【판결요지】

토지에 대한 취득세는 토지취득일로부터 4년 이내에 착공하지 않으면 중과세된다는 사실을 알려주지 못하였다고 하더라도 과세관청에게 어떤 잘못이 있다고 하기 어려우므로, 처분이 형평에 맞지 않는 불공정한 것으로 신의칙에 위반되는 것이라고 할 수도 없다. 따라서 이와 같은 전제에서 한 처분은 적법하다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제21호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.
 
가.  원고는 주택의 건설 공급 등을 목적으로 하는 법인으로서, 아파트를 신축, 분양할 목적으로 1995. 9. 27. 강원 고성군 거진읍송포리 165-1일대의 토지 11,686㎡(이하 이 사건 토지라고 한다)를 7억 원에 취득한 후 1998. 7. 9. 피고로부터 그 중 13필지에 대하여 아파트 3개동 252세대를 건설하는 주택건설사업계획승인을 받았다.
 
나.  피고는, 원고가 주택건설을 목적으로 이 사건 토지를 취득한 날로부터 4년이 경과하도록 정당한 사유 없이 고유업무인 주택의 건설·공급에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 2000. 6. 20. 원고에게 위 취득가액에 지방세법 소정의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 공제한 취득세 67,200,000원 및 농어촌특별세 6,160,000원을 부과, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.
 
2.  처분의 적법 여부

 
가.  당사자들의 주장

피고는 위 처분사유 및 관계법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 이 사건 토지에 아파트단지를 건설하기 위하여 피고에게 주택건설사업 사전결정신청을 하는 등 진지한 노력을 다하였으나, 농지전용허가, 사도설치허가 등 원고가 예상하지 못하였던 피고의 요구사항을 이행하느라고 1998. 7. 9. 비로소 주택건설사업계획승인을 받았고, 1997년 이후의 국가적 외환위기 사태로 인한 사업자금확보의 곤란 및 지역경기 침체로 아파트 건설이 지연될 수밖에 없어 2000. 7. 8.까지 착공연기확인을 받은 후 같은 해 9. 28. 착공신고서를 제출하였으며, 그 외에도 착공이 늦어진 사유로 포병사격장 이전 부지를 찾고, 피고가 요구하는 폭 8m의 사도를 설치하기 위하여 토지를 매입하는데 시간이 소요된 점 등이 있는데, 위와 같은 사정을 참작하면, 원고가 법령상의 유예기간을 넘긴 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것이고, 또한 착공연기와 취득세징수는 모두 동일한 행정관청인 피고가 관할하는 업무임에도 불구하고 이에 대하여 피고가 사전 안내를 제대로 하지 아니하여 원고로 하여금 착공기간을 도과하도록 하였으면서 이에 대한 책임을 원고에게만 부담 지우는 것은 형평에 맞지 않는 불공정한 것으로서 신의칙에 비추어볼 때 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.
 
나.  관계법령

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다)

*제112조

【세율】

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.
② 다음 각호의 1에 해당하는 부동산 등을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다.
 
6.  법인의 비업무용 토지: 법인이 토지를 취득한 후 유예기간 내에 정당한 사유 없이 목적사업에 직접 사용하지 아니하거나 적정기준을 초과하여 소유하고 있는 토지. 이 경우 유예기간·목적사업의 범위·적정기준 및 비업무용에서 제외되는 토지의 기준 등은 대통령령으로 정한다.
*제112조의3

【법인의 비업무용 토지에 대한 세율적용】

법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 제112조 제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.
구 지방세법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 시행령이라 한다)

*제84조의4

【법인의 비업무용 토지의 범위】

① 법 제112조 제2항 제6호의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.
 
1.  법인이 토지를 취득한 날부터 3년(다음 각목에 정하는 토지는 당해 각목에서 정하는 기간을 말하며, 이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다) 내에 정당한 사유 없이 법령 또는 당해 법인의 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무(이하 이 조에서 "목적사업"이라 한다)에 직접 사용하지 아니하는 토지

 
나.  주택의 건설 공급 또는 임대를 목적사업으로 하는 법인이 주택건설을 목적으로 취득한 토지는 4년

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서는 다음 각호의 정하는 바에 의한다.
 
6.  토지를 취득한 후 유예기간 종료일 현재 목적사업에 직접 사용할 건축물의 건축공사를 착공한 때(착공일이 분명하지 아니한 경우에는 착공신고서 제출일을 착공일로 본다)에는 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 본다. 다만, 건축공사에 착공한 후 정당한 사유 없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년(취득 후 1년 이내에 착공한 경우에는 2년)을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(한편, 법인의 비업무용 토지에 관한 위 법 제112조 제2항 제6호, 제112조의3, 시행령 제84조의4의 규정은 위 2000. 12. 29.자 법 및 시행령의 개정으로 모두 삭제되었다)

 
다.  판단

(1) 취득세가 중과되는 법인의 비업무용 토지인지 여부의 판단기준이 되는 시행령 제84조의4 제1항 제1호 소정의 ‘정당한 사유’라 함은, 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다고 할 것이고, 나아가 그 정당 사유의 유무를 판단함에 있어서는, 그 중과세의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령 사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.
(2) 인정사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제7 내지 11 각 호증, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제13호증의 1 내지 4, 갑 제14호증의 1, 2, 갑 제15호증의 1 내지 5, 갑 제16호증의 1, 2, 갑 제17호증, 갑 제18호증, 갑 제19호증의 1, 2, 을 제4호증의 1, 2,을 제5호증, 을 제6호증의 1, 2, 3, 을 제7호증의 1, 2, 3, 을 제8호증의 1, 2, 을 제9호증의 1, 2, 을 제10호증, 을 제11호증, 을 제12호증의 1, 2, 을 제14호증의 1, 2, 3, 4, 을 제15호증의 1, 2, 을 제38호증의 1 내지 6, 을 제39호증, 을 제40호증의 1, 2, 을 제42호증의 1, 2의 각 기재, 당심 증인김연수의 일부 증언(뒤에서 배척하는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 이에 어긋나는 당심 증인김연수의 일부 증언은 믿기 어렵고 달리 반증이 없다.
(가) 원고는 1995. 6. 20. 피고에 대하여 주택건설사업계획(지하 1층, 지상 15층 아파트 3동 206세대) 사전결정을 신청(원고는 당시 사도개설 진입도로는 폭 8m 예정하여 신청하였다)하였고, 이에 대하여 피고가 농지전용허가, 국토이용계획변경 및 사도개설허가 협의를 거쳐 1995. 8. 7. 군부대 사격장을 아파트 착공 이전에 이전하여야 한다는 건축위원회 개최결과와 사도개설 허가 보완시 사전결정하겠다는 내용의 통지를 하였다.
(나) 그런데 원고는 사도개설을 위한 진입도로 편입부지에 대한 사용승낙을 받기 어렵게 되어 그 보완서류 제출연기 신청을 하였다가 더 이상 사용승낙을 받을 수 없게 되자 1996. 10. 17. 피고에 대하여 진입도로 및 건축면적을 변경하여 주택건설사업계획 변경신청을 하였다.
(다) 그 후 원고는 1997. 2. 20. 피고에 대하여 주택건설사업계획 승인신청을 하였으나 사업부지로 편입된 일부 토지 소유자의 사용승낙을 받지 못하여 4회에 걸쳐 보완 연기신청을 하였다가 같은 해 8. 25. 위 승인신청을 취하하였다.
(라) 원고는 다시 1997. 12. 17. 사업내용을 일부 변경한 주택건설사업계획 사전결정을 신청하여 1998. 1. 14. 피고로부터 사전결정 변경결과를 통보받은 후, 같은 해 5. 6. 주택건설사업계획 승인신청을 하여 같은 해 7. 9. 피고로부터 주택건설사업계획승인을 받았다.
(마) 피고는 1998. 7. 9. 원고에게 주택건설사업계획승인을 하여주면서 승인조건 및 권장사항으로 “아파트 부지 인근 군부대 포사격장은 건축물 사용승인 신청시 부지 이전이 완료된 관련 서류를 군부대에 제출” 하도록 통보함으로써 종전에 착공이전까지 포병훈련장 이전하는 문제를 해결하도록 하던 것을 이 사건 건축물 준공검사시까지 해결하도록 완화하였다(갑 제15호증의 3, 을 제34호증의 3).
(바) 1997년 말경 외환위기로 부동산건설경기가 침체에 빠지고 많은 건설업체들이 부도처리되거나 부도위기에 처하였고, 원고는 1999. 7. 7. 아이엠에프(IMF) 경제위기로 인하여 사업자금 확보가 어렵고 지역경기 침체로 인하여 주택분양난조가 예상된다는 이유로 2000. 7. 8.까지 착공연기신청을 하여 피고로부터 확인을 받았으며, 2000. 9. 28. 피고에게 착공신고서를 제출하여 같은 해 10. 12. 착공신고필증을 교부받았다.
(사) 피고 소속 주택계장인김연수는 원고의 위 착공연기신청에 대하여 승인하여 줄 때 취득세 업무는 위김연수의 업무가 아니고 그에 대하여 잘 몰랐기 때문에 토지취득일로부터 4년 이내에 이 사건 토지를 주택건설 목적에 사용하지 않을 경우 취득세가 중과세될 수 있다는 점을 알려주지 못했다.
(3) 판단

위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 법령상의 유예기간이 훨씬 경과하기까지 전혀 공사에 착공조차 하지 아니하고 있던 중 이 사건 처분이 있자 비로소 착공신고를 하기에 이른 것으로 판단되고, 또한 피고가 주택건설사업계획승인에 앞서 사도개설 요구 등 원고에게 보완을 요구한 조건들은 주택건설사업을 위하여 반드시 갖추어야 할 선결요건들인데 원고가 이를 충족시키기 위하여 장기간이 경과되었던 것도 위 인정사실에 나타난 사업진행의 경위에 비추어 볼 때 원고 스스로 사업수행에 이전에 이를 조속히 해결하지 못하였음에 기인한 사정이라고 보이고, 나아가 원고가 1998. 7. 9. 주택건설사업계획승인을 받은 후 건축공사를 착공할 수 있었음에도 착공하지 아니하다가 1999. 7. 7. 금융위기로 인한 자금부족 등을 이유로 착공을 연기신청을 할 수밖에 없었다는 점도 단순한 원고의 내부적인 자금사정이나 수익상의 문제에 불과하다고 할 것이고, 그 외 포병사격장 이전 문제, 진입도로 문제 등 원고가 주장하는 사유들도 이 사건 주택건설사업의 허가요건 내지는 그 이전의 선결문제이거나 건축물 준공시까지 해결하면 되는 문제로서 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적 장애 사유로 보기 어렵고, 위와 같은 사유로 인하여 원고가 법 시행령 소정의 유예기간을 도과하여 이 사건 주택건설사업을 착공하였다고 인정하기에 부족하다.
그리고 원고가 피고로부터 2000. 7. 8.까지 주택건설사업계획 착공연기를 받았다고 하더라도 이는 건축법상의 건축허가취소를 당하지 않기 위한 조치로서 그에 따라 당연히 지방세법과 시행령 소정의 법인의 비업무용토지에 대한 유예기간이 위 연기된 기간까지 연장된다거나 이를 믿고 공사에 착수하지 않은 것이 신뢰보호원칙의 대상이 된다고 할 수도 없고, 또한 착공연기와 취득세징수가 피고가 관할하는 업무이고, 피고 소속 주택계장이 위 제2의 다, (2), (사)항 기재와 같이 착공연기신청을 승인하여 줄 때 자신의 업무범위에 속하지 않는 사항인 토지취득일로부터 4년 이내에 착공하지 않으면 이 사건 토지에 대한 취득세가 중과세된다는 사실을 알려주지 못하였다고 하더라도 피고에게 어떤 잘못이 있다고 하기 어려우므로, 이 사건 처분이 형평에 맞지 않는 불공정한 것으로 신의칙에 위반되는 것이라고 할 수도 없다.
따라서 이러한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지의 취득 후 4년의 유예기간 내에 이 사건 토지를 그 고유목적인 주택건설에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없고, 이 사건에 나타난 모든 증거를 종합하더라도 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.
 
3.  결론

그렇다면 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

토지의 취득 후 4년의 유예기간 내에 토지를 고유목적인 주택건설에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 이와 같은 전제에서 한 처분은 적법하다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고의 부담으로 한다.

【이유】

 
1.  처분의 경위

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 7호증의 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.
 
가.  원고는 골프장업, 관광숙박업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 안성시 고삼면가유리 650외 토지(이하 이 사건 토지라 한다)에 18홀 규모의 회원제 골프장(신안컨트리클럽, 이하 이 사건 골프장이라 한다)을 준공하여, 1999. 2. 12. 회원제골프장업 등록을 하고, 같은 해 3. 11. 피고에게 그에 관한 취득세 금 5,002,853,230원, 농어촌특별세 금 500,285,310원 합계 금 5,503,138,540원을 신고하면서 위 취득세의 납부기한을 연장신청하여 피고로부터 1999. 6. 14.까지 이를 납부하도록 하는 연장승인을 받았다.
 
나.  그런데, 피고가 1999. 5. 3.부터 1999. 5. 8.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하여 원고가 골프장 조성 공사비 등을 일부 누락 신고한 사실을 확인하자, 원고는 1999. 6. 14. 피고에게 위 누락신고한 가액인 금 4,336,030,905원에지방세법 제112조 제1항및제2항의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 금 454,952,310원, 농어촌특별세 금 45,495,270원, 합계 금 500,447,580원을 추가로 신고하면서, 이미 납기연장된 세액을 합한 취득세 5,457,805,540원, 농어촌특별세 545,780,580원, 합계 6,003,586,120원을 신고ㆍ납부하였다.
 
다.  원고가 그 후 1999. 9. 27. 이의 신청기관인경기도지사에 위 신고ㆍ납부에 대하여 이의신청을 제기하자,경기도지사는 1999. 11. 1. 원고에 대하여 이 사건 골프장의 취득 비용 중 조명타워, 옥외피뢰침, CCTV설치비용 합계 금 2,006,086,695원은 과세대상에서 제외하는 것이 합당하다고 보아 취득세를 금 5,257,196,910원, 농어촌특별세를 금 525,719,730원, 합계 5,782,916,640원으로 감액 경정하였다(위 1999. 6. 14.자 부과처분 중 감액경정되고 남은 취득세 금 5,257,196,910원, 농어촌특별세 금 525,719,730원의 부과처분을 이하 이 사건 처분이라 한다).
 
2.  본안전항변에 대한 판단

 
가.  피고는 이 사건 소에 대하여, 원고는 취득세 등을 자진신고, 납부하였을 뿐이고, 피고가 취득세 등을 부과처분한 사실이 없으므로 부과처분이 있음을 전제로 부과처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하다는 취지로 본안전 항변을 한다.
 
나.  그러므로 살피건대,지방세법 제72조 제1항 및제78조 제2항은 “이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다.)”에 대하여는 이의신청 및 심사청구를 거쳐 행정소송을 제기할 수 있다고 규정하고 있으므로, 원고의 위와 같은 취득세 등의 자진신고납부행위도 행정소송의 대상이 될 수 있다고 할 것이므로 피고의 본안전 항변은 받아들일 수 없다.
 
3.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  관계법령

○ 지방세법(1999. 12. 28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다)

제111조 (과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.
③ 건축물을 증축한 경우 또는 건축물의 개축과 대통령령이 정하는 선박 교량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그 증축에 소요되는 금액 또는 개축과 종류변경이나 지목변경으로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우에 있어서 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 부당하다고 인정되는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 의한다.
제112조 (세율)

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 년부금액의 1,000분의 20으로 한다.
② 다음 각호의 1에 해당하는 부동산 등을 취득하는 경우(별장 등을 구분하여 그 일부를 취득하는 경우를 포함한다)의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 500으로 한다. 이 경우 골프장은 그 시설을 갖추어 체육시설의설치 이용에관한법률의 규정에 의하여 체육시설업의 등록을 하는 때(시설을 증설하여 변경등록하는 때를 포함한다)에 한하며, 별장 고급오락장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 그 부속토지로 본다.
 
2.  골프장 : 체육시설의설치 이용에관한법률의 규정에 의한 회원제골프장용 부동산중 구분등록의 대상이 되는 토지와 건축물

제112조의2 (세율적용)

① 토지나 건축물을 취득한 후 5년이내에 당해 토지나 건축물이 제112조제2항의 규정에 의한 별장 골프장 고급주택 또는 고급오락장이거나 제112조제3항의 규정에 의한 본점 또는 주사무소의 사업용부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)이 되거나 동조동항의 규정에 의한 공장의 신설 또는 증설용 부동산이 된 때에는 동조동항의 규정에 의한 세률을 적용하여 취득세를 추징한다. 다만, 2001년 12월 31일까지 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업의 공장 신설 또는 증설용 부동산(동법에 의한 외국인투자비률에 해당하는 부동산에 한한다)이 된 때에는 그러하지 아니하다.
○ 법 시행령

제82조 (토지의 지목변경에 대한 과세표준액)

법 제111조제3항의 규정에 의한 토지의 지목 변경으로 인하여 증가한 가액은 토지의 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로 하여 지목변경전의 시가표준액과 지목변경후의 시가표준의 차액으로 한다. 다만, 제82조의2의 규정에 의한 판결문 법인장부에 의하여 지목변경에 소요된 비용이 입증되는 경우에는 그 비용으로 한다.
제82조의2 (취득가격의 입증등)

① 법 제111조제5항제3호에서 "판결문 법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.
 
1.  판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해 포기 인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다)

 
2.  법인장부 : 법인이 작성한 원장 보조장 출납전표 결산서

제82조의3 (취득가격의 범위)

① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 법인세법 제16조제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접 간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
 
나.  당사자의 주장

피고가 위 처분사유와 관계법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장하면서 이 사건 처분 중 취득세 금 3,137,932,650원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 금 255,796,475원을 초과하는 부분의 취소를 구한다.
첫째, 원고는 이 사건 골프장 준공 5년 전에 이미 이 사건 토지에 농지전용금, 대체조림비, 분묘이전비 등 합계 금 1,104,249,075원을 지출하였는바, 위 금원은지방세법 제112조의 2규정에 의하여 골프장 취득비용에 해당하지 아니하여 일반 세율에 따라 과세되어야 하므로, 이에 대한 취득세 차액 금 88,339,920원 부과처분 부분은 취소되어야 한다.
둘째, 골프장용 토지의 경우지방세법 제112조의2규정에 의하여 취득후로부터 5년이 경과한 후에 골프장이 완성되는 경우 토지 그 자체의 취득의 경우에는 일반 세율이 적용되고, 취득세 중과세 대상이 되지 아니함에도, 골프장을 신축하기 위하여 지출된 비용의 경우에는 5년전에 지출된 경우에도 모두 골프장 취득비용으로서 중과세 대상이 되는 것은 부당하므로, 취득일 이후 5년이 경과한 토지에 대한 골프장 조성 비용인 금 26,313,276,077원은 취득세 중과세 대상에서 제외되어야 하고, 그와 관련된 차액인 취득세 금 2,105,062,080원과 농어촌특별세 금 231,987,280원의 부과 처분 부분은 취소되어야 한다.
셋째, 피고가 클럽하우스 주위의 조경을 위하여 식재한 고가 입목 식재비용 금 1,580,886,190원에 대하여도 중과세율을 적용하여 이 사건 처분을 하였으나, 민법 등 현행법 체계상 입목 자체는 엄연히 토지나 건물과 구분되는 별개의 물건으로서 토지나 건물의 소유권에 흡수되는 것이 아니고, 또 현행 지방세법도 입목을 토지 건물과 구분되는 별개의 과세객체로 명정하고 있으며, 나아가 그에 대하여는 중과세율을 적용하지 아니하도록 명백히 규정하고 있으므로, 피고의 이 사건 처분 중 위 입목구입 및 식재비에 대하여 일반세율을 적용하여야 할 것임에도 중과세율을 적용한 부분은 위법하다는 취지로 주장한다.
 
다.  판단

(1) 첫째, 둘째 주장에 관한 판단

법 제111조 제3항,제112조 제2항,제112조의2 제1항,법 시행령 제82조,제84조의3 제1항 제1호의2각 규정에 의하면, 골프장 조성에 따른 토지의 지목변경에 의한 간주취득의 시기는 전 답 임야에 대한 산림훼손(임목의 벌채 등), 형질변경(절토, 성토, 벽공사 등), 농지전용 등의 공사뿐만 아니라 잔디의 파종 및 식재, 수목의 이식, 조경작업 등과 같은 골프장으로서의 효용에 공하는 모든 공사를 완료하여 골프장 조성공사가 준공됨으로써 체육용지로 지목변경이 되는 때이므로, 토목공사는 물론 잔디 파종 및 식재비용, 임목의 이식비용 등 골프장 조성에 들인 비용은 모두 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용으로서 지목변경에 의한 간주취득의 과세표준에 포함되고, 또한 중과세율이 적용되어야 한다고 할 것이다(대법원 2001. 7. 27. 선고 99두9919 판결등 참조).
이 사건에 관하여 보건대, 갑 제15호증의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고의 주장과 같이 원고가 이 사건 골프장의 등록일로부터 5년 전에 이미 이 사건 토지에 농지전용금, 대체조림비, 분묘이전비 등 합계 금 1,104,249,075원을 지출한 사실, 또한 이 사건 토지 중 원고가 취득일 이후 5년이 경과한 토지분에 대하여 투입한 골프장 조성 비용이 금 26,313,276,077원에 달하는 사실, 원고는 이 사건 토지 중 취득일 이후 5년이 경과한 토지의 취득비용에 대하여는 피고에게 일반 세율에 따른 취득세를 납부한 사실을 각 인정할 수 있다.
그러나, 골프장 취득세 중과세의 경우 임야를 취득하여 골프장 조성을 위한 공사를 한 후 체육시설의설치이용에관한법률의 규정에 의하여 체육시설업 등록을 하는 때에 비로서 취득세 중과세 의무가 발생하고, 이 경우 과세표준은 골프장 조성을 위하여 취득한 토지의 취득가액과 토지 취득후 골프장 조성을 위하여 투입된 지목변경 비용이 과세표준이 된다고 할 것이며, 그 중 지목변경에 소요된 비용의 경우 사실상 지목변경일이 취득일(간주취득일)이 된다고 할 것인바, 따라서 지목변경 비용에 대한 취득세는 지목변경일 이후 과세시효기간인 5년이 경과하지 아니한 경우법 제112조의 2규정과는 무관하게 추징할 수 있는 것으로, 원고의 주장과 같이법 제112조의 2규정에 의한 5년 경과 여부에 따라 중과세 여부가 결정된다고 볼 수는 없으므로, 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다(이와 같이 해석하는 경우 5년이 경과한 골프장용 토지에 일반 세율에 따른 취득세율이 적용되는 것과 차이가 있으나, 이는 법 및 법 시행령의 규정에 따른 것으로 부당하다고 보이지 아니한다).
따라서, 이와 다른 견해의 원고의 첫째, 둘째 주장은 이유 없다고 하겠다.
(2) 세 번째 주장에 관한 판단

법 제112조 제2항은 대통령령이 정하는 골프장의 취득을 취득세 중과의 대상으로 정하고 있고, 그 위임을 받은법 시행령 제84조의3 제1항 제1호의2는 골프장은 “회원제골프장용 부동산으로서 체육시설의설치이용에관한법률시행령 제4조 제2항의 규정에 의한 등록대상이 되는 모든 토지와 건축물”을 말한다고 규정하고 있으므로, 골프장 조성에 따른 토지의 지목변경에 의한 간주취득의 경우에 있어서 골프장 조성에 들인 비용은 당연히 취득세의 과세표준이 되고 골프장용 토지의 취득을 위한 것으로서 중과세율이 적용되어야 하고(대법원 1990. 7. 13. 선고 89누5638 판결,1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결등 참조), 골프장조성을 위하여 임목을 식재하였다고 하더라도 원래 미등기의 수목 또는 임목은 토지의 구성부분이 되어 토지의 일부분이 됨에 그치는 것이므로(대법원 1976. 11. 24.자 76마275 결정참조), 비록 그 수목 또는 임목이 지방세법상 별도의 취득세 과세대상물건에 해당한다 하더라도, 그 구입 및 식재비용은 원칙적으로 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용으로서 지목변경에 의한 간주취득의 과세표준에 포함되고, 이 또한 골프장용 토지의 취득을 위한 것이므로 중과세율이 적용되어야 할 것이다(대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결참조).
다만 골프장의 조성을 위하여 골프장용토지에 식재된 임목이 입목에관한법률 제2조에 의하여 등기된 수목의 집단으로서 “입목”에 해당하는 경우에는 지방세법상 별개의 취득세 과세대상물건에 해당할 뿐만 아니라 토지의 구성부분을 이루지 아니하여 사법상 별개의 물건으로 취급되고, 그 가액 또한 토지에 대한 유익비가 될 수 없으므로 그 입목의 가액을 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용으로 볼 수 없어, 이를구 지방세법시행령 제84조의3 제1항 제1호의2소정의 취득세 중과 대상인 골프장용 “토지”의 취득을 위한 것이라고 하여 중과세율을 적용함은 조세법의 해석, 적용에 요구되는 엄격해석의 원칙에 합치하지 아니한 확대해석으로 허용될 수 없다 할 것이므로, 원고가 주장하는 입목의 식재 비용 금 1,580,886,190원이입목에관한법률제2조에 의하여 등기된 수목의 집단으로서 “입목”에 관하여 투입된 것인가에 관하여 살피건대, 원고 스스로 골프장에 식재된 수목에 관하여는 위 법률 소정의 입목 등기를 한 바는 없음을 자인하고 있는 이 사건에 있어서, 결국 위 비용은 위 법률에서 말하는 입목에 투입된 것은 아니라 할 것이고, 따라서 위 구입 및 식재비용 등은 토지의 지목변경으로 인한 가액증가에 소요된 비용에 해당된다고 할 것이므로 이는 지목변경에 의한 간주취득의 과세표준에 포함되어 그에 관하여 중과세율을 적용한 피고의 이 사건 처분은 적법하다 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.
 
4.  결론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법한 것임을 전제로 하여 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.