아울러 위 ①항부터 ③항까지의(④항은이평석의 퇴직일 이후의 것이므로 제외) 금액을 합한 1,188,026,450원의 가지급금에 대한 각 발생일로부터이평석의 대표사원 사퇴일인 1994. 9. 5.까지 무상대여됨에 따른 이자로 53,741,419원을 인정하여 이것 역시이평석의 소득으로 보아(즉 ‘소득처분‘에 의한 인정상여) 총 합계 1,341,767,869원(= 1,288,026,450원 + 53,741,419원)을이평석의 1994년 귀속 갑종근로소득으로 계산한 것이었다.
 
다.  감액경정처분과 재처분

⑴ 위와 같은 당초처분에 대하여 원고가 심판청구를 한 결과, 국세심판소에서이평석에 대한 가지급금을 856,636,280원으로 감축하고 인정이자를 재계산하여 과세표준과 세액을 경정하라는 결정이 내려지자, 피고는 1999. 3. 22.자로 1994년 귀속 근로소득세 원천분을 380,812,750원으로 감액경정하였다.
⑵ 위 근로소득세 원천분에 대한감액경정은 위 가. ⑵에서 본이평석의 근로소득 중, ①항 내지 ③항의 가지급금에서 ②항의 차입금을 1,700,000,000원이 아닌 1,512,500,000원으로 감축하고, 원고가 업무와 관련하여 지출한 취득세, 재산세 및 등록세 합계 213,890,170원을 인정하여 이를 차감한 나머지 합계 786,636,280원(= ① 35,847,450원 + ② 712,500,000원 + ③ 252,179,000원 - 지출 213,890,170원)으로, ④항의 가지급금을 70,000,000원으로, ⑤항의 인정이자로 인한 소득을 14,689,844원으로 각 감액 인정하여 총 근로소득을 합계 871,326,124원(= 786,636,280원 + 70,000,000원 + 14,689,844원)으로 감액한 데 따른 것이었다.
⑶ 그 후 피고는, 1999. 9. 21. 위와 같이 감액경정된 근로소득세 원천분 380,812,755원의 부과처분을 고지절차의 하자를 이유로 직권 취소하고 1999. 9. 27. 같은 금액의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다.)을 다시 하였다.
 
3.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  피고가이평석에 대한 가지급금으로 인정한 금액이 실제로이평석에게 귀속되었는지 여부

⑴법인세법(1980. 12. 13. 법률 제3270호로 개정된 것으로 1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항이 헌법재판소의 위헌결정(헌법재판소 1995. 11. 30. 선고 94헌바14 결정)으로 효력을 상실하였고, 그에 따라같은법 시행령 제94조의2에 근거하여 소득금액을 지급한 것으로 의제하는 ‘소득처분’은 법령상의 근거를 잃게 되었다.따라서 위 위헌무효로 선언된 규정이 적용될 1994년 귀속 갑종근로소득세 원천분의 부과처분인 이 사건 처분 역시 위 규정에 따른 소득처분에 의해서는 적법한 것이 될 수 없고, 그와 별도로 소득세법에 따라 피고가이평석에 대한 소득의 현실적 귀속을 주장입증하여야만 적법하다고 할 것이다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결,1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결각 참조).
피고는 이 사건 처분이 위법인세법 제32조 제5항및같은법 시행령 제94조의2에 근거한 것이 아니라소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 (가)목에 근거한 것이라고 주장하므로, 과연 이 사건 처분에서이평석에게 지급되었다고 인정한 금액들이이평석에게 현실적으로 귀속되었는지 여부를 본다.
⑵ 기초사실

갑 제3호증의 2, 갑 제6호증의 2, 을 제3호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.
㈎ 원고는이평석등 10인이 각자 10,000,000원씩 출자하여 자본금 100,000,000원으로 1990. 7. 30. 설립된 법인이고,이평석은 1993. 3. 3. 나머지 9인의 출자자로부터 33,360,000원의 지분(전체의 33.36%)을 매수하였으며, 같은 해 10. 7.김영일,윤우정으로부터 다시 15,610,000원의 지분(전체의 15.61%)을 매수하여 합계 58,970,000원의 지분(전체의 58.97%)을 보유하다가 1994. 9. 5. 현 대표자박상호의 동생인박상민에게 자신의 전체 지분을 양도하였다.
㈏ 원고는 위 자본금 100,000,000원 및이평석등 일부 출자자들로부터 차용한 3,500,000,000원을 합한 3,600,000,000원으로 1993. 4. 7. 위 대전 동구 소제동 소재 대지 6필지 12,178㎡를 3,564,152,550원에 취득하고 35,847,450원이 남았는데,이평석이 이를 사용하였다.
㈐ 원고는 위 부동산을 담보로 제공하고이평석이 운영하던금성종건의 명의로신한은행 수원지점에서 1994. 9. 5.경까지 합계 1,512,500,000원을 차용하였는데, 그 중 상환한 800,000,000원을 제외한 나머지 712,500,000원 중 200,000,000원은이평석이금성종건의 어음결제에 사용하였고 나머지 512,500,000원은 사외로 유출되었으나 그 귀속자가 분명하지 않다.
㈑ 원고는 1994. 4. 8. 그 소유의 6필지 중 대전 동구소제동 291-7대 2,825㎡와같은 동 299-607대 37㎡ 등 2필지가 대전광역시에 수용됨에 따라 받은 보상금 1,052,179,000원 중 800,000,000원을 원고의 경수투자금융 주식회사에 대한 차입금 변제에 사용하고 나머지 252,179,000원은이평석이금성종건의 어음결제에 사용하였다.
㈒ 원고는 1994. 9. 6.금성종건의 명의로신한은행 수원지점에서 70,000,000원을 대출받았는데, 이것 역시이평석이금성종건의 어음결제에 사용하였다.
㈓ 원고는 1993. 3. 8. 위 토지의 취득세 71,283,050원, 1993. 10. 31. 위 토지의 재산세 14,297,640원, 1994. 4. 7. 위 토지에 대한 등록세 128,309,480원 등 합계 213,890,170원을 납부하여 업무와 관련된 지출을 하였다.
⑶ 소결

위에서 인정한 사실에 의하면,이평석은 원고의 자금 중에서 합계 558,026,450원(= ① 35,847,450원 + ② 200,000,000원 + ③ 252,179,000원 + ④ 70,000,000원)을 사용하였다고 할 것인데, 그 중 ①은 그 사용처가 분명치 않으나 시기나 금액으로 보아 위 ㈓항에서 인정한 지출의 일부로서 원고를 위하여 사용되었다고 봄이 상당하고, 한편 위 ㈐항 중이평석이 사용한 것으로 인정한 ② 200,000,000원을 제외한 나머지 512,500,000원은 그 귀속자가 밝혀지지 않았을 뿐만 아니라이평석은 최대 58.97%의 지분을 가졌던 원고의 대표사원일 뿐 원고를이평석의 일인회사라고 할 수 없는 이상 이것마저이평석에게 현실적으로 귀속되었다고 추정할 수도 없다(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결참조).또한 피고가이평석의 근로소득으로 본 “인정이자” 14,689,844원은법인세법시행령(1994. 12. 23. 대통령령 제14446호로 개정되기 전의 것) 제47조 제1항의 “출자자 등에게 무상 또는 재무부령이 당좌대월이자율보다 낮은 이율로 금전을 대여한 경우에는 당좌대월이자율에 의하여 계산한 이자상당액 또는 이자상당액과의 차액을 익금에 산입한다.”는 규정 및 당시의 “법인세법기본통칙 1-2-7…3(가지급금 등의 처리기준)”에 따라, 피고가 가지급금으로 본 금액에 대하여이평석이 원고의 자금을 사외로 유출한 시점부터 출자자(대표사원)의 자격을 상실한 날까지의 기간 동안 이자가 발생하였다고 의제하는 소득일 뿐이지이평석에게 현실적으로 귀속된 소득이라고 할 수 없으며, 위에서 인정한이평석의 근로소득 이외에 달리이평석에게 현실적으로 귀속된 소득이 있음을 인정할 증거가 없다.따라서이평석이 운영하던금성종건의 어음결제에 각 사용된 ②, ③, ④의 각 자금만이이평석에게 현실적으로 귀속된 금액이라 할 것이므로 결국이평석의 근로소득은 합계 522,179,000원(= ② 200,000,000원 + ③ 252,179,000원 + ④ 70,000,000원)만이 인정된다.
 
나.  피고가이평석에 대한 가지급금으로 인정한 금액 중 실제 원고의 사업에 사용된 금액이 있는지 여부

원고는 위에서 업무관련 지출로 인정된 213,890,170원 이외에도 설계비 480,000,000원을주식회사 SD메타종합건축사무소에 지불하는 등 원고의 업무를 위하여 지출한 금전이 더 있었으므로 이것 역시 위 가지급금에서 공제되어야 한다고 주장한다.그러나 위에서 살핀 바와 같이, 피고가 이 사건 처분에서이평석에 대한 가지급금으로 본 금전 중이평석에게 현실적으로 귀속된 금전만을이평석의 근로소득으로 인정하는 이상 가사 위와 같은 설계비 등이 지출되었다고 하더라도 이를 위에서 인정한이평석의 근로소득에서 공제할 것이 아니므로 위 주장은 더 나아가 살필 필요없이 이유없다.
 
다.  고지절차의 위법이 있는지 여부

⑴ 원천납세자의 기재 누락

원고는 이 사건 처분의 납세고지서에 원천납세의무자인이평석의 성명이 누락되어 납세고지로서의 효력이 없다는 취지의 주장을 하므로 살피건대, 을 제6호증의 4의 기재에 의하면 이 사건 처분의 납세고지서에 원천납세의무자의 기재가 없는 사실은 인정되나, 납세고지서의 법정기재사항은 “과세연도세목세액 및 그 산출근거납부기한납부장소”이고(국세징수법 제9조), 원천납세의무자의 성명은 거기에 포함되어 있지 않으므로 그 흠결로 인하여 이 사건 처분을 위법하다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 을 제12호증의 기재에 의하면 원고는 이 사건 처분전인 1997. 1. 23. 결정전통지서와 그에 첨부된 문서로 조사종결복명서 등을 송달받아 이 사건 처분의 내용을 상세히 알 수 있었다고 할 것이므로, 원고로서는 그에 대한 불복 여부의 결정이나 불복신청 등에 전혀 지장을 받지 않았다고 할 것이고, 따라서 위 흠결은 그로써 보정되었다고 봄이 상당하다.원고의 위 주장은 이유없다.
⑵ 소득금액변동통지의 누락

원고는 다시, 피고가 이 사건 처분에 앞서소득세법시행령(1993. 5. 27. 대통령령 제13896호로 개정된 것) 제198조에 의한 소득금액변동통지를 한 바 없어이평석에게 인정상여의 지급의제가 있지 않으므로 이 사건 처분이 위법하다는 취지의 주장을 하나, 위에서 인정한이평석의 근로소득은, 앞에서 살핀 바와 같이 소득세법에 의한 소득세의 부과일 뿐 법인세법의 소득처분에 따른 부과가 아니므로 소득금액변동통지는 이 사건 처분을 함에 있어 반드시 필요한 절차가 아니다.따라서 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요없이 이유없다.
 
4.  정당한 세액의 계산

위에서 인정한 바에 의하여 필요경비를 바로잡아 원고에게 부과해야 할 정당한 세액을 계산하면 다음 산식과 같이 223,696,550원이 되므로, 이 사건 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하다.
총지급액522,179,000원

기초공제 720,000원

과세표준521,459,000원

세율45%

정당세액223,696,550원

: (521,459,000 - 64,000,000) × 45/100 + 17,840,000 = 223,696,550

 
5.  결 론

그렇다면, 이 사건 처분 중 223,696,550원을 초과하는 부분은 위법하므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유있어 이를 받아들이고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각할 것인바, 이와 일부 결론을 달리한 제1심 판결은 위 인정범위 내에서 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 그에 해당하는 원고 패소부분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

■ 1심 99구3997 (선고일자-20020911) 기타

※ 본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

사업연도 소득에 대한 법인세와 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루는 것이므로 이들을 함께 부과할 시에도 납세고지서에 과세표준, 세율 등을 별도로 밝혀야 한다. 따라서 법인세 등을 감액경정하면서 특별부가세를 별도로 납세고지하지 않은 이상 이는 절차상의 하자로 인해 취소되어야 한다.


【전문】


【주문】

 
1.  피고가 1997. 2. 15. 원고에 대하여 한 법인세 금 62,772,820원(특별부가세 금 57, 871,526원 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.
 
2.  원고의 나머지 청구를 기각한다.
 
3.  소송비용은 이를 7분하여 그 6은 원고, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】


 
1.  기초사실

갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 2, 갑 제4, 5호증, 갑 제6호증의 2, 갑 제7 내지 13호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제4, 5호증, 을 제6호증의 1 내지 7, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1 내지 3, 을 제12호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 사실을 인정할 수 있다.
 
가.  당초 처분

⑴ 피고는 1997. 2. 15. 원고에게 1994년 귀속 갑종근로소득세 원천분 금 592,511,540원과 1994 사업연도분 법인세 금 180,465,740원(특별부가세 포함)을 부과하는 이 사건 처분(이하 ‘근로소득세 부과처분’, ‘법인세등 부과처분’이라고 한다)을 하였다.
⑵ 근로소득세 부과처분은 1994. 9. 5.까지 원고의 대표사원이었던소외 이평석의 갑종근로소득으로 금 1,341,767,869원을 인정한 데 따른 것이었다. 즉, ① 원고가 1993. 4. 7. 매수한 대전 동구소제동의 6필지토지 매수대금 지급 잔액 금 35,847,450원, ② 원고가소외 주식회사 금성종합건설등의 명의로 차입한 금 1,700,000,000원 중 미상환 잔액 금 900,000,000원, ③ 위 ①항의 매수 토지 중 2필지 토지의 수용으로 지급받은 금 1,052,179,000원 중 차입금 800,000,000원을 변제하고 남은 금 252,179,000원, ④ 원고가 1994. 9. 6. 위 주식회사금성종합건설의 명의로 차입한 100,000,000원 등 합계 금 1,288,026,450원을이평석에 대한 가지급금으로 보는 한편, ⑤ 아울러 위 ③항까지의 금액을 합한 금 1,188,026,450원의 가지급금에 대한 인정이자 금 53,741,419원 역시이평석의 소득으로 보아 총 합계 금 1,388,026,450원을이평석의 1994년 귀속 갑종근로소득으로 계산한 것이었다.
⑶ 그리고 법인세등 부과처분은 위와 같은 가지급금과 가지급금에 대한 인정이자 등을 익금에 가산하는 등의 세무조정을 거치고, 위 2필지 수용토지에 대한 특별부가세로 금 74,063,830원을 산출합산하여 산정된 금 180,465,740원을 부과한 것이었다. 다만 그 납세고지서(갑 제4호증)에서는 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세 등을 표시함에 있어 특별부가세 부분을 별도로 표시하지 아니한 채 일괄하여 법인세로만 표시하였다. 부과처분에 앞서 결정전통지서(을 제12호증)를 1997. 1. 23.자로 원고측에 교부하였으나, 거기에도 ‘결정할 내용’이라는 항목에 법인세와 근로소득세 외에 양도소득세라고만 표시되어 있었을 뿐이었고, 그에 첨부된 조사종결복명서 등에도 특별부가세의 과세표준, 세율, 산출세액 등이 구체적으로 정확하게 기재되어 있지 않았다.
 
나.  감액경정처분과 재처분

⑴ 위와 같은 당초처분에 대하여 원고가 심판청구를 한 결과,이평석의 소득금액 중 인정이자 등을 재계산하고, 특별부가세의 양도차익을 재산출하여 과세표준과 세액을 경정하라는 결정이 내려지자, 피고는 1999. 3. 22.자로 1994년 귀속 근로소득세 원천분을 금 380,812,750원으로, 1994사업연도분 법인세를 금 62,772,821원(특별부가세 금 57, 871,526원 포함)으로 각각 감액경정하였다.
⑵ 근로소득세 원천분에 대한감액경정은 위 가. ⑵에서 본이평석의 근로소득 중, ①항 내지 ③항의 가지급금을 합계 금 786,636,280원으로, ④항의 가지급금을 금 70,000, 000원으로, ⑤항의 인정이자로 인한 소득을 금 14,689,844원으로 각각 감액 인정하여 총 근로소득을 합계 금 871,326,124원으로 감액한 데 따른 것이었다.
⑶ 그 후 피고는, 1999. 9. 21. 위와 같이 감액경정된 근로소득세 원천분 금 380,812,755원의 부과처분을 고지절차의 하자를 이유로 직권 취소하고 1999. 9. 27. 같은 금액의 부과처분을 다시 하였다. 반면 법인세등 부과처분에 대하여는 위 감액경정을 유지하고 있으나, 위 감액경정 당시에도 특별부가세에 대한 과세표준과 세율 등을 별도로 고지하지는 아니하였다.
 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

⑴ 국세를 징수하고자 할 때에는 그 국세의 과세연도세목세액 및 그 산출근거납부기한과 납부장소 등을 명시한 고지서를 발부하여야 하는 것으로 규정하고 있는국세징수법 제9조의 규정과 토지등의 양도에 대한 특별부가세에 있어 그 과세표준에 대한 결정경정 및 징수 등에 관하여는 법인세의 과세표준 등에 관한 결정경정 및 징수에 관한 규정을 준용하는 것으로 규정하고 있는법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 법률) 제59조의5등의 규정 내용, 납세고지에 관한 이러한 규정의 취지가 조세법률주의의 대원칙에 따라 처분청으로 하여금 자의를 배제하고 신중하고도 합리적인 처분을 행하게 함으로써 조세행정의 공정성을 기함과 동시에 납세의무자에게 부과처분의 내용을 상세하게 알려서 불복 여부의 결정 및 그 불복신청에 편의를 주려는 데 있는 점(대법원 2001. 6. 12. 선고 2000두7967 판결등 참조), 그리고 사업연도 소득에 대한 법인세와 토지등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루고 있는 것이어서 사업연도 소득에 대한 법인세 부과처분과 토지등의 양도에 대한 특별부가세 부과처분은 어디까지나 별개의 과세처분인 점(대법원 2001. 10. 30. 선고 99두4310 판결등 참조,국세기본법 제2조 제1호에서 특별부가세를 법인세와 별도로 규정하고 있지 아니하나 그렇다고 하여 법인세법상 인정되는 특별부가세가 독립한 세목이 아니라고 할 수 없다)을 모두 고려하면, 특별부가세가 법인세와 함께 부과되는 경우에도 그에 대한 납세고지는 과세표준, 세율 등 세액의 산출 근거를 별도로 명확하게 밝혀 독립적으로 행하여져야 할 것이다. 이러한 관점에서 보면, 피고가 1997. 2. 15.자로 하였다가 1999. 3. 27. 감액경정한 법인세등 부과처분은 우선 특별부가세에 대하여 별도의 납세고지를 하지 아니한 절차상의 하자로 인하여 위법하다고 하지 않을 수 없다.
⑵ 반면 갑 제14 내지 24호증, 갑 제25호증의 1 내지 4, 갑 제26 내지 29호증, 갑 제30호증의 1 내지 9, 갑 제31호증의 1 내지 6, 갑 제32호증의 각 기재로는 앞서 인정한 사실과는 달리 이 사건 처분에서이평석의 가지급금과 인정이자로 인한 소득으로 전제한 금액 중 실제 원고의 사업에 사용된 금액이 있다고 볼 수가 없으므로, 근로소득세 부과처분은 이를 위법하다고 할 수가 없다.
 
3.  결론

그러므로, 원고의 이 사건 청구 중 법인세등 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 그 나머지 근로소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하며, 소송비용은 쌍방이 그 패소비율에 따라 부담하도록 정하여 주문과 같이 판결한다.