【판결요지】

상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각한다.

【전문】

【주문】

 
1.  상고를 기각한다.
 
2.  상고비용은 피고가 부담한다.

【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나,상고인의 상고이유에 관한 주장은「상고심절차에 관한 특례법」제4조에 해당하여 이유 없음이 명백하므로,위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여,관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【판결요지】

지특법 제14조, 제178조에 따른 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되며, 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의해 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 감면하는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 함. 이와 같은 법리에 따르면 납세의무자가 유예기간 내에 감면 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되므로 추징처분은 취소되어야 함.

【전문】

【주문】

 
1.  제1심판결을 취소한다.
 
2.  피고가 2019. 12. 10. 원고에게 한 취득세 137,402,030원, 지방교육세 11,895,100원, 농어촌특별세 5,947,540원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
 
3.  소송총비용은 피고가 부담한다.

【이유】

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는 조합원의 경제적,사회적,문화적 지위를 향상시킬 목적으로 설립된 법인으로서,○○시 서후면 대두서리1070-6일원에 도시계획시설(도축장,시장)인‘○○축협 축산물종합유통센터’(이하‘이 사건 센터’라 한다)를 건립하는 사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)의 시행자이다.
 
나. 피고는2018. 1. 11.이 사건 사업에 관하여‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’(이하‘국토계획법’이라 한다)제30조,같은 법 시행령 제25조에 따라 도시관리계획결정(변경)을 하고,이를 고시하였다(○○시 고시 제2018-7호).
피고는2018. 3. 26.이 사건 사업의 시행자로‘원고’를 지정하고,이를 고시하였다(○○시 고시 제2018-39호).이 사건 사업의 주요 내용은 아래와 같다.

사업시행지의 위치: ○○시 서후면 대두서리 1070-6 외 39필지 사업의 종류 및 명칭 ○ 종류: 도시계획시설(도축장, 시장) 사업 ○ 명칭: ○○축협 축산물종합유통센터 건립공사 3. 사업의 면적 및 규모 ○ 사업시행면적: 49,393㎡ ○ 사업시행규모 - 시설규모 본동: 도축장 및 공판장(지하 1층 / 지상 2층) 11,475.63㎡ 부속동: 소독터널(2개소) 53.62㎡, 세차장 210㎡, 경비실(2개소) 68㎡ 기타시설: 폐수처리장(지하 1층 / 지상 1층) 505㎡ - 사업비: 약 391.5억 원

 
다. 원고는 이 사건 사업을 추진하기 위하여, 2018. 6. 7.○○시로부터○○시 풍산읍○○리○○하천4,150㎡외26필지 합계48,592㎡(이하‘이 사건 각 토지’라 한다)를3,391,721,600원에 매수하였고, 2018. 6. 8.위 각 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
 
라. 원고는 피고로부터 이 사건 각 토지의 취득과 관련하여,구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제14조 제3항에 따른’고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산‘이라는 이유로 구 지방세법(2019. 8. 27.법률 제16568호로 개정되기 전의 것,이하 같다)에서 정한 취득세 등을 감면받았다.
 
마. 그런데 피고는2019. 10. 31.원고에게, “원고가 정당한 사유 없이 이 사건 각 토지의 취득일로부터1년(이하‘유예기간’이라 한다)이 경과할 때까지 위 각 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다”라는 이유로,구 지방세특례제한법 제178조에 따라 감면된 취득세를 추징할 수 있다는 취지의‘지방세 과세예고 통지’를 하였다.
피고는2019. 12. 10.원고에게,위와 같은 이유로 감면된 지방세인 취득세137,402,030원,지방교육세11,895,100원,농어촌특별세5,947,540원 합계155,244,670원을 부과 및 고지하였다(이하‘이 사건 처분’이라 하다).
 
바. 원고는2020. 3. 4.조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기하였으나, 2020. 5. 26.조세심판원으로부터 심판청구 기각결정을 고지받았다.
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1, 7내지11호증,을 제1호증의 각 기재(각 가지번호 포함,이하 같다),변론 전체의 취지

 
2. 이 사건 처분의 적법 여부

 
가. 원고의 주장

원고는 이 사건 사업과 관련하여 농협중앙회 고정투자심의위원회의 고정투자심의 및 승인,실시계획인가 및 그 과정에서의 관계 행정기관의 장과 협의,농협중앙회의 권고에 따른 설계 재검토,이 사건 각 토지에서 영농을 하는 농민들과의 보상 등 문제로 시간이 지연되어 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 고유업무에 사용하지 못하였다.특히 상수공급문제 및 폐수처리문제에 관하여 피고는 도시관리계획결정 단계에서부터 아무런 대책이 없었고,원고에게 이러한 문제를 사전에 알려주지 않는 등 피고의 책임으로 인해 지연되었다.따라서 원고는 이 사건 사업과 관련하여 위와 같은 문제들을 해결하고,이 사건 각 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다한 이상,구 지방세특례제한법 제178조에 따라 원고에게는 위 각 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데에‘정당한 사유’가 있다고 할 것이므로,이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
 
나. 관계 법령

별지’관계 법령‘기재와 같다.
 
다. 판단

1)관련 법리

구 지방세특례제한법 제14조,제178조에서 정하고 있는‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다.그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서,부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결,대법원1996. 1. 26.선고95누13104판결 등 참조).
2)구체적 판단

가)위 인정사실 및 갑 제20, 61, 70호증의 각 기재,변론 전체의 취지에 의하면,①원고는2018. 6. 8.이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳤는데,그로부터 유예기간인1년이 경과한 이후인2019. 6. 24.피고에게 이 사건 사업에 관한 실시계획인가를 신청한 사실,②피고는2020. 1. 23.위 사업에 관한 실시계획을 인가하고 이를 고시한 사실(○○시 고시 제2020-17호,이하‘이 사건 실시계획인가’라 한다),③원고는 피고에게 이 사건 센터의 신축을 위한 건축착공신고를 하여, 2021. 6. 28.피고로부터 위 착공신고에 대한 수리처분을 받았고,그 후 이 사건 사업에 관한 건축공사를 시행하게 된 사실,④이처럼 원고는 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 고유업무에 직접 사용하지는 못한 사실이 인정된다.
나)그러나 위 인정사실,인용증거들,갑 제2내지6, 12내지17, 20내지42, 54내지61, 64내지66, 69내지74호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 아래와 같이 알 수 있는,이 사건 사업의 규모 및 그 추진 경위,위 사업과 관련한 고정투자심의 과정,이 사건 실시계획인가와 관련한 상수공급방안 논의 과정,소규모환경영향평가와 관련한 오·폐수 처리방안 논의 과정,이 사건 각 토지를 인도받게 되는 과정 등을 종합적으로 고려하여 보면,원고는 이를 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나,적절한 시간적인 여유가 없거나 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 그 유예기간을 넘기게 되었으므로,구 지방세특례제한법 제178조에서 정한‘정당한 사유’가 있는 경우에 해당한다고 할 것이다.
따라서 원고의 주장은 이유 있으므로,이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
①이 사건 사업은 그 예상 사업비가 약391.5억 원에 이르고 그 사업시행면적도49,393㎡,이 사건 센터의 본동 신축 규모도11,475,63㎡에 이를 뿐만 아니라,그 사업의 진행을 위하여 도시계획결정,소규모환경영향평가,실시계획인가 등 여러 가지 단계적 행정절차 및 그 과정에서 관계 행정기관의 장과의 협의·협조 등이 필수적으로 요구되는 사업이다.
②원래 이 사건 사업은 당시○○시장의 선거공약사업이었다.이에○○시는2017. 2. 15.○○도시관리계획시설(도축장)결정(변경)연구용역을 시행하였고,같은 날○○도시관리계획시설(도축장)결정(변경)에 따른 소규모환경영향평가 용역을 시행하였으며, 2017. 5. 18.○○축산물공판장 사업시행 대상자 선정 연구용역을 시행하였고, 2017. 8. 11.○○시의회 의원,원고를 포함한 기관단체,용역업체 등이 참석한 자리에서, ‘도축장 시설현대화로 축산산업을 지역경제 거점으로 육성’하기 위한 위 각 연구용역의 보고회를 개최하였다.또한○○시는 이 사건 사업에 대한 도시관리계획결정(변경)및 사업시행자 지정 이전인2017. 11. 10.원고에게, “연구용역 결과 이 사건 사업은 원고가 운영하는 것이 가장 타당하니,원고 조합장은 사업 추진을 위한 각종 사안에 대하여 사전준비 등에 적극 노력하여 신속한 사업추진이 이행될 수 있도록 조치하여 달라”는 내용의 공문을 보냈고(갑 제6호증), 2018. 2. 28.원고에게, “이 사건 각 토지는○○시 소유로2018. 12. 31.까지 대부경작 중이므로 대부기간 종료 후에 이 사건 사업을 추진하여야 하나,대부경작자가 스스로 대부를 포기할 경우 부지매각 등 사업추진 가능함.대부포기서가 제출될 경우○○시에서는‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률’에 따라 영농손실 보상비 및 지장물 보상비를 지급하여야 하나,측량 등 각종 예산확보 등의 절차 이행에만 수개월이 소요됨.인근 시군의 동향 등 이 사건 사업의 조기 추진이 절실히 요구되는 현 시점에서 원고가 이 사건 사업에 적극 개입하여 대부경작자에 대한 선 보상으로 대부계약이 해지되면,사업시행자 지정 및 부지매각이 신속히 추진될 수 있으므로 적극 협조 바람”이라는 내용의 공문을 보냈다(갑 제74호증).
위와 같이 이 사건 사업은 당초 원고가 주도적으로 추진한 사업이 아니라,○○시로부터 시장의 선거공약사업을 빨리 추진하도록 의뢰받아 시행하게 된 결과,사업을 제대로 진행하기 위한 준비가 부족한 상태에서 시행되었다.이러한 사태를 초래한 피고가 원고에 대하여 그 유예기간을 경과하게 된 모든 책임을 묻기는 어려워 보인다.
③원고는 위와 같은 피고의 의사에 따라,이 사건 사업의 사업시행자로 지정되거나 이 사건 각 토지를 취득하기 이전인2018. 2.경 이 사건 각 토지의 대부계약자들(손○○,손○○,권○○,손○○,김○○,김○○)과‘영농손실 및 지장물 보상금 산정기준,지급시기’등에 관하여‘축산물종합유통센터 대상부지 보상 관련 계약’을 체결하기도 하고(갑 제54내지57호증), 2018. 3. 14.농협중앙회에‘회원조합지도·지원규정’에 따른‘고정투자심의 요청’을 하기도 하였다(이 사건 사업의 사업비는 약391.5억 원으로 위 규정 제40조 제1항에 따라 농협중앙회에 심의를 신청하여야 한다)(갑 제12, 13호증).
④위와 같이 원고가2018. 3. 14.농협중앙회에 이 사건 사업에 관하여 고정투자심의 요청을 하였음에도,농협중앙회에서는 그로부터6개월이 경과한2018. 9. 20.원고에게 보완자료를 요청하였다.이후 원고는 그 다음날인2018. 9. 21.농협중앙회에게 위 보완자료를 제출하였고,농협중앙회는2018. 10. 16.회원조합 고정투자심의회를 개최한 다음, 2018. 10. 17.원고에게‘고정투자심의 요청을 조건부로 승인하였다[승인조건:원고의 자기자본 확대(205억4,000만 원)]’라는 취지의 통보를 하였다(갑 제14내지16호증).이에 원고는 위와 같은 거액의 자금조달 방안에 대한 내부 논의를 거쳐, 2019. 4. 4.경 비로소 출자금 추가 조성,제적립금 확대,고정자산 처분 등으로226억1,300만 원 규모의 자금을 조성하는 내용의 재무구조 개선계획을 수립하게 되었다(갑 제17호증).
⑤이 사건 실시계획인가와 관련하여,원고와 피고는2019. 1.경부터 이 사건 사업에 필요한 상수공급방안에 관하여 논의하였고,그 논의결과 기존에 운행중지 중인 풍산안교배수지 시설을 보완하여 사용하기로 하였다.이에 피고는2019. 10. 28.최종적으로 원고에게“용상1정수장,용상2정수장,풍산안교배수지(운○○)로부터 용수(상수)공급이 가능하고,기존 배수지(운○○) V(부피)=1,080㎥,상수도관로(D150) L(길이)=3.5㎞에 대하여 시설개량 또는 신설하여 공급받도록 계획되어 있으므로,○○시 상수도원인자부담금 조례 제4조 제1항에 따른 원인자부담금을 납부할 경우 상수도 수돗물 공급이 가능하다”는 내용의 공문을 보냈다(갑 제25호증).이후 원고의 이의제기에 따라 피고는2020. 2. 21.원고에게 이 사건 사업이 농업협동조합법 제2조에 따른 지역축산업협동조합에서 시행하는 사업이므로 위 법 제8조에 따라 위 원인자부담금이 면제된다는 내용의 공문을 보냈다.
원고는 위 최종적인 상수공급방안이 마련되기 이전인2019. 5. 10.이미 주식회사○○이앤씨와 이 사건 사업에 관한‘상수공급 배수관 부설공사 설계용역’계약을 체결하였고,피고로부터 위2019. 10. 28.자 공문을 받은 다음 약1달밖에 경과하지 아니한2019. 11. 29.경부터 상수공급 배수관로 부설공사 및 배수지개량공사를 시행하게 되었다(갑 제27호증).
⑥원고의2019. 6. 24.자 이 사건 실시계획인가 신청에 따라,피고는2019. 7. 1.대구지방환경청장에게 위 실시계획인가에 따른 소규모환경영향평가에 대한 업무협의를 하였고,대구지방환경청장은2019. 8. 13.피고에게‘하수처리장 추가 증설 및 오·폐수1차 처리 후 연계처리 등 다양한 방안을 고려한 공공하수처리시설로의 오·폐수 연계처리계획 수립 방안’등에 대하여 보완을 요청하였다.
원고와 피고 등은 위와 같은 보완요청에 대하여 업무협의 등 논의를 한 결과, 2019. 11.경 오·폐수 처리계획을‘낙동강 직방류 방안’에서‘풍산공공하수처리장의 처리용량을 증설(3,000㎥/일→4,000㎥/일)하여 풍산공공하수처리장에서 연계하여 처리하는 방안’으로 최종적으로 변경하기로 하였다.대구지방환경청도2019. 12. 10.위 오·폐수처리계획(변경)방안에 대하여 동의하였고,이에 원고는2020. 2. 17.대구지방환경청장에게 위 오·폐수 처리계획(변경)방안을 반영한 반영결과를 제출하게 되었다(갑 제42호증의1내지3).
이에 따라 피고는2020. 1. 23.이 사건 사업에 관한 실시계획을 인가하고 이를 고시하게 되었다.
⑦앞서 본 바와 같이,원고는2018. 2.경 이 사건 각 토지의 대부계약자들과‘영농손실 및 지장물 보상금 산정기준,지급시기’등에 관하여‘축산물종합유통센터 대상부지 보상 관련 계약’을 체결하였고, 2018. 4.경 위 대부계약자들에게 영농손실보상금을 지급하였다.그런데 이후 원고와 위 대부계약자들 사이에 지장물보상금 액수와 관련하여 분쟁이 발생하면서,위 대부계약자들은 원고에게 이 사건 각 토지의 인도를 거부하게 되었다.이에 원고는2019. 4. 2.위 대부계약자들을 상대로 토지인도 청구소송을 제기하여, 2020. 12. 9.대구지방법원○○지원으로부터“지장물보상금을 지급받음과 동시에 이 사건 각 토지를 인도하라”는 내용의 판결을 선고받았다[대구지방법원○○지원2019가단20993(본소), 2019가단22159(반소)](갑 제72호증).위 대부계약자들이 위 판결에 불복하여 항소심 소송계속 중인2021. 3.경 원고와 위 대부계약자들은“위 대부계약자들이 원고로부터 위 판결에서 지급을 명한 금액을 지급받으면,원고에게 이 사건 각 토지를 인도하기로 한다.다만 원고는 최종적인 판결결과에 따라 추가적인 금전보상의무가 인정되면 이를 지급하기로 한다”라는 내용으로 서로 합의하였다(갑 제64호증 내지 제65호증의5).원고는 위 대부계약자들로부터 이 사건 각 토지를 인도받은 무렵인2021. 3. 17.비로소○○환경과‘이 사건 사업부지 내 석면 철거공사’에 관한 도급계약을 체결하고,같은 날○○환경산업 주식회사와‘이 사건 사업부지 내 지장물 철거공사’에 관한 도급계약을 체결하여 위 사업부지 내 지장물에 대한 구체적인 철거작업을 시행하게 되었다.또한 원고는2021. 5. 11.○○개발 주식회사와‘이 사건 센터 신축공사’에 관한 도급계약(도급금액: 373억9,000만 원)을 체결하고, 2021. 6. 28.피고로부터 위 신축공사에 대한 건축착공신고의 수리처분을 받은 다음,위 신축공사를 시행하게 되었다.
 
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로,이를 취소하고 이 사건 각 처분을 모두 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 법은 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함을 목적으로 한다.
제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면)

①농업협동조합중앙회,수산업협동조합중앙회,산림조합중앙회가 구매ㆍ판매 사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하는 다음 각 호의 부동산(「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」제70조제1항에 따른 유통자회사에 농수산물 유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의100분의25를,과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의100분의25를 각각2020년12월31일까지 경감한다.
 
1. 구매ㆍ판매ㆍ보관ㆍ가공ㆍ무역 사업용 토지와 건축물

 
2. 생산 및 검사 사업용 토지와 건축물

 
3. 농어민 교육시설용 토지와 건축물

②농업협동조합중앙회,수산업협동조합중앙회,산림조합중앙회,엽연초생산협동조합중앙회가 회원의 교육ㆍ지도ㆍ지원 사업과 공동이용시설사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세의100분의25를2016년12월31일까지 경감한다.
③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다)및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를,과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각2020년12월31일까지 면제한다.
④ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합,「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합 및 엽연초생산협동조합에 대하여는2014년12월31일까지 주민세 재산분 및 종업원분의100분의50을 경감한다.
⑤제3항 및 제4항에서 정하는 각 조합들의 중앙회에 대해서는 해당 감면 규정을 적용하지 아니한다.
제178조(감면된 취득세의 추징)

①부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
 
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

 
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

■구 지방세법(2019. 8. 27.법률 제16568호로 개정되기 전의 것)

제7조(납세의무자 등)

①취득세는 부동산,차량,기계장비,항공기,선박,입목,광업권,어업권,골프회원권,승마회원권,콘도미니엄 회원권,종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권을 취득한 자에게 부과한다.끝.

【판결요지】

유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 보기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

【전문】

【주문】

 
1.  원고의 청구를 기각한다.
 
2.  소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

 
1. 처분의 경위

 
가. 원고는 조합원의 농업생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며,조합원이 필요로 하는 기술,자금,자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적,사회적,문화적 지위를 향상시킬 목적으로 설립된 법인이다.
 
나. 피고는2018. 1. 11.○○시 서후면 대두서리1070-6번지 일원에 관한○○시 도시관리계획(도로,도축장·시장)결정을 변경하여 이를○○시 고시 제2018-7호로 고시하였고, 2018. 3. 26.원고를○○시 도시계획시설(도축장,시장)사업(이하, ’이 사건 사업‘이라 한다)의 시행자로 지정하여 이를○○시 고시 제2018-39호로 고시하였다.
 
다. 원고는 이 사건 사업에 따라 축산물종합유통센터(이하, ’이 사건 센터‘라 한다)신축공사를 추진하기 위하여2018. 6. 7.피고로부터 경북○○시 풍산읍○○리323-10번지 외26필지 합계48,592㎡(이하, ’이 사건 각 토지‘라 한다)를 매수하였고,그 다음날인 같은 해6. 8.원고 앞으로 각 소유권이전등기를 마쳤다.한편 원고는 피고로부터 이 사건 각 토지에 관하여 구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것)제14조 제3항에 따라’고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산‘이라는 이유로 취득세 등을 감면받았다.
 
라. 그런데 피고는2019. 12. 10.원고가 정당한 사유 없이 이 사건 각 토지의 취득일로부터1년(이하, ‘유예기간’이라 한다)이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다며 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)제178조에 따라 원고에게 취득세137,402,030원,농어촌특별세5,947,540원,교육세11,895,100원,합계155,244,670원을 부과·고지하였다(이하, ’이 사건 처분‘이라 한다).
 
마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여2020. 3. 4.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2020. 5. 26.이를 기각하였다.

【인정근거】

다툼 없는 사실,갑 제1, 7내지11호증,을 제1내지3호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함,이하 같다),변론 전체의 취지

 
2. 이 사건 처분의 적법여부

 
가. 원고의 주장

원고는 이 사건 사업과 관련하여 농협중앙회 고정투자심의위원회의 고정투자심의 및 승인,실시계획인가 및 그 과정에서의 관계 행정기관의 장과 협의,농협중앙회의 권고에 따른 설계 재검토,이 사건 각 토지에서 영농을 하는 농민들과의 보상 등 문제로 시간이 지연되어 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 고유업무에 사용하지 못하였다.특히 상수공급문제 및 폐수처리문제에 관하여 피고는 도시관리계획결정 단계에서부터 아무런 대책이 없었고,원고에게 이러한 문제를 사전에 알려주지 않는 등 피고의 책임으로 인해 지연되었다고 볼 사정이 있고,원고는 이를 포함한 이 사건 사업과 관련한 위와 같은 문제들을 해결하기 위해 진지한 노력을 하였으므로,구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)제178조의 정당한 사유가 있다.
 
나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
 
다. 판단

1)관련 법리

구 지방세특례제한법 제178조의‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다.그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서,부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.
법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시1년 내에 그 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나,설령 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고,취득 후1년 내에 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면,취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한,그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결,대법원2012. 12. 13.선고2011두1948판결 등 참조).
2)인정사실

다툼 없는 사실,갑 제12내지16, 18내지25, 32내지61호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 다음과 같은 사실이 인정된다.
가)원고는2018. 3. 14.농협중앙회장에게 이 사건 사업에 관한 고정투자 심의요청을 하였고, 2018. 9. 21.위 심의요청에 따른 보완자료를 제출하였으며,농협중앙회는2018. 10. 16.고정투자심의회를 개최하여2020년 말까지 출자금144억 원을 조성하고, 2020년 말까지 제적립금61억4,000만 원을 확대할 것 등을 조건으로 하여 원고의 고정투자 심의요청을 승인하였다.
나)원고는 이 사건 사업의 시행자로서2018. 9. 30.까지 피고에게 실시계획인가를 신청하여야 하는데,위와 같이 농협중앙회로부터 고정투자심의요청에 관한 승인이 지연되자 피고에게 실시계획인가 신청기한을2019. 5. 31.까지로 변경해달라는 요청을 하였고, 2019. 6. 24.에서야 피고에게 실시계획인가를 신청하였다.
다)이에 피고는2019. 7. 1.경부터 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제92조에 따른 자체협의 및 관계 행정기관의 장과의 협의를 시작하여, 2020. 1. 23.원고가 제출한 실시계획을 인가하였다(○○시 고시 제2020-17호).
라)한편,원고는2019. 1. 10.이 사건 센터의 상수공급 가능여부에 관하여○○시 상수도관리사무소에 안교배수지의 수압 및 유입량 등을 질의하였고,같은 해8. 26.피고에게 이 사건 센터의 상수공급 가능여부에 관하여 질의하였는데,피고는 같은 해10. 28.원고에게‘기존배수지(운휴중) V=1,080㎡,상수도관로(D150) L=3.5㎞에 대하여 시설개량 또는 신설하여 공급받도록 계획되어 있으므로○○시 상수도원인자부담금 조례 제4조 제1항(부담금 부과대상 및 범위)에 따른 원인자부담금을 납부할 경우 상수도 수돗물 공급이 가능할 것으로 판단됩니다.’라는 회신을 하였다.
마)피고는2017. 2. 15.이 사건 사업에 관한 소규모환경영향평가 용역을 발주한 것을 비롯해 이후 원고와 이 사건 사업으로 인한 폐수처리 방안에 관하여 협의를 해왔는데,대구지방환경청은2019. 8. 13.피고에게‘(폐수처리 방안의 경우)생물학적 산소요구량(BOD),총질소(T-N),총인(T-P)등 수치가 높은 도축장 폐수 특성상 적정처리가 어려우며,적정처리가 되지 않은 고농도 폐수 유입 등 수질오염사고 발생으로 인근 하천수 환경에 부정적인 영향이 발생할 것으로 예상되므로,하수처리장 추가 증설 및 오·폐수1차 처리 후 연계처리 등의 다양한 방안을 고려하여 공공하수처리시설로의 오·폐수 연계 처리계획을 수립·제시하여야 함’이라는 취지로 소규모환경영향평가서의 보완을 요청하며,그 보완 시까지 협의를 중단하였다.
바)이에 피고는2019. 11.경 이 사건 사업으로 인해 발생하는 폐수를 풍산공공하수처리장에 연계처리하기로 최종결정하였고, 2019. 12. 10.경 대구지방환경청 역시 이에 동의함으로써 이 사건 사업에 관한 소규모환경영향평가에 관한 협의가 완료되었다.
사)원고는2018. 7. 27.이 사건 센터의 설계용역에 관한 입찰공고를 하면서 같은 해8. 30.농협중앙회에 사전 기술지원 검토를 요청하였고, 2018. 9. 6.주식회사○○엔지니어링종합건축사무소(이하, ‘○○’이라 한다)와 설계용역계약을 체결하였으며,○○은 원고에게2019. 1. 18.계획설계도서를, 2019. 2. 15.경 기본설계도서를 각 납품하였다.그런데 원고는2019. 9. 20.위 설계용역에 관하여○○에게 증축에 대한 배치 변경,우·돈 지육(枝肉)출하 레일 교차로 인한 작업중단 현상 발생 등을 이유로 설계중지를 요청하였다가, 2020. 4. 6.○○에게 설계중지 해제를 요청하였다.
아)손○○외5인(이하, ‘손○○등’이라 한다)은 이 사건 각 토지 중 일부를 대부받아 영농을 하고 있었는데,원고는2018. 2.경 손○○등과 이 사건 각 토지 중 손○○등이 점유하고 있는 부분에 관한 보상 관련 계약서를 작성하고,같은 해11. 6.경에는 위 점유부분과 그 지장물에 관한 감정을 의뢰하는 등 보상절차를 진행해왔으나,위 손○○등은 원고와의 협상을 거절하며 위 점유부분의 인도를 거절하였으며,이에 원고는2019. 4. 2.위 손○○등을 상대로 토지인도청구의 소를 제기하였다(대구지방법원○○지원2019가단20993).
3)판단

위 인정사실과 같이 원고가 이 사건 사업을 추진하기 위하여 시간과 비용을 투자하는 등 노력한 사실이 인정되기는 한다.그러나 위 인정사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면,원고가 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 보기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
가)원고는2018. 3. 14.농협중앙회장에게 이 사건 사업에 관한 고정투자 심의요청을 하였고, 2018. 10. 16.이 되어서야 농협중앙회로부터 조건부승인을 받았는데,이는 원고의 내부적인 사정에 불과하다.또한 원고는 위와 같이 조건부승인을 받지 못하였다는 이유로 피고에게 실시계획인가 신청기한을2018. 9. 30.에서2019. 5. 31.로 변경하였는데 위2019. 5. 31.은 유예기간 만료일인2019. 6. 7.의 일주일 전에 불과하고,위와 같이 변경된 실시계획인가 신청기한을 고려하면2019. 6. 7.까지 이 사건 사업에 관한 나머지 절차를 완료하여 이 사건 센터 신축공사의 착공에까지 나아가는 것은 현실적으로 불가능해 보인다.
나)원고는 유예기간이 지난 이후인2019. 6. 24.에서야 피고에게 실시계획인가를 신청하였는데,이후 위 신청에 대한 인가과정 등에서 이 사건 사업 추진에 관한 지연사유가 발생하였다고 하더라도 위와 같이 원고가 유예기간이 도과한 후 실시계획인가를 신청한 이상,이는 부수적으로 고려할 사유에 불과하다.
다)원고는 이 사건 사업의 연구용역단계부터 관여한 이상 이 사건 사업의 규모를 알 수 있었고,위와 같은 고정투자심의요청에 관한 승인절차는 농협중앙회의 회원조합지도·지원규정에 기재되어 있으므로,원고는 고정투자심의가 필요한 사실 및 심의요청부터 승인까지 소요되는 기간 등을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 보인다.그럼에도 원고는 위와 같이 고정투자심의요청을 한 후 약7개월이 지나서야 승인을 얻었고,그로 인해 피고에게 실시계획인가 신청기한의 변경까지 요청하였다.
라)피고는 원고가 신청한 실시계획을 약7개월이 지난 후에 인가하였고,그 과정에서 원고는 피고 및 대구지방환경청과 이 사건 사업에 관한 상수도공급문제,폐수처리문제에 관하여 협의를 하면서 일련의 노력을 하였다.그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 피고에게 이 사건 사업에 관한 실시계획을 제출한 시점은 이미 유예기간이 지난2019. 6. 24.이어서 위와 같이 원고가 노력한 사정만으로 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.
마)원고는 이 사건 사업에 관한 상수도공급문제,폐수처리문제가 해결되지 않아 실시설계 역시 지연되었다고 주장하나,그러한 사유 이외에도 앞서 본 바와 같이 원고는2019. 9. 20.위 설계용역에 관하여○○에게 증축에 대한 배치 변경,우·돈 지육(枝肉)출하 레일 교차로 인한 작업중단 현상 발생 등을 이유로 설계중지를 요청하기도 하였다.결국 상수도공급,폐수처리 문제뿐만 아니라 농협중앙회의 기술검토요청회신으로 인해 이 사건 센터의 실시설계가 지연되었다고 봄이 상당하고,이 점은 원고의 내부적인 사정에 해당한다.
바)또한 원고가2018. 2.경부터 이 사건 각 토지 일부를 대부하여 점유하고 있는 손○○등과 보상협의를 진행하였으나,협의가 이뤄지지 않아 소송으로 이어진 사실은 앞서 본 바와 같은데,위와 같은 손○○등과의 보상 문제는 원고가 이 사건 각 토지의 취득 이전부터 알고 있었던 사실이다.또한 이는 보상가격으로 인한 문제로 보이고,그러한 보상가액 산정으로 인해 협의가 이루어지지 않은 사정만으로 이를 정당한 사유로 보기는 어렵다.
사)원고는 이 사건 각 토지를 취득한 후부터 약2년9개월,이 사건 처분일로부터 약1년4개월이 지난 이 사건 변론종결일(2021. 3. 24.)까지도 이 사건 센터 신축공사의 착공조차 하지 못하고 있는데,결국 원고가 이 사건 각 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다고 보기도 어렵다.
 
3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
[별지]

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것)

제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면)

③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다)및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를,과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각2020년12월31일까지 면제한다.
■구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제178조(감면된 취득세의 추징)

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
 
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 끝.