유권해석을 소급 적용하여 경정청구를 거부한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부 등
【세목】
종합소득
【재결요지】
쟁점유권해석은 확인적 해석으로 봄이 합리적이므로 경정청구 거부처분이 소급과세금지 원칙에 위배되어 부당하다고 보기 어렵고, 코로나손실보상금이 총수입금액에 대한 보상인지 아니면 이익금에 대한 보상인지 여부가 다소 불분명해 보이고, 처분청이 쟁점사업장의 공통비용 중 직접비용을 차감한 금액에 대하여 총 수입금액에서 기회비용분 손실보상금이 차지하는 비용을 쟁점비용으로 산정하여 필요경비에서 제외한 점 등에 비추어 처분청은 처분을 달리 잘못이 없다고 판단됨
【주문】
심판청구를 기각한다.
【이유】
1. 처분개요
가. 청구인은 2007.10.15. 대구광역시 중구 OOO에서 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 의원을 개원하여 운영 중에 있다.
나. 청구인은 2020.12.24. 대구광역시 중구 보건소장으로부터「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」(이하 “감염병예방법”이라 한다) 제70조에 따라 코로나19 관련 손실보상금 OOO원(이하 “코로나손실보상금”이라 한다)을 지급받은 후, 2021.6.23. 동 코로나손실보상금을 쟁점사업장의 사업소득 총수입금액에 포함하여 2020년 귀속 종합소득세를 신고하였다.
다. 청구인은 2023.7.4. 코로나손실보상금을 쟁점사업장의 사업소득 총수입금액에서 제외하여 종합소득세 OOO원을 환급하여 달라는 내용으로 처분청에 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 코로나손실보상금을 사업소득 총수입금액에서 제외하는 대신, 쟁점사업장에서 발생한 공통비용 OOO원(이하 “쟁점공통비용”이라 한다) 중 코로나손실보상금에 대응하는 비용 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 필요경비에서 제외한 후, 2023.9.26. 청구인에게 2020년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급결정ㆍ통보하였다(OOO원은 경정청구 거부통지).
라. 청구인은 이에 불복하여 2023.12.13. 이의신청을 거쳐 2024.4.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 이 사건 관련 청구인의 소득세 납세의무가 성립된 시기가 2020.12.31.임에도 불구하고, 처분청은 2023.5.15. 생산된 기획재정부 유권해석(소득제세과-415, 이하 “쟁점유권해석”이라 한다)를 소급 적용하여 이 건 경정청구에 대하여 일부 거부처분을 하였으므로 이는 부당하다.
(가)「국세기본법」제18조 제2항에 의하면 ‘국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.’고 규정되어 있고, 같은 법 제21조 제2항에 의하면 ‘국세를 납부할 의무의 성립시기는 소득세와 법인세는 과세기간이 끝나는 때에 성립한다.’고 규정되어 있으며, 「소득세법」제5조에 의하면 ‘소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.’고 규정되어 있고,「국세기본법 기본통칙」18-0...2에는 ‘새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다.’고 규정되어 있는바, 이 건의 경우 2020년 귀속 소득세 납세의무가 성립된 시기 이후에 제정된 유권해석을 적용하여 경정청구를 일부 거부하였으므로 이는 취소되어야 한다.
(나) 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 대법원 판례에 의한 ‘소급과세금지 원칙 적용의 예외’에도 해당되지 아니한다.
대법원 판례에 따라 소급과세금지의 원칙이 배제되는 ‘예외 조건’은 납세자가 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야 하고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것이어야 한다.
따라서, 대법원 판례에 의해 소급과세금지 원칙이 배제되기 위해서는 최소한 청구인 쟁점사업장의 2020년 귀속 종합소득세 납세의무 성립일(2020.12.31.)부터 계속해서 처분청이 적용한 쟁점유권해석이 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것이어야 한다.
그러나 실제로는 청구인 쟁점사업장의 2020년 귀속 종합소득세 납세의무 성립일(2020.12.31.)부터 계속해서 2022.10.6. 생산된 국세청 유권해석(법규소득-3013, 이하 “종전유권해석”이라 한다)을 신뢰하여 를 이를 적용한 후 종합소득세 신고와 경정청구가 이루어졌는바, 쟁점유권해석이 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 해석이나 관행을 그대로 공표만 다시 한 것이 아니라 2022.10.6. 생산된 종전유권해석을 개정한 것이므로 처분청이 쟁점유권해석을 적용한 것은 대법원 판례에 의한 ‘소급과세금지 원칙 적용의 예외’에 해당하지 아니한다.
(2) 청구인이 보건복지부로부터 수령한 코로나손실보상금은 청구인의 진료 중단으로 인한 기회비용에 대한 보상이므로 종합소득세 신고당시 신고된 쟁점비용도 모두 필요경비에 산입되어야 한다.
(가) 종전유권해석에 의하면, “의료업을 영위하는 사업자가 감염병관리기관 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급된 손실보상금은 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는 것이며, 손실보상금을 통해 보전받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니하는 것”으로 해석하고 있고, 감염병예방법 시행령(2021.6.8. 개정) 상 ‘손실보상의 대상 및 범위’에 손실보상은 ‘법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무정지 등으로 의료기관에 발생한 손실 : 해당 의료기관이 폐쇄 또는 업무정지로 시설장비인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용에 대한 손실보상’으로 규정되어 있으며, 이 경우 ‘원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용’은 ‘예상 수익’-‘예상 비용’, 즉 ‘기회비용’으로 계산된다.
(나) 실제 보건복지부에서 청구인에게 지급한 코로나손실보상금의 산정과정에서 ‘예상 수익의 감소 추정액’은 ‘1일당 진료비 또는 영업손실액 OOO원×손실보상대상기간 41.5일=OOO원’으로 계산되었고(‘코로나19 관련 손실보상 결정통지서’ 참조), ‘명령이행기간 동안 발생한 실제 진료비용’을 차감한 가액 OOO원을 청구인에게 지급하였는바, 따라서 보건복지부가 산정한 코로나손실보상금은 ‘정상 영업이 이루어졌을 경우에 발생할 기대이익금(수익-비용)’에 대한 보상이며, 실제 발생한 ‘직접경비’에 대한 보상은 이루어지지 않아, 쟁점유권해석에서 언급한 ‘기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용’이 아니므로 필요경비에 산입되어야 한다.
(3) 청구인이 처분청 답변에 대하여 추가로 제시한 항변서의 주요 내용은 다음과 같다.
(가) 처분청은 ‘처분의 적법성 및 청구주장에 대한 반박’에서 납세의무 성립일 이후 생성된 ‘확인적 해석’에 따라 한 이 사건 경정청구 거부처분이 소급과세금지 원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다고 하면서 그 근거로 5가지 사유를 거론하고 있으나 이는 다음과 같은 이유로 타당하지 아니하다.
1) 국세청은 종전유권해석을 통해 “의료업을 영위하는 사업자에게 감염병관리기관 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는 것이며, 손실보상금을 통해 보전받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니하는 것”이라고 하였고, 쟁점유권해석을 통해 “감염병 관리기관으로 지정된 병원 등을 운영하는 사업자가 감염병예방법 제70조에 따라 받는 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는다.”고 하였다.
2) 위 1)의 두 유권해석은 처분청 의견과 같이 동일한 해석으로 볼 수 없는바, 종전유권해석에서 ‘손실보상금을 통해 보전받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니하는 것’으로 규정되어 있으므로, ‘손실보상금을 통해 보전받은 직접경비가 없는 경우에는 사업소득의 필요경비에 불산입할 대상’도 없게 되는데, 청구인이 ‘손실보상을 통해 보전받은 직접경비’는 ‘OOO원’이다.
쟁점유권해석에서 ‘기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는다.’는 문구를 처분청 의견대로 적용하면 ‘손실보상금을 통해 보전받은 직접경비’가 전혀 없는 경우에도 ‘기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용’을 계산하여 손금불산입하게 되므로 유권해석 사례는 동일하다고 할 수 없다.
3) 처분청은 두 유권해석 사례가 수익 및 소득의 의미와 그에 대응하는 필요경비의 손금인정 여부에 대한「법인세법」과「소득세법」의 법리를 확인한 ‘확인적 해석’에 해당할 뿐 새로운 해석을 창설하는 ‘창설적 해석’이 아니라고 하고 있으나, 종전유권해석에서 ‘의료업을 영위하는 사업자에게 감염병관리기관 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는 것’과 ‘손실보상금을 통해 보전받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니하는 것’이라고 한 것은 기존 세법과 해석에 없는 ‘창설적 해석’에 해당되고, 쟁점유권해석에서 ‘기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는다.’고 한 것은 ‘손실보상금을 통해 보전받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니한다’고 한 종전유권해석에 대한 또 다른 ‘창설적 해석’에 해당된다.
4) 처분청은 청구인이 쟁점유권해석에 따라 “기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는다.”는 사실을 충분히 인지할 수 있었음에도 경정청구를 하였다고 하고 있으나, 경정청구는 종전유권해석에서 ‘손실보상금을 통해 보전받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니한다’는 문구에 근거하여 청구한 것이고, 경정청구 후에 기획재정부 담당자에게 유선상으로 문의하여 ‘감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실’과 ‘의료기관의 폐쇄 또는 업무정지 등으로 의료기관에 발생한 손실’은 보상 내용이 다르며 적용 유권해석도 다르다는 것을 확인한 바도 있다.
5) 청구인의 코로나손실보상금은 감염병예방법 제70조(손실보상) 제1항 제3호의 ‘의료기관의 폐쇄 또는 업무정지 등으로 의료기관에 발생한 손실’에 해당하고, 이 경우 손실보상금은 청구인의 보상금 지급내역에서 보듯이 ‘폐쇄로 인한 영업수익 감소액에서 폐쇄 일수에 비례하여 계산한 영업비용을 차감한 영업이익에 해당하는 금액임을 알 수 있으므로 따라서 이 건은 ‘감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실에 대한 보상금 산정방식과 이에 대한 세법 및 해석’을 적용할 수 없는 것으로 판단된다.
결론적으로 두 유권해석 사례는 각각 새로이 해석된 ‘창설적 해석’으로 적용할 대상과 적용 내용이 서로 달라 각기 달리 적용되어야 한다.
(나) 처분청은 코로나손실보상금을 사업소득 총수입금액으로 인정하지 않는 경우, 관련 지출 비용은 필요경비에 산입하지 않는 것이 수익비용 대응원칙에 부합한다고 하나, ‘수익비용 대응의 원칙’은 수익과 대응하는 비용을 인식하고 회계처리를 하는 것이므로 수익인식이 선행되고 이에 근거하여 관련 비용을 인식하여야 한다는 것이나 이 건은 과세소득의 적정성에 대한 것으로 수익비용 대응원칙과는 무관한 것이라 판단된다.
이 건의 경우 수익은 보건복지부가 지급한 코로나손실보상금인바, 동 코로나손실보상금의 산정은 1) 영업수익의 감소분으로 계산되는 경우와 이 건에 해당되는 2) 영업이익의 감소분으로 계산되는 경우 등 두 가지로 분류될 수 있는데, 소득금액의 계산과 세무조정에 의한 과세소득의 계산 방법은 다음과 같다.
1) 소득금액의 계산
㉠ 영업수익의 감소분으로 계산되는 경우에 소득금액은 [영업수익(기존영업수익+정부지원 손실보상관련 영업수익)-영업비용(기존영업수익관련 비용+손실보상관련 영업비용)]으로 계산되고, ㉡ 영업이익의 감소분으로 계산되는 경우에 소득금액은 [영업수익(기존영업수익+정부지원 손실보상관련 영업이익)-영업비용(기존영업수익 관련비용+손실보상관련 영업비용)]으로 계산되며, 여기서 정부지원 손실보상관련 영업이익은 손실보상관련 영업수익에서 손실보상관련 영업비용을 차감한 것이다.
2) 세무조정에 의한 과세소득의 계산
위 1)에서 ㉠의 경우 소득금액이 영업수익(기존영업수익+손실보상관련 영업수익)에서 영업비용(기존영업수익관련 비용+손실보상관련 영업비용)을 차감한 것이고, 세무조정에서 손실보상관련 영업수익을 익금불산입하고 손실보상관련 영업비용 역시 손금불산입하면 과세소득은 기존영업수익에서 기존영업수익관련 비용을 차감한 금액이 된다.
㉡의 경우 위 1)에서 본 바와 같이 소득금액이 영업수익(기존영업수익+손실보상관련 영업수익)에서 영업비용(기존영업수익 관련비용+손실보상관련 영업비용+손실보상관련 영업비용)을 차감한 금액이고, 세무조정에서 손실보상관련 영업이익을 익금불산입하게 되면 손실보상관련 영업이익은 손실보상관련 영업수익에서 손실보상관련 영업비용을 차감한 것이 되므로 결과적으로 손실보상관련 영업수익은 익금불산입, 손실보상관련 영업비용은 손금불산입한 것이 되어 과세소득은 기존영업수익에서 기존영업수익관련 영업비용과 손실보상관련 영업비용을 차감한 것이 된다.
결국, 코로나손실보상금을 사업소득 총수입금액으로 인정하지 않는 경우, 관련 지출비용도 당연히 필요경비에 산입하여 과세소득이 계산되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구인은 2020년 귀속 종합소득세 납세의무가 성립된 이후 생성된 쟁점유권해석을 적용하여 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 소급과세금지 원칙에 위배되어 부당하다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 타당하지 아니하다.
(가) 기획재정부는 2022.8.29.자 유권해석(기획재정부 법인세제과-343)을 통해 의료업을 영위하는 비영리 내국법인이 감염병예방법 제70조에 따라 받는 손실보상금은 수익사업에서 생기는 소득이 아니라고 해석하는 한편, 2023.5.8.자 유권해석(기획재정부 법인세제과-282)를 통해 해당 손실보상금을 원천으로 지출한 비용은 손금불산입 대상이라고 해석한 바 있다.
(나) 국세청은 종전유권해석을 통해 코로나손실보상금은 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는 것이고, 손실보상금을 통해 보전 받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니한다고 해석하였으며, 기획재정부는 쟁점유권해석을 통해 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 않는다고 해석하였고, 국세청은 2023.5.16.자 유권해석(서면-2022-법규소득-5637)을 통해 쟁점유권해석과 동일한 해석을 한 바 있다.
(다) 기획재정부와 국세청은 위 (가) 및 (나)의 유권해석 사례가 생산되기 전에 이와 다른 해석을 한 사실이 없는바, 쟁점유권해석을 포함한 위 유권해석 사례들은 수익 및 소득의 의미와 그에 대응하는 필요경비의 손금인정 여부에 대한「법인세법」과「소득세법」상 법리를 확인한 ‘확인적 해석’에 해당할 뿐, 새로운 해석을 창설하는 ‘창설적 해석’이라 보기는 어렵다.
(라) 기획재정부와 국세청은 위 유권해석례가 생산되기 전에 감염병예방법 제70조에 따라 지급받는 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용이 필요경비 산입대상이라는 공식적인 견해를 표명한 문서나 반복적인 의사표시를 한 사실이 확인되지 아니한다.
(마) 청구인은 이 건 경정청구 거부처분의 대상이 된 2020년 귀속 종합소득세 납세의무가 성립된 후, 코로나손실보상금을 사업소득 총수입금액에 산입하여 종합소득세 신고를 하였다가, 코로나손실보상금의 사업소득 총수입금액 불산입 및 대응지출 비용의 필요경비 불산입 관련 위 유권해석 사례들이 생산된 이후인 2023.7.4.에 코로나손실보상금을 수입금액에서 제외하여 달라는 내용으로 경정청구를 하였으므로, 감염병예방법 제70조에 따라 받는 손실보상금에 대응하는 비용은 필요경비 불산입 대상이라는 사실을 충분히 인지할 수 있었던 것으로 보인다.
(바) 국세청은 2016.11.3. 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이나, 새로운 세법해석이 최초의 해석에 해당하고 이와 배치되는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 받아들여진 것으로 볼 수 없는 경우 세법해석 전 납세의무가 성립이 된 소득에 대하여 새로운 해석을 적용하더라도 소급과세금지의 원칙에 위배되지 않는 것으로 해석(국세청 기준-2016-법령해석기본-0248, 2016.11.3.)한 사실이 있는바, 납세의무성립일 이후 생산된 확인적 성격의 유권해석에 따라 이루어진 처분청의 이 건 경정청구 거부처분이 소급과세금지 원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다.
(2) 청구인은 보건복지부로부터 수령한 이 건 코로나손실보상금이 기회비용에 대한 보상이므로 종합소득세 신고당시 신고된 쟁점비용도 모두 필요경비에 산입되어야 한다고 주장하나, 다음과 같은 사유로 타당하지 아니하다.
(가) 기획재정부는 쟁점유권해석을 통해 감염병예방법 제70조에 따라 받는 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 필요경비에 산입하지 아니하고, 공통비용 중 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용은 총수입금액과 기회비용분 손실보상금의 합계액에서 기회비용분 손실보상금이 차지하는 비중에 따라 안분 계산되는 것으로 해석한 바 있다.
(나) 더불어「소득세법」제27조 제1항은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다고 규정하고 있으므로, 코로나손실보상금을 사업소득 총수입금액으로 인정하지 않는 경우 관련하여 지출된 비용 또한 필요경비에 산입하지 않는 것이 수익비용 대응원칙에 부합한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① 유권해석을 소급 적용하여 경정청구를 거부한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
② 쟁점비용이 기회비용분 손실보상금에 대응하는 비용이므로 필요경비 산입대상에 해당한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 등
(1) 국세기본법
제18조【세법해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(2) 소득세법
제19조【사업소득】① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.
16. 보건업 및 사회복지서비스업(대통령령으로 정하는 사회복지사업은 제외한다)에서 발생하는 소득
21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득
② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 ‘결손금’이라 한다.
제24조【총수입금액의 계산】① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.
③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제27조【사업소득의 필요경비의 계산】① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.
(3) 소득세법 시행령
제51조【총수입금액의 계산】③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다.
4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. 다만, 법 제26조 제2항의 경우에는 그러하지 아니하다.
제119조【공통손익의 계산】법 제59조의5 제1항 또는 다른 법률에 따라 감면되는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 그 밖의 사업의 공통필요경비와 공통수입금액은 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분 계산하여야 한다.
(4) 소득세법 시행규칙
제62조【공통손익의 계산과 구분경리】① 법 및「조세특례제한법」제3조 제1항에 따른 법률에 따라 소득세가 감면되는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에 감면사업과 그 밖의 사업의 공통수입금액과 공통필요경비는 다음 각 호의 기준에 따라 구분하여 계산한다. 다만, 공통수입금액 또는 공통필요경비를 구분계산할 때 개별필요경비가 없거나 그 밖의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 이를 적용하는 것이 불합리한 경우에는 그 공통필요경비의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간, 사용시간, 사용면적 등의 기준에 따라 안분계산한다.
1. 감면사업과 그 밖의 사업의 공통수입금액은 해당 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.
2. 감면사업과 그 밖의 사업의 업종이 같은 경우의 공통필요경비는 해당 사업의 총수입금액에 비례하여 안분계산한다.
3. 감면사업과 그 밖의 사업의 업종이 같지 아니한 경우의 공통필요경비는 감면사업과 그 밖의 사업의 개별 필요경비에 비례하여 안분계산한다.
② 법 및「조세특례제한법」제3조 제1항에 따른 법률에 따른 경리의 구분은 각각의 해당 규정에 따라 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 총수입금액과 필요경비를 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장 하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 총수입금액과 필요경비는 그러하지 아니하다.
(5) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률
제1조【목적】이 법은 국민 건강에 위해(危害)가 되는 감염병의 발생과 유행을 방지하고, 그 예방 및 관리를 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 국민 건강의 증진 및 유지에 이바지함을 목적으로 한다.
제36조【감염병관리기관의 지정 등】① 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라「의료법」제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정하여야 한다.
② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 「의료법」제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 ‘감염병관리기관’이라 한다)은 감염병을 예방하고 감염병환자들을 진료하는 시설(이하 ‘감염병관리시설’이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다.
④ 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병관리시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다.
제70조【손실보상】① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.
1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실
1의2.제39조의3에 따른 감염병의심자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실
2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실
3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실
4. 제47조 제1호, 제4호 및 제5호, 제48조 제1항, 제49조 제1항 제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실
5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한「국민건강보험법」제42조에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상 심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실
② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다.
④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(6) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령
제28조【손실대상의 대상 및 범위 등】① 법 제70조 제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다.
[별표 2의2] <개정 2021.6.8.>
| 손실보상의 대상 및 범위(제28조 제1항 관련)
1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실 가. 감염병관리시설의 설치ㆍ운영으로 발생하는 비용(법 제36조제4항에 따라 감염병관리시설을 설치ㆍ운영하는 경우는 제외한다) 나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용 1의2. 법 제39조의3에 따른 감염병의심자 격리시설(이하 "감염병의심자격리시설"이라 한다)의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실 가. 감염병의심자격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생하는 비용 나. 감염병의심자격리시설을 설치ㆍ운영함에 따라 해당 시설 및 장비, 인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용 2. 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실: 해당 의료기관(감염병관리기관인 의료기관은 제외한다)이 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료ㆍ치료ㆍ격리함에 따라 발생하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 비용 가. 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 사용하게 되는 경우 그 소요비용 나. 치료ㆍ진료ㆍ격리로 인해 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용 3. 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실: 해당 의료기관이 폐쇄 또는 업무 정지로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용 <이하 생략> |
② 법 제70조의2 제1항에 따른 손실보상심의위원회는 법 제70조 제1항에 따라 손실보상액을 산정하기 위하여 필요한 경우에는 관계 분야의 전문기관이나 전문가로 하여금 손실 항목에 대한 감정, 평가 또는 조사 등을 하게 할 수 있다.
③ 심의위원회는 법 제70조 제1항 제1호부터 제3호까지의 손실에 대하여 보상금을 산정하는 경우에는 해당 의료기관의 연평균수입 및 영업이익 등을 고려하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 쟁점사업장의 코로나손실보상금 수령 경위는 다음과 같다.
(가) 청구인은 2020.2.18. 자신이 운영하는 쟁점사업장 내에서 코로나19 환자와 의료진이 접촉한 사실을 확인한 후, 대구광역시 중구 보건소(이하 “해당보건소”라 한다)에 ‘감염병 발생 신고서’를 제출하였고, 2020.2.19. 해당 보건소로부터 ‘감염병 유행에 대한 방역 조치’ 통보를 받고 쟁점사업장을 일시적으로 폐쇄하였다.
(나) 청구인은 2020.7.31. 해당 보건소로부터 ‘코로나19 손실보상 관련 신청 안내’를 받은 후, 2020.8.13. 아래 <표2>와 같이 코로나19 관련 ‘손실보상청구서’를 해당 보건소에 제출하였고, 2020.12.24. 해당 보건소로부터 아래 <표3>의 ‘코로나19 관련 손실보상결정통지서’를 수령한 후 코로나손실보상금 OOO원을 지급받았다.
<표2> 코로나19 관련 손실보상 청구서
| 손실보상 청구서 1. 폐쇄, 업무정지 등 조치를 받음 폐쇄기간: 2020.2.19.~2.21. 조치기관: 대구 중구 보건소 2. 정보공개 피해 2020.3.19. 동일 건물, 동일 출입구, 동일 주차장을 사용하는 OOO요양병원에 확진자가 발생함에 따라 B 대구 시장의 발표에 병원이름이 거명되고 KBS MBC TBC TV등에 건물, 간판 등이 방송되어 정보공개 피해를 받았음 3. 확진자와 밀접 접촉자로 코호트 격리 조치 받음 혈액투석을 받던 성*경(대구 38번 확진자, 추후 사망)과 접촉하였던 원장 의사 C(청구인)을 비롯한 간호사 7명, 간호조무사 1명, 방사선사 1명이 코호트 격리(대구 보건과, 참조 D 주무관, 질병관리본부, 중구 보건소)를 받았으며 그 후 뒤늦게 투석환자 중 윤*숙(추후 파티마 병원에서 사망, 몇 번 확진자 인지는 확실히 기억하지 못함)이 추가 확진됨에 따라 코호트 격리가 연장됨. 코호트 격리를 실시하고 있던 직원 중 간호조무사 이*양과 휴가대체 요원으로 근무하던 방사선사 조*경은 코로나 양성판정을 받음으로 각각 구미와 칠곡 한티제 생활관에서 1주와 2주 격리 조치됨. |
<표3> 코로나19 관련 손실보상 결정통지서
(2) 청구인의 2020년 귀속 종합소득세 신고서 등에 의하면, 청구인은 2021.6.23. 코로나손실보상금이 포함된 쟁점사업장의 사업소득 총수입금액을 OOO원으로 신고한 것으로 나타난다.
(3) 청구인이 2023.7.4. 처분청에 제출한 2020년 귀속 종합소득세 경정청구서에 의하면, 코로나손실보상금을 쟁점사업장의 사업소득 총수입금액에서 제외하여 종합소득세 OOO원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 한 것으로 나타나고, 처분청이 2023.9.23. 청구인에게 통지한 경정청구 처리결과 통지 공문(소득세과-599)과 경정청구 검토서 등에 의하면, 코로나손실보상금(217,470,370원)을 쟁점사업장의 사업소득 총수입금액 OOO원에서 제외하는 한편, 쟁점사업장의 의료사업에서 발생한 공통비용 OOO원 중 코로나손실보상금에 대응하는 비용 OOO원을 필요경비 불산입 대상으로 보아, 2020년 과세연도 종합소득세 OOO원을 환급하기로 하는 일부 인용결정을 하고, 나머지는 거부한 것으로 나타난다.
(4) 처분청이 제시한 코로나손실보상금의 총수입금액 산입 및 필요경비 불산입 관련 기획재정부 유권해석 사례의 세부내역은 아래 <표4>와 같다.
<표4> 유권해석 세부내역
| ① 기획재정부 법인세제과-343, 2022. 8. 29.
② 기획재정부 법인세제과-282, 2023. 5. 8.
③ 기획재정부 소득세제과-415, 2023.5.15.(쟁점유권해석)
④ 기획재정부 법인세제과-586, 2023.10.12.
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(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 본다.
(가)「국세기본법」제18조 제3항에서 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는데, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다 할 것이다(대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결 등).
(나) 청구인은 이 건 코로나손실보상금 관련 소득세 납세의무 성립시기가 2020.12.31.임에도 처분청이 2023.5.15. 생산된 쟁점유권해석을 소급 적용하여 일부 경정청구를 거부한 것이 부당하다고 주장하나, 이 건 쟁점과 관련하여 기획재정부와 국세청에서 감염병예방법 제70조에 따라 받은 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용이 필요경비 산입대상이라는 유권해석을 한 사실이 없는 점, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것이나, 쟁점유권해석이 종전유권해석에 반하는 새로운 해석에 해당한다고 볼 만한 사정이 존재하기 아니하는 점, 코로나손실보상금 관련 기획재정부 유권해석의 추이를 보면 쟁점유권해석은 확인적 해석으로 봄이 합리적인 점 등에 비추어 이 건 일부 경정청구 거부처분이 소급과세금지 원칙에 위배되어 부당하다고 보기는 어렵다고 판단된다.
(6) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 코로나손실보상금이 정상영업이 이루어졌을 경우에 발생할 기대이익금에 대한 보상이고, 실제 발생한 직접경비에 대한 보상은 이루어지지 않아 쟁점유권해석에서 언급한 기회비용분 손실보상금에 대응하여 지출되는 비용이 없으므로 쟁점비용을 필요경비에서 제외한 것은 부당하다고 주장하나, 보건소가 청구인에게 통지한 ‘코로나19 관련 손실보상 결정통지서’ 상 코로나손실보상금 OOO원이 총수입금액에 대한 보상인지 아니면 이익금에 대한 보상인지 여부가 다소 불분명해 보이는 점, 수입금액에서 제외되는 기회비용분 손실보상금에 대응하는 직접비용은 필요경비 산입대상으로 보기 어렵고, 공통(간접)비용 중 총수입금액과 기회비용분 손실보상금의 합계액에서 기회비용분 손실보상금이 차지하는 비중에 따라 안분 계산되는 비용도 필요경비 산입대상으로 보기 어렵다 할 것인데, 해당 보건소가 청구인에게 통지한 ‘코로나19 관련 손실보상 결정통지서’ 상 코로나손실보상금 OOO원은 그에 대응하는 직접비용이 확인되지 아니하는 전액 기회비용에 대한 손실보상금으로, 처분청이 쟁점사업장의 공통(간접)비용 중 직접비용을 차감한 금액에 대하여 총 수입금액에서 기회비용분 손실보상금이 차지하는 비용을 쟁점비용으로 산정하여 필요경비에서 제외한 점, 코로나손실보상금을 사업소득 총수입금액에서 배제하는 경우 관련 직접경비 또는 공통경비 중 코로나손실보상금 비율의 경비를 필요경비에 산입하지 않는 것이 수익비용대응의 원칙에 비추어 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점경비를 필요경비 불산입 대상으로 보아 이 건 경정청구 중 일부를 거부한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.